PDB-8s00: CpKRS complexed with lysine and an inhibitor

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8s00

タイトル

CpKRS complexed with lysine and an inhibitor

要素

Lysine--tRNA ligase

キーワード

LIGASE / Cryptosporidium / ATP binding

機能・相同性

機能・相同性情報

lysine-tRNA ligase / lysine-tRNA ligase activity / lysyl-tRNA aminoacylation / tRNA binding / ATP binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Cryptosporidium parvum Iowa (小形クリプトスポリジウム)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Dawson, A. / Baragana, B. / Caldwell, N.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Sci Transl Med / 年: 2024
タイトル: Cryptosporidium lysyl-tRNA synthetase inhibitors define the interplay between solubility and permeability required to achieve efficacy.
著者: Caldwell, N. / Peet, C. / Miller, P. / Colon, B.L. / Taylor, M.G. / Cocco, M. / Dawson, A. / Lukac, I. / Teixeira, J.E. / Robinson, L. / Frame, L. / Seizova, S. / Damerow, S. / Tamaki, F. / ...

履歴

登録	2024年2月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年11月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8s00.cif.gz	242.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8s00.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8s00.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s0/8s00 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s0/8s00	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8r2aC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (7) #227 - 2018年11月テロメラーゼ (Telomerase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Lysine--tRNA ligase

B: Lysine--tRNA ligase

ヘテロ分子

125 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.987, 121.761, 143.092
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 44 - 544 / Label seq-ID: 20 - 520

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Lysine--tRNA ligase / Lysyl-tRNA synthetase 分子量: 61459.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cryptosporidium parvum Iowa (小形クリプトスポリジウム) 遺伝子: cgd4_2370 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5CR27, lysine-tRNA ligase

-
非ポリマー , 5種, 707分子

#2: 化合物	ChemComp-A1H4W / 6-oxidanyl-~{N}-[(1-oxidanylcyclohexyl)methyl]-4-oxidanylidene-chromene-2-carboxamide 分子量: 317.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₁₉NO₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-LYS / LYSINE / 2-アンモニオ-2-デアミノ-L-リシンアニオンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.195 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₅N₂O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 696 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.44 % / 解説: plate
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Protein buffer: 25 mM HEPES, 500 mM NaCl, 5% glycerol, 0.5 mM TCEP, pH 7, 30 mg/ml Reservoir: 0.2 M Li2SO4, 14-18% PEG3350, 0.1 M tris pH 7.4-7.8 PH範囲: 7.4-7.8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97627 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97627 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→56.08 Å / Num. obs: 86869 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.8 % / B_iso Wilson estimate: 27.96 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.223 / R_pim(I) all: 0.09 / Net I/σ(I): 8.7
反射シェル	解像度: 2→2.04 Å / 冗長度: 14.1 % / R_merge(I) obs: 2.516 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 64489 / CC_1/2: 0.494 / R_pim(I) all: 1.002 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0403	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→56.08 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / SU B: 5.204 / SU ML: 0.132 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.161 / ESU R Free: 0.149 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2219	4333	4.992 %
R_work	0.1816	82460	-
all	0.184	-	-
obs	-	86793	99.976 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.101 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.821 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.743 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.922 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→56.08 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8118	0	92	696	8906

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	8415
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	7944
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.337	1.655	11344
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.463	1.572	18391
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.007	5	1003
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	8.29	5.357	56
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.39	10	1515
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.14	10	395
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.067	0.2	1210
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	9624
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1898
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.209	0.2	1544
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.192	0.2	7479
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.181	0.2	4057
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	4369
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.164	0.2	675
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.178	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.22	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.186	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.696	3.368	4020
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.695	3.367	4019
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.588	6.04	5016
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.588	6.04	5017
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.717	3.709	4395
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.717	3.709	4396
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.529	6.647	6327
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.528	6.647	6328
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.529	33.012	9628
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.494	32.449	9435
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.063	0.05	16621

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06306	0.05009
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06306	0.05009

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.052	0.334	304	0.32	6029	X-RAY DIFFRACTION	100
2.052-2.108	0.319	323	0.302	5867	X-RAY DIFFRACTION	100
2.108-2.169	0.292	324	0.271	5688	X-RAY DIFFRACTION	100
2.169-2.236	0.282	284	0.242	5538	X-RAY DIFFRACTION	99.9828
2.236-2.309	0.255	306	0.227	5354	X-RAY DIFFRACTION	99.8941
2.309-2.39	0.281	286	0.218	5206	X-RAY DIFFRACTION	99.9818
2.39-2.48	0.226	271	0.195	5038	X-RAY DIFFRACTION	100
2.48-2.581	0.249	240	0.19	4865	X-RAY DIFFRACTION	99.9804
2.581-2.695	0.251	240	0.186	4673	X-RAY DIFFRACTION	100
2.695-2.827	0.224	234	0.174	4469	X-RAY DIFFRACTION	100
2.827-2.979	0.238	196	0.17	4285	X-RAY DIFFRACTION	100
2.979-3.159	0.223	198	0.172	4045	X-RAY DIFFRACTION	100
3.159-3.377	0.211	171	0.157	3819	X-RAY DIFFRACTION	100
3.377-3.646	0.204	185	0.155	3565	X-RAY DIFFRACTION	100
3.646-3.992	0.196	170	0.161	3261	X-RAY DIFFRACTION	99.9126
3.992-4.461	0.177	168	0.143	2984	X-RAY DIFFRACTION	100
4.461-5.145	0.157	131	0.134	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
5.145-6.289	0.224	129	0.175	2257	X-RAY DIFFRACTION	100
6.289-8.838	0.2	107	0.15	1791	X-RAY DIFFRACTION	100
8.838-56.08	0.166	66	0.165	1065	X-RAY DIFFRACTION	99.9117

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