PDB-8s0w: High pH (8.0) as-isolated MSOX movie series dataset 1 of the copp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8s0w

タイトル

High pH (8.0) as-isolated MSOX movie series dataset 1 of the copper nitrite reductase (NirK) from Bradyrhizobium japonicum USDA110 [0.35 MGy]

要素

Copper-containing nitrite reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / electron transfer / Nitrite binding / nitrite reductase

機能・相同性

機能・相同性情報

denitrification pathway / nitrite reductase (NO-forming) / nitrite reductase (NO-forming) activity / nitrate assimilation / periplasmic space / copper ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bradyrhizobium sp. (根粒菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.05 Å

データ登録者

Rose, S.L. / Ferroni, F.M. / Horrell, S. / Brondino, C.D. / Eady, R.R. / Jaho, S. / Hough, M.A. / Owen, A.L. / Antonyuk, S.V. / Hasnain, S.S.

資金援助

アルゼンチン,

英国, 2件

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2024
タイトル: Spectroscopically Validated pH-dependent MSOX Movies Provide Detailed Mechanism of Copper Nitrite Reductases.
著者: Rose, S.L. / Ferroni, F.M. / Horrell, S. / Brondino, C.D. / Eady, R.R. / Jaho, S. / Hough, M.A. / Owen, R.L. / Antonyuk, S.V. / Hasnain, S.S.

履歴

登録	2024年2月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年7月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年8月7日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / citation_author / struct Item: _citation.journal_volume / _citation.title ..._citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.name / _struct.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8s0w.cif.gz	378.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8s0w.ent.gz	250.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8s0w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s0/8s0w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s0/8s0w	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8r8sC 8rflC 8rfoC 8rfpC 8rfqC 8rfrC 8rfsC 8rftC 8rfuC 8rfvC 8rfwC 8rfxC 8rfyC 8rg8C 8rg9C 8rgbC 8rgcC 8rgdC 8ru9C 8rurC 8ryjC 8ryrC 8ryuC 8ryvC 8s2qC 8s5xC 8s5yC 8s63C 8s64C 8s68C 8s69C 9evmC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (2) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1) #50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Copper-containing nitrite reductase

ヘテロ分子

40.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Copper-containing nitrite reductase

ヘテロ分子

A: Copper-containing nitrite reductase

ヘテロ分子

A: Copper-containing nitrite reductase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
122 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.79, 103.79, 64.33
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 120
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Copper-containing nitrite reductase 分子量: 39758.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bradyrhizobium sp. (根粒菌) / 株: ORS375 / 遺伝子: nirK / プラスミド: p22BK / 詳細 (発現宿主): pET-22b(+):blr7089 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q89EJ6, nitrite reductase (NO-forming)

#1: タンパク質

Copper-containing nitrite reductase

分子量: 39758.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Bradyrhizobium sp. (根粒菌) / 株: ORS375 / 遺伝子: nirK / プラスミド: p22BK / 詳細 (発現宿主): pET-22b(+):blr7089 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q89EJ6, nitrite reductase (NO-forming)

-
糖 , 2種, 2分子

#3: 糖

ChemComp-GLC / alpha-D-glucopyranose / alpha-D-glucose / D-glucose / glucose / α-D-グルコピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, alpha linking, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₆
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: sucrose

#4: 糖

ChemComp-FRU / beta-D-fructofuranose / beta-D-fructose / D-fructose / fructose / β-D-フルクトフラノ-ス

タイプ: D-saccharide, beta linking, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₆
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: sucrose

-
非ポリマー , 3種, 556分子

#2: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 548 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.17 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 100 mM Tris pH 7.3, 1.8 M Ammonium Sulphate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.755 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.755 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.05→89.885 Å / Num. obs: 183204 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.1 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.08 / R_pim(I) all: 0.041 / R_rim(I) all: 0.091 / Net I/σ(I): 12
反射シェル	解像度: 1.05→1.07 Å / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 1.609 / Num. unique obs: 9020 / CC_1/2: 0.42 / R_pim(I) all: 0.925 / R_rim(I) all: 1.879

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
REFMAC	5.8.0425	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.05→89.885 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.988 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.985 / WR_factor R_free: 0.122 / WR_factor R_work: 0.106 / SU B: 0.705 / SU ML: 0.015 / Average fsc free: 0.9814 / Average fsc work: 0.9843 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.018 / ESU R Free: 0.019
詳細: Hydrogens have been used if present in the input file

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1287	9104	4.97 %
R_work	0.1118	174067	-
all	0.113	-	-
obs	-	183171	99.965 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.836 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.149 Å²	-0.075 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.149 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.484 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.05→89.885 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2559	0	55	548	3162

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.012	2911
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2803
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.012	1.844	3999
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.673	1.764	6504
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.889	5	399
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	11.13	5	8
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.384	10	510
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.923	10	118
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.102	0.2	440
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	3385
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	609
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.242	0.2	481
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.19	0.2	2530
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	1328
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.087	0.2	1571
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.219	0.2	379
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.037	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.109	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.148	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.18	0.2	141
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.186	0.2	66
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.03	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.816	1.176	1422
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.712	1.175	1422
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.168	2.116	1796
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.179	2.118	1797
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.827	1.431	1489
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.395	1.393	1466
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.861	2.529	2173
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.519	2.458	2138
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	13.682	19.966	3375
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	10.659	13.902	3133
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	4.058	3	5714

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.05-1.077	0.298	641	0.287	12822	0.287	13472	0.939	0.945	99.9332	0.28
1.077-1.107	0.262	714	0.253	12479	0.254	13194	0.956	0.959	99.9924	0.239
1.107-1.139	0.226	624	0.209	12152	0.21	12777	0.966	0.972	99.9922	0.189
1.139-1.174	0.179	645	0.177	11827	0.177	12474	0.979	0.979	99.984	0.155
1.174-1.212	0.169	586	0.15	11423	0.151	12009	0.982	0.985	100	0.129
1.212-1.255	0.149	594	0.139	11103	0.14	11697	0.985	0.987	100	0.119
1.255-1.302	0.147	506	0.126	10747	0.127	11253	0.986	0.989	100	0.107
1.302-1.355	0.126	567	0.114	10296	0.115	10863	0.99	0.992	100	0.097
1.355-1.416	0.125	527	0.104	9863	0.105	10390	0.99	0.993	100	0.088
1.416-1.485	0.116	502	0.09	9437	0.092	9939	0.991	0.995	100	0.078
1.485-1.565	0.098	455	0.079	9021	0.08	9476	0.995	0.996	100	0.07
1.565-1.66	0.092	453	0.073	8480	0.074	8933	0.995	0.997	100	0.066
1.66-1.775	0.098	409	0.076	8040	0.077	8449	0.994	0.996	100	0.071
1.775-1.917	0.098	372	0.078	7444	0.079	7816	0.994	0.996	100	0.077
1.917-2.1	0.103	348	0.082	6886	0.083	7234	0.993	0.996	100	0.085
2.1-2.347	0.097	325	0.086	6236	0.087	6561	0.994	0.995	100	0.093
2.347-2.71	0.117	281	0.097	5512	0.098	5794	0.992	0.994	99.9827	0.107
2.71-3.318	0.129	269	0.112	4617	0.113	4886	0.99	0.993	100	0.132
3.318-4.69	0.111	189	0.099	3633	0.1	3822	0.994	0.994	100	0.124
4.69-89.885	0.17	97	0.151	2049	0.152	2147	0.978	0.986	99.9534	0.199

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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