PDB-8s00: CpKRS complexed with lysine and an inhibitor

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8s00

タイトル

CpKRS complexed with lysine and an inhibitor

要素

Lysine--tRNA ligase

キーワード

LIGASE / Cryptosporidium / ATP binding

機能・相同性

機能・相同性情報

lysine-tRNA ligase / lysine-tRNA ligase activity / lysyl-tRNA aminoacylation / tRNA binding / ATP binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Cryptosporidium parvum Iowa (小形クリプトスポリジウム)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Dawson, A. / Baragana, B. / Caldwell, N.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Sci Transl Med / 年: 2024
タイトル: Cryptosporidium lysyl-tRNA synthetase inhibitors define the interplay between solubility and permeability required to achieve efficacy.
著者: Caldwell, N. / Peet, C. / Miller, P. / Colon, B.L. / Taylor, M.G. / Cocco, M. / Dawson, A. / Lukac, I. / Teixeira, J.E. / Robinson, L. / Frame, L. / Seizova, S. / Damerow, S. / Tamaki, F. / ...

履歴

登録	2024年2月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年11月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2025年7月9日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: atom_site / entity ...atom_site / entity / pdbx_contact_author / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_planes / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_restr_ncs / refine_ls_shell / software / struct_asym / struct_mon_prot_cis / struct_ncs_dom_lim Item: _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description ..._entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _pdbx_distant_solvent_atoms.auth_seq_id / _pdbx_distant_solvent_atoms.neighbor_macromolecule_distance / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.dist / _pdbx_validate_planes.rmsd / _refine.B_iso_mean / _refine.aniso_B[1][1] / _refine.aniso_B[2][2] / _refine.aniso_B[3][3] / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.overall_SU_B / _refine.pdbx_overall_ESU_R / _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _refine_ls_restr_ncs.rms_dev_position / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_work / _software.version / _struct_asym.entity_id / _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id 解説: Ligand geometry 詳細: The lysine OXT atom was lost during the deposition process and has been restored. Provider: author / タイプ: Coordinate replacement

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8s00.cif.gz	243.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8s00.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8s00.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8s00_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8s00_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	8s00_validation.xml.gz	50.8 KB	表示
CIF形式データ	8s00_validation.cif.gz	71.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s0/8s00 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s0/8s00	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8r2aC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (7) #227 - 2018年11月テロメラーゼ (Telomerase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Lysine--tRNA ligase

B: Lysine--tRNA ligase

ヘテロ分子

125 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.987, 121.761, 143.092
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: MET / End label comp-ID: MET / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 44 - 543 / Label seq-ID: 20 - 519

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Lysine--tRNA ligase / Lysyl-tRNA synthetase 分子量: 61459.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cryptosporidium parvum Iowa (小形クリプトスポリジウム) 遺伝子: cgd4_2370 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5CR27, lysine-tRNA ligase

-
非ポリマー , 5種, 707分子

#2: 化合物	ChemComp-LYS / LYSINE / 2-アンモニオ-2-デアミノ-L-リシンアニオンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.195 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₅N₂O₂
#3: 化合物	ChemComp-A1H4W / 6-oxidanyl-~{N}-[(1-oxidanylcyclohexyl)methyl]-4-oxidanylidene-chromene-2-carboxamide 分子量: 317.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₁₉NO₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 696 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.44 % / 解説: plate
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Protein buffer: 25 mM HEPES, 500 mM NaCl, 5% glycerol, 0.5 mM TCEP, pH 7, 30 mg/ml Reservoir: 0.2 M Li2SO4, 14-18% PEG3350, 0.1 M tris pH 7.4-7.8 PH範囲: 7.4-7.8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97627 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97627 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→56.08 Å / Num. obs: 86869 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.8 % / B_iso Wilson estimate: 27.96 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.223 / R_pim(I) all: 0.09 / Net I/σ(I): 8.7
反射シェル	解像度: 2→2.04 Å / 冗長度: 14.1 % / R_merge(I) obs: 2.516 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 64489 / CC_1/2: 0.494 / R_pim(I) all: 1.002 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→56.08 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / SU B: 5.19 / SU ML: 0.132 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.162 / ESU R Free: 0.148 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2218	4333	4.992 %
R_work	0.1822	82460	-
all	0.184	-	-
obs	-	86793	99.976 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.068 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.827 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.749 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.923 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→56.08 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8098	0	112	696	8906

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.012	8415
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	7938
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.458	1.855	11344
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.517	1.763	18379
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.922	5	1003
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	8.052	5.357	56
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.578	10	1515
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.504	10	395
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	1210
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	9642
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1892
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.208	0.2	1548
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.189	0.2	7453
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	4051
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	4298
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.163	0.2	676
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.005	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.172	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.212	0.2	49
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.188	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.55	3.37	4020
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.549	3.37	4019
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.453	6.046	5016
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.452	6.045	5017
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.514	3.703	4395
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.514	3.703	4396
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.301	6.643	6327
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.301	6.643	6328
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.34	33.044	9605
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.3	32.481	9411
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.062	0.05	16601

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06226	0.05009
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06226	0.05009

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.052	0.334	304	0.321	6029	X-RAY DIFFRACTION	100
2.052-2.108	0.318	323	0.303	5867	X-RAY DIFFRACTION	100
2.108-2.169	0.293	324	0.271	5688	X-RAY DIFFRACTION	100
2.169-2.236	0.282	284	0.242	5538	X-RAY DIFFRACTION	99.9828
2.236-2.309	0.254	306	0.227	5354	X-RAY DIFFRACTION	99.8941
2.309-2.39	0.28	286	0.218	5206	X-RAY DIFFRACTION	99.9818
2.39-2.48	0.227	271	0.196	5038	X-RAY DIFFRACTION	100
2.48-2.581	0.25	240	0.191	4865	X-RAY DIFFRACTION	99.9804
2.581-2.695	0.25	240	0.187	4673	X-RAY DIFFRACTION	100
2.695-2.827	0.224	234	0.175	4469	X-RAY DIFFRACTION	100
2.827-2.979	0.237	196	0.171	4285	X-RAY DIFFRACTION	100
2.979-3.159	0.223	198	0.173	4045	X-RAY DIFFRACTION	100
3.159-3.377	0.211	171	0.157	3819	X-RAY DIFFRACTION	100
3.377-3.646	0.205	185	0.155	3565	X-RAY DIFFRACTION	100
3.646-3.992	0.196	170	0.161	3261	X-RAY DIFFRACTION	99.9126
3.992-4.461	0.177	168	0.143	2984	X-RAY DIFFRACTION	100
4.461-5.145	0.158	131	0.135	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
5.145-6.289	0.224	129	0.175	2257	X-RAY DIFFRACTION	100
6.289-8.838	0.2	107	0.151	1791	X-RAY DIFFRACTION	100
8.838-56.08	0.166	66	0.166	1065	X-RAY DIFFRACTION	99.9117

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