PDB-8ryc: TEAD2 with an inhibitor

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ryc

タイトル

TEAD2 with an inhibitor

要素

Transcriptional enhancer factor TEF-4

キーワード

TRANSCRIPTION / inhibitor / complex

機能・相同性

機能・相同性情報

TEAD-YAP complex / lateral mesoderm development / RUNX3 regulates YAP1-mediated transcription / notochord development / YAP1- and WWTR1 (TAZ)-stimulated gene expression / paraxial mesoderm development / hippo signaling / Formation of axial mesoderm / regulation of stem cell differentiation / embryonic heart tube morphogenesis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.09 Å

データ登録者

Guichou, J.F. / Gelin, M. / Allemand, F.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: TEAD2 with an inhibitor
著者: Guichou, J.F. / Gelin, M. / Allemand, F.

履歴

登録	2024年2月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年2月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ryc.cif.gz	192.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ryc.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ryc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ry/8ryc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ry/8ryc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8rxlC 8rxpC 8rxqC 8rxvC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (1) #20 - 2001年8月ポリオウイルスとライノウイルス (Poliovirus and Rhinovirus) 類似性 (1) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (1)
#20 - 2001年8月
ポリオウイルスとライノウイルス (Poliovirus and Rhinovirus)
類似性 (1)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Transcriptional enhancer factor TEF-4

B: Transcriptional enhancer factor TEF-4

ヘテロ分子

55.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Transcriptional enhancer factor TEF-4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
27.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Transcriptional enhancer factor TEF-4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
27.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	124.295, 61.445, 79.932
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 117.49, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Transcriptional enhancer factor TEF-4 / TEA domain family member 2 / TEAD-2 分子量: 27489.096 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TEAD2, TEF4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15562
#2: 化合物	ChemComp-A1H32 / 5-phenylmethoxy-1~{H}-indole 分子量: 223.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₃NO
#3: 化合物	ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID / ミリスチン酸分子量: 228.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₈O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.59 %
結晶化	温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 2.8M sodium formate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.9697 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9697 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.09→70.91 Å / Num. obs: 31749 / % possible obs: 99.59 % / 冗長度: 3 % / CC_1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / Net I/σ(I): 8.98
反射シェル	解像度: 2.09→2.16 Å / Num. unique obs: 3133 / CC_1/2: 0.723 / CC star: 0.916

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
XDS		データ削減
pointless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.09→70.91 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.44 / 位相誤差: 29.65 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2494	1585	5 %
R_work	0.2089	-	-
obs	0.211	31727	99.49 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.09→70.91 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3428	0	31	68	3527

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	3585
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.987	4857
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.707	507
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	515
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	650

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.09-2.16	0.3882	125	0.3304	2689	X-RAY DIFFRACTION	98
2.16-2.23	0.3487	156	0.3021	2718	X-RAY DIFFRACTION	100
2.23-2.32	0.3318	134	0.2662	2725	X-RAY DIFFRACTION	100
2.32-2.43	0.2779	151	0.2468	2732	X-RAY DIFFRACTION	100
2.43-2.56	0.2922	136	0.2542	2750	X-RAY DIFFRACTION	100
2.56-2.72	0.3447	130	0.2635	2739	X-RAY DIFFRACTION	99
2.72-2.93	0.2933	149	0.2367	2717	X-RAY DIFFRACTION	99
2.93-3.22	0.2587	150	0.2286	2738	X-RAY DIFFRACTION	100
3.22-3.69	0.241	141	0.1952	2770	X-RAY DIFFRACTION	100
3.69-4.65	0.2258	155	0.1612	2757	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.7585	-0.5183	-5.5894	4.35	1.5015	8.2696	0.2745	-0.9827	1.1378	0.2012	0.2493	0.2843	-0.7737	0.1251	-0.4428	0.5061	0.0075	0.0801	0.3643	-0.0027	0.2935	40.0241	52.6839	-7.6435
2	5.9288	-1.8692	-0.304	7.3601	2.249	7.7212	-0.0922	-1.1429	1.0869	0.6636	0.3777	0.326	-0.8658	0.2245	-0.1868	0.5965	-0.0458	0.202	0.3917	-0.0872	0.5352	44.0874	59.557	-10.6159
3	3.9103	1.2099	-1.3871	4.3651	-0.2445	6.3303	0.0141	0.3805	0.0382	-0.5617	0.1484	0.3977	0.1283	-0.6404	-0.1208	0.4441	0.0563	0.0373	0.2952	0.0507	0.4187	34.9899	48.1891	-21.0233
4	3.5886	0.1347	-2.9516	1.1774	-0.4765	6.383	-0.0039	-0.4023	0.022	0.1732	0.1371	0.1635	0.0804	0.3462	-0.1257	0.3872	0.0562	0.0219	0.2348	0.0107	0.3222	43.0563	47.4256	-14.1797
5	0.6318	1.2292	0.1426	3.4639	1.1608	3.9187	0.2865	-0.7188	-0.3295	0.1229	-0.2566	0.086	0.6576	-0.8667	-0.0831	0.3241	-0.0829	0.0631	0.3963	-0.0067	0.2469	42.6955	15.127	-10.6772
6	7.6377	0.1229	3.6038	1.5838	1.3656	6.5473	-0.2147	0.3835	-0.2947	-0.0945	0.3294	-0.3949	-0.0611	0.8739	-0.1709	0.378	0.016	0.0585	0.3276	0.0276	0.3255	56.4575	18.7918	-16.0839
7	3.0364	0.6095	1.4703	1.0525	1.2065	6.2786	-0.0457	-0.305	0.2135	-0.1146	0.0043	-0.0374	-0.41	-0.4285	0.0791	0.4511	0.0809	0.0645	0.261	0.0412	0.3295	46.2288	23.7634	-14.8651
8	4.676	6.201	2.2772	8.8539	1.3039	6.1038	-0.141	0.2605	-1.5205	-0.1447	0.5022	-0.693	0.3826	0.5659	-0.2814	0.3926	0.092	0.054	0.3115	-0.0525	0.4059	54.0369	10.5652	-18.4816

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 221 through 238 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 239 through 267 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 268 through 325 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 326 through 446 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 217 through 255 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 256 through 325 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 326 through 430 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 431 through 447 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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