PDB-8rxp: TEAD2 with an inhibitor

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8rxp

タイトル

TEAD2 with an inhibitor

要素

Transcriptional enhancer factor TEF-4

キーワード

TRANSCRIPTION / inhibitor / complex

機能・相同性

機能・相同性情報

TEAD-YAP complex / lateral mesoderm development / RUNX3 regulates YAP1-mediated transcription / notochord development / YAP1- and WWTR1 (TAZ)-stimulated gene expression / paraxial mesoderm development / hippo signaling / Formation of axial mesoderm / regulation of stem cell differentiation / embryonic heart tube morphogenesis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.49 Å

データ登録者

Guichou, J.F. / Gelin, M. / Allemand, F.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: TEAD2 with an inhibitor
著者: Guichou, J.F. / Gelin, M. / Allemand, F.

履歴

登録	2024年2月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年2月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8rxp.cif.gz	184.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8rxp.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8rxp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8rxp_validation.pdf.gz	991 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8rxp_full_validation.pdf.gz	1010.2 KB	表示
XML形式データ	8rxp_validation.xml.gz	20.2 KB	表示
CIF形式データ	8rxp_validation.cif.gz	25.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rx/8rxp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rx/8rxp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8rxlC 8rxqC 8rxvC 8rycC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: Transcriptional enhancer factor TEF-4

A: Transcriptional enhancer factor TEF-4

ヘテロ分子

55.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Transcriptional enhancer factor TEF-4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
27.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Transcriptional enhancer factor TEF-4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
27.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	113.754, 61.320, 80.055
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 111.60, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Transcriptional enhancer factor TEF-4 / TEA domain family member 2 / TEAD-2 分子量: 27489.096 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TEAD2, TEF4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15562
#2: 化合物	ChemComp-A1H3Y / 2-(5-phenylmethoxy-1~{H}-indol-3-yl)ethanol 分子量: 267.322 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₁₇NO₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.24 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 2.8M sodium formate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.9697 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9697 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.49→47.55 Å / Num. obs: 18061 / % possible obs: 97.95 % / 冗長度: 3.1 % / CC_1/2: 0.945 / CC star: 0.986 / Net I/σ(I): 10.15
反射シェル	解像度: 2.49→2.58 Å / Num. unique obs: 1823 / CC_1/2: 0.454 / CC star: 0.79

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
XDS		データ削減
pointless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.49→47.55 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 33.43 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.274	889	4.98 %
R_work	0.2143	-	-
obs	0.2173	17837	97.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.49→47.55 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3313	0	40	7	3360

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	3446
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.147	4657
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.743	460
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	497
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	595

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.49-2.64	0.3659	147	0.304	2826	X-RAY DIFFRACTION	99
2.64-2.85	0.3867	146	0.3044	2822	X-RAY DIFFRACTION	98
2.85-3.13	0.3209	150	0.2667	2840	X-RAY DIFFRACTION	99
3.13-3.59	0.2704	148	0.2331	2802	X-RAY DIFFRACTION	97
3.59-4.52	0.2598	147	0.1833	2798	X-RAY DIFFRACTION	97
4.52-47.55	0.2376	151	0.1862	2860	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.3352	-0.9922	3.7104	2.9907	0.9334	8.8883	0.1842	-0.6867	0.0651	-0.0414	0.0996	-0.3852	0.3778	0.496	-0.2254	0.4983	-0.0159	-0.0137	0.6157	-0.0315	0.3935	-27.1466	-15.0009	27.8792
2	8.9156	-0.5413	0.6101	4.0203	1.3564	7.9332	-0.2565	0.2092	-0.6097	0.139	0.2401	-0.2235	0.3288	-0.073	-0.1359	0.6688	0.0407	0.025	0.2903	-0.0318	0.2573	-29.9501	-17.0673	19.5881
3	5.033	-0.6662	2.3079	3.1527	1.4913	8.1201	-0.1682	0.0582	0.1761	-0.2182	0.3176	-0.4838	-0.4514	0.7527	-0.1699	0.5782	-0.0546	0.0999	0.3407	-0.0132	0.3757	-24.5928	-10.2503	19.4724
4	4.0283	0.5741	1.3659	4.0299	2.5576	5.4496	0.051	-0.4397	0.3787	-0.4163	0.1058	-0.0341	-1.7692	0.0187	-0.225	0.6311	0.0516	0.0456	0.4615	-0.0292	0.4538	-26.7849	-2.1779	23.7513
5	5.2048	-0.5346	2.3804	3.0334	2.0133	6.6682	-0.2364	-1.2449	-0.1524	0.2873	0.1403	-0.1899	0.0416	-1.0549	0.1765	0.4732	0.0738	0.1551	0.8626	-0.093	0.4789	-32.9727	-8.9989	34.2203
6	4.6077	1.0332	2.0775	2.8539	2.7863	9.6875	-0.1056	0.0609	0.0101	-0.5397	0.2574	-0.2701	-0.5649	0.0749	-0.089	0.4991	0.0514	0.067	0.2624	0.0575	0.3557	-28.9729	-10.1359	13.2923
7	8.1476	3.2085	2.3428	6.2248	2.7657	8.4655	0.0829	-0.4865	-0.9025	-0.0248	0.3549	-0.4812	0.5543	0.0445	-0.5199	0.4407	0.1961	-0.0983	0.3488	0.0692	0.4475	-23.682	-22.0555	16.6419
8	8.7648	-0.3534	-1.9826	3.4487	-1.1416	5.3805	0.0605	0.3585	0.0232	-0.1437	0.2361	0.3531	-0.1646	-0.2906	-0.3127	0.5359	0.0444	0.0022	0.3446	0.0349	0.3809	-38.56	18.4416	21.2647
9	3.7253	0.6897	-3.1455	1.3868	-0.5508	7.9051	0.0899	-0.3191	0.1063	0.037	0.0958	0.0719	0.0147	0.3394	-0.1765	0.4835	0.0669	-0.0145	0.3009	-0.0194	0.3972	-32.4838	16.2553	21.5779

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 220 through 238 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 239 through 277 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 278 through 335 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 336 through 362 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 363 through 380 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 381 through 430 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 431 through 446 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 222 through 293 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 294 through 446 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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