PDB-8r2a: CpKRS complexed with lysine and an inhibitor

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8r2a

タイトル

CpKRS complexed with lysine and an inhibitor

要素

Lysine--tRNA ligase

キーワード

LIGASE / lysine-trna ligase / ATP binding / inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

lysine-tRNA ligase / lysine-tRNA ligase activity / lysyl-tRNA aminoacylation / tRNA binding / ATP binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Cryptosporidium parvum (小形クリプトスポリジウム)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Dawson, A. / Baragana, B. / Caldwell, N.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Sci Transl Med / 年: 2024
タイトル: Cryptosporidium lysyl-tRNA synthetase inhibitors define the interplay between solubility and permeability required to achieve efficacy.
著者: Caldwell, N. / Peet, C. / Miller, P. / Colon, B.L. / Taylor, M.G. / Cocco, M. / Dawson, A. / Lukac, I. / Teixeira, J.E. / Robinson, L. / Frame, L. / Seizova, S. / Damerow, S. / Tamaki, F. / ...

履歴

登録	2023年11月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年10月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8r2a.cif.gz	423.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8r2a.ent.gz	340.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8r2a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r2/8r2a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r2/8r2a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8s00C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (7) #227 - 2018年11月テロメラーゼ (Telomerase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Lysine--tRNA ligase

D: Lysine--tRNA ligase

C: Lysine--tRNA ligase

B: Lysine--tRNA ligase

ヘテロ分子

248 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Lysine--tRNA ligase

B: Lysine--tRNA ligase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
124 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: Lysine--tRNA ligase

C: Lysine--tRNA ligase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
124 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.099, 118.667, 142.837
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.376, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A
3	2	A
4	2	A
5	3	A
6	3	A
7	4	A
8	4	A
9	5	A
10	5	A
11	6	A
12	6	A

NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A - H / Auth seq-ID: 45 - 704 / Label seq-ID: 21

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID
1	1	1
2	1	1
3	2	2
4	2	2
5	3	3
6	3	3
7	4	4
8	4	4
9	5	5
10	5	5
11	6	6
12	6	6

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ADCB

#1: タンパク質	Lysine--tRNA ligase / Lysyl-tRNA synthetase 分子量: 61329.914 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cryptosporidium parvum (小形クリプトスポリジウム) 遺伝子: CPATCC_001825 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7S7RG57, lysine-tRNA ligase

-
非ポリマー , 6種, 652分子

#2: 化合物	ChemComp-XLQ / 2-azanyl-4-(trifluoromethyl)-6-[[(1~{R},3~{S})-3-(trifluoromethyl)cyclohexyl]methyl]-7~{H}-pyrrolo[3,4-d]pyrimidin-5-one 分子量: 382.304 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₆F₆N₄O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-LYS / LYSINE / 2-アンモニオ-2-デアミノ-L-リシンアニオンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.195 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₅N₂O₂
#6: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 635 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.19 % / 解説: plate
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Protein buffer: 25 mM HEPES, 500 mM NaCl, 5% glycerol, 0.5 mM TCEP, pH 7.0, 30 mg/ml Reservoir: 0.2 M Li2SO4, 14-18% PEG 3350, 0.1 M tris pH 7.4-7.8 PH範囲: 7.4-7.8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97625 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→47.66 Å / Num. obs: 91915 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 3.3 % / B_iso Wilson estimate: 33.59 Å² / CC_1/2: 0.992 / R_merge(I) obs: 0.108 / R_pim(I) all: 0.102 / Χ²: 0.88 / Net I/σ(I): 8.6
反射シェル	解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.767 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 4619 / CC_1/2: 0.809 / R_pim(I) all: 0.706 / Χ²: 0.9 / % possible all: 97.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0403	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.4→47.657 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.932 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.905 / WR_factor R_free: 0.233 / WR_factor R_work: 0.201 / Average fsc free: 0.9392 / Average fsc work: 0.9573 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.526 / ESU R Free: 0.287 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.263	4690	5.104 %
R_work	0.2257	87198	-
all	0.228	-	-
obs	-	91888	96.422 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.464 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.141 Å²	0 Å²	0.421 Å²
2-	-	2.514 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.378 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→47.657 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16227	0	148	635	17010

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.012	16766
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	15777
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.192	1.655	22631
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.665	1.571	36521
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.874	5	2000
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.829	5.357	112
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	0.262	10	4
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.601	10	3013
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.32	10	789
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.056	0.2	2417
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	19214
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.008	0.02	3778
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.2	0.2	3090
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.201	0.2	14638
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	8005
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	8745
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.159	0.2	703
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.033	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.144	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.241	0.2	62
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.204	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.965	3.437	8024
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.965	3.437	8024
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.439	6.174	10016
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.439	6.174	10017
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.357	3.722	8742
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.343	3.72	8735
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.267	6.689	12615
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.257	6.684	12604
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.937	32.229	18377
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.931	32.247	18285
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.033	0.05	16799
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.031	0.05	16851
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.035	0.05	16800
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.034	0.05	16836
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.034	0.05	16800
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.032	0.05	16848

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03265	0.0501
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03265	0.0501
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0308	0.0501
2	4	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0308	0.0501
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03526	0.0501
3	6	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03526	0.0501
4	7	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0339	0.0501
4	8	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0339	0.0501
5	9	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03395	0.0501
5	10	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03395	0.0501
6	11	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0324	0.0501
6	12	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0324	0.0501

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.4-2.462	0.519	354	0.466	6475	0.469	7021	0.876	0.903	97.2653	0.443
2.462-2.529	0.514	335	0.433	6298	0.437	6832	0.88	0.912	97.0872	0.4
2.529-2.603	0.409	337	0.374	6090	0.376	6631	0.909	0.928	96.9235	0.34
2.603-2.682	0.385	308	0.354	5661	0.355	6451	0.911	0.927	92.5283	0.318
2.682-2.77	0.354	325	0.316	5781	0.318	6252	0.922	0.943	97.6647	0.28
2.77-2.867	0.356	318	0.277	5592	0.281	6055	0.925	0.954	97.6053	0.243
2.867-2.975	0.294	303	0.247	5359	0.249	5845	0.945	0.963	96.8691	0.219
2.975-3.096	0.307	267	0.241	5215	0.244	5634	0.937	0.966	97.3021	0.217
3.096-3.233	0.272	282	0.228	4957	0.23	5394	0.958	0.972	97.1264	0.213
3.233-3.39	0.256	235	0.218	4742	0.22	5156	0.96	0.977	96.5283	0.207
3.39-3.572	0.227	206	0.217	4320	0.218	4927	0.962	0.977	91.8612	0.208
3.572-3.788	0.222	228	0.191	4278	0.192	4642	0.972	0.984	97.0702	0.185
3.788-4.047	0.219	239	0.18	3989	0.182	4383	0.969	0.984	96.4636	0.175
4.047-4.369	0.168	187	0.142	3807	0.144	4086	0.984	0.989	97.7484	0.14
4.369-4.782	0.151	173	0.126	3460	0.127	3763	0.986	0.991	96.5453	0.124
4.782-5.34	0.196	168	0.157	3033	0.159	3418	0.979	0.987	93.6513	0.153
5.34-6.153	0.208	163	0.19	2808	0.191	3018	0.975	0.985	98.4427	0.182
6.153-7.504	0.227	124	0.199	2407	0.2	2574	0.981	0.984	98.3295	0.193
7.504-10.484	0.204	100	0.179	1789	0.18	2017	0.986	0.988	93.6539	0.18
10.484-47.657	0.219	38	0.246	1137	0.245	1185	0.98	0.972	99.1561	0.256

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