PDB-8rxv: TEAD2 with an inhibitor

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8rxv

タイトル

TEAD2 with an inhibitor

要素

Transcriptional enhancer factor TEF-4

キーワード

TRANSCRIPTION / inhibitor / complex

機能・相同性

機能・相同性情報

TEAD-YAP complex / lateral mesoderm development / RUNX3 regulates YAP1-mediated transcription / notochord development / YAP1- and WWTR1 (TAZ)-stimulated gene expression / paraxial mesoderm development / hippo signaling / Formation of axial mesoderm / regulation of stem cell differentiation / embryonic heart tube morphogenesis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Guichou, J.F. / Gelin, M. / Allemand, F.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: TEAD2 with an inhibitor
著者: Guichou, J.F. / Gelin, M. / Allemand, F.

履歴

登録	2024年2月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年2月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8rxv.cif.gz	185 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8rxv.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8rxv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8rxv_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8rxv_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	8rxv_validation.xml.gz	20.8 KB	表示
CIF形式データ	8rxv_validation.cif.gz	26.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rx/8rxv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rx/8rxv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8rxlC 8rxpC 8rxqC 8rycC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Transcriptional enhancer factor TEF-4

B: Transcriptional enhancer factor TEF-4

ヘテロ分子

55.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Transcriptional enhancer factor TEF-4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
27.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Transcriptional enhancer factor TEF-4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
27.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	114.292, 61.391, 80.041
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 111.37, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Transcriptional enhancer factor TEF-4 / TEA domain family member 2 / TEAD-2 分子量: 27489.096 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TEAD2, TEF4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15562
#2: 化合物	ChemComp-A1H3W / ~{N}-[2-(5-phenylmethoxy-1~{H}-indol-3-yl)ethyl]methanesulfonamide 分子量: 344.428 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₂₀N₂O₃S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.33 %
結晶化	温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 2.8M sodium formate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.9697 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9697 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→47.58 Å / Num. obs: 60218 / % possible obs: 99.14 % / 冗長度: 3.3 % / CC_1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / Net I/σ(I): 9.08
反射シェル	解像度: 2.05→2.12 Å / Num. unique obs: 3111 / CC_1/2: 0.418 / CC star: 0.768

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
XDS		データ削減
pointless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.05→47.58 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.88 / 位相誤差: 44.14 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2975	1811	3.01 %
R_work	0.2479	-	-
obs	0.2494	60218	94.72 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→47.58 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3326	0	48	4	3378

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	3482
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.105	4715
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.426	471
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	502
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	604

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.05-2.11	0.5315	125	0.53	4068	X-RAY DIFFRACTION	86
2.11-2.17	0.5328	140	0.5094	4564	X-RAY DIFFRACTION	96
2.17-2.24	0.522	142	0.4766	4612	X-RAY DIFFRACTION	97
2.24-2.32	0.4335	148	0.43	4586	X-RAY DIFFRACTION	97
2.32-2.41	0.3886	142	0.38	4571	X-RAY DIFFRACTION	96
2.41-2.52	0.3632	140	0.36	4583	X-RAY DIFFRACTION	97
2.52-2.65	0.4023	135	0.3378	4444	X-RAY DIFFRACTION	94
2.65-2.82	0.3778	142	0.3242	4580	X-RAY DIFFRACTION	96
2.82-3.04	0.2867	140	0.28	4585	X-RAY DIFFRACTION	97
3.04-3.34	0.374	142	0.2544	4521	X-RAY DIFFRACTION	96
3.34-3.83	0.2649	141	0.212	4471	X-RAY DIFFRACTION	94
3.83-4.82	0.2702	137	0.1818	4430	X-RAY DIFFRACTION	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.2262	-0.2599	-4.105	4.7293	0.1348	6.5196	0.4444	-1.2512	0.3428	0.0608	-0.0334	0.4125	-0.6797	0.5123	-0.2962	0.5706	0.0413	0.0337	0.6234	0.0053	0.5171	36.3121	52.3068	-8.044
2	0.4758	-0.7062	0.6912	3.1814	-1.733	1.1861	0.0042	-1.5146	1.332	1.0282	0.4433	-0.3702	-0.3579	1.4462	-0.0395	0.8383	0.014	0.0185	1.034	-0.1026	0.5775	49.9331	53.8666	-13.1876
3	2.8013	0.8946	-2.8339	4.2859	2.8426	6.2615	-0.1587	1.8048	0.8448	-0.4016	0.3021	1.4377	-0.7286	-0.9721	-0.1675	0.7988	0.1261	-0.0654	0.9458	0.1327	0.8404	26.136	54.0821	-22.4001
4	3.0578	1.2459	-1.8017	6.2799	-0.9448	7.1447	0.1017	1.2293	-1.4938	-1.4142	0.3675	0.7892	2.3248	-0.9344	0.3056	0.856	-0.1182	-0.1342	0.9993	-0.0462	0.9839	24.1192	41.2053	-20.1814
5	4.5307	0.2717	-2.6934	4.8848	-1.0201	7.4879	-0.2342	-0.6868	0.2122	-0.0421	0.145	-0.2759	0.0969	1.0429	-0.1677	0.442	0.035	-0.0284	0.4652	0.0102	0.39	41.5507	52.4553	-18.8868
6	2.8413	-0.2252	-3.7992	0.6915	-1.2721	8.6533	0.1063	-0.6461	-0.0734	-0.0037	-0.0822	-0.1599	0.438	0.8027	0.1399	0.7618	0.1442	-0.0164	0.6501	0.0618	0.5513	38.3066	44.3136	-7.1311
7	5.5525	1.5333	-4.1514	2.2992	-1.2338	7.2513	0.071	-0.2158	0.2138	-0.0244	0.1206	0.1348	0.1102	0.2858	-0.1536	0.4958	0.0748	-0.0918	0.4387	-0.0063	0.4939	38.8745	50.1066	-21.7097
8	8.8416	1.036	0.8385	2.7892	1.293	7.7287	-0.1028	-0.2122	0.1348	-0.1544	0.2269	-0.3361	0.1761	0.5879	-0.1445	0.4298	0.034	-0.0558	0.3523	-0.0143	0.4369	45.7068	17.7097	-16.7553
9	3.748	-0.1614	0.2225	2.2365	1.1814	7.6142	-0.0292	-0.4034	0.1516	-0.0749	0.1645	-0.238	-0.1897	-0.017	-0.1255	0.4068	0.0497	-0.0233	0.3896	0.019	0.5057	43.109	21.8974	-17.0952

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 222 through 237 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 238 through 255 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 256 through 277 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 278 through 293 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 294 through 326 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 327 through 380 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 381 through 447 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 220 through 325 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 326 through 447 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)