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- PDB-8rxl: TEAD2 with an inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rxl
タイトルTEAD2 with an inhibitor
要素Transcriptional enhancer factor TEF-4
キーワードTRANSCRIPTION / inhibitor / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


TEAD-YAP complex / lateral mesoderm development / RUNX3 regulates YAP1-mediated transcription / notochord development / YAP1- and WWTR1 (TAZ)-stimulated gene expression / paraxial mesoderm development / hippo signaling / Formation of axial mesoderm / regulation of stem cell differentiation / embryonic heart tube morphogenesis ...TEAD-YAP complex / lateral mesoderm development / RUNX3 regulates YAP1-mediated transcription / notochord development / YAP1- and WWTR1 (TAZ)-stimulated gene expression / paraxial mesoderm development / hippo signaling / Formation of axial mesoderm / regulation of stem cell differentiation / embryonic heart tube morphogenesis / embryonic organ development / vasculogenesis / cellular response to retinoic acid / neural tube closure / transcription coactivator binding / sequence-specific double-stranded DNA binding / disordered domain specific binding / protein-containing complex assembly / transcription regulator complex / transcription by RNA polymerase II / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / intracellular membrane-bounded organelle / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
TEA/ATTS domain / Transcriptional enhancer factor, metazoa / TEA/ATTS domain superfamily / TEA/ATTS domain / TEA domain signature. / TEA domain profile. / TEA domain / YAP binding domain / : / YAP binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Transcriptional enhancer factor TEF-4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.29 Å
データ登録者Guichou, J.F. / Gelin, M. / Allemand, F.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: TEAD2 with an inhibitor
著者: Guichou, J.F. / Gelin, M. / Allemand, F.
履歴
登録2024年2月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Transcriptional enhancer factor TEF-4
A: Transcriptional enhancer factor TEF-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,5895
ポリマ－54,9102
非ポリマー6793
水34219
1
B: Transcriptional enhancer factor TEF-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8403
ポリマ－27,4551
非ポリマー3852
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Transcriptional enhancer factor TEF-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7482
ポリマ－27,4551
非ポリマー2931
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)122.922, 61.651, 80.111
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 117.51, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional enhancer factor TEF-4 / TEA domain family member 2 / TEAD-2


分子量: 27455.016 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TEAD2, TEF4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15562
#2: 化合物 ChemComp-A1H3Z / 4-(5-phenylmethoxy-1~{H}-indol-3-yl)butan-2-one


分子量: 293.360 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H19NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.92 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 2.8M sodium formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.9697 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9697 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.29→48.45 Å / Num. obs: 21606 / % possible obs: 88.09 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 0.91 / CC star: 0.976 / Net I/σ(I): 14.71
反射 シェル解像度: 2.29→2.37 Å / Num. unique obs: 1714 / CC1/2: 0.797 / CC star: 0.942

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
XDSデータ削減
pointlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.29→48.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 14.36 / SU ML: 0.306 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.366 / ESU R Free: 0.271 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27061 1058 5 %RANDOM
Rwork0.20829 ---
obs0.21151 20091 88.13 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 67.911 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.47 Å20 Å2-0.19 Å2
2--0.36 Å2-0 Å2
3---0.2 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.29→48.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3317 0 50 19 3386
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0193460
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023245
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5961.9614675
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.93137419
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.7595399
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.34922.768177
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.07115573
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.361531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2498
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023864
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02891
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.4946.4731611
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.4966.4711610
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.9069.6822002
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.9049.6842003
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.1147.1311849
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.1127.1321850
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other8.06710.4742673
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined11.4452.6093624
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other11.43752.6173623
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.29→2.35 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.349 62 -
Rwork0.34 1171 -
obs--70.3 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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