PDB-8rxq: TEAD2 with an inhibitor

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8rxq

タイトル

TEAD2 with an inhibitor

要素

Transcriptional enhancer factor TEF-4

キーワード

TRANSCRIPTION / inhibitor / complex

機能・相同性

機能・相同性情報

TEAD-YAP complex / lateral mesoderm development / RUNX3 regulates YAP1-mediated transcription / notochord development / YAP1- and WWTR1 (TAZ)-stimulated gene expression / paraxial mesoderm development / hippo signaling / Formation of axial mesoderm / regulation of stem cell differentiation / embryonic heart tube morphogenesis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.63 Å

データ登録者

Guichou, J.F. / Gelin, M. / Allemand, F.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: TEAD2 with an inhibitor
著者: Guichou, J.F. / Gelin, M. / Allemand, F.

履歴

登録	2024年2月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年2月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8rxq.cif.gz	185.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8rxq.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8rxq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8rxq_validation.pdf.gz	722.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8rxq_full_validation.pdf.gz	730.2 KB	表示
XML形式データ	8rxq_validation.xml.gz	19.1 KB	表示
CIF形式データ	8rxq_validation.cif.gz	24.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rx/8rxq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rx/8rxq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8rxlC 8rxpC 8rxvC 8rycC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: Transcriptional enhancer factor TEF-4

A: Transcriptional enhancer factor TEF-4

ヘテロ分子

55.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Transcriptional enhancer factor TEF-4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
27.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Transcriptional enhancer factor TEF-4

登録者が定義した集合体
27.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	123.135, 61.309, 80.186
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 117.42, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Transcriptional enhancer factor TEF-4 / TEA domain family member 2 / TEAD-2 分子量: 27489.096 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TEAD2, TEF4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15562
#2: 化合物	ChemComp-A1H3X / ethyl (~{E})-3-(5-phenylmethoxy-1~{H}-indol-3-yl)prop-2-enoate 分子量: 321.370 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₁₉NO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.66 %
結晶化	温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 2.8M sodium formate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.9697 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9697 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.63→54.65 Å / Num. obs: 26769 / % possible obs: 94.77 % / 冗長度: 1.8 % / CC_1/2: 0.985 / CC star: 0.996 / Net I/σ(I): 5.68
反射シェル	解像度: 2.63→2.72 Å / Num. unique obs: 2647 / CC_1/2: 0.586 / CC star: 0.859

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
XDS		データ削減
pointless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.63→54.65 Å / SU ML: 0.54 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 36.03 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.269	1338	5 %
R_work	0.22	-	-
obs	0.2225	26769	86.58 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.63→54.65 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3353	0	24	0	3377

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	3460
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.079	4672
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.946	458
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	499
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	599

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.63-2.73	0.4135	138	0.3877	2430	X-RAY DIFFRACTION	82
2.73-2.83	0.375	132	0.3607	2547	X-RAY DIFFRACTION	87
2.83-2.96	0.4448	127	0.3406	2595	X-RAY DIFFRACTION	88
2.96-3.12	0.3867	157	0.3211	2671	X-RAY DIFFRACTION	91
3.12-3.31	0.2721	122	0.27	2608	X-RAY DIFFRACTION	89
3.32-3.57	0.3374	142	0.2234	2526	X-RAY DIFFRACTION	86
3.57-3.93	0.2454	127	0.2083	2575	X-RAY DIFFRACTION	88
3.93-4.5	0.236	144	0.1664	2526	X-RAY DIFFRACTION	86
4.5-5.66	0.1897	141	0.1649	2552	X-RAY DIFFRACTION	87
5.67-54.65	0.2631	108	0.1979	2401	X-RAY DIFFRACTION	81

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.3468	1.4786	3.619	3.0668	0.7916	6.2375	0.3218	-0.3652	-0.5293	0.4222	-0.1481	-0.2858	0.6656	-0.0218	-0.2282	0.6077	0.0405	0.0396	0.4251	0.0521	0.5781	-32.5335	-16.9663	22.8826
2	4.7882	3.3356	-1.7957	2.5599	-0.8014	1.5725	-0.7888	1.7876	1.1119	-1.3581	0.6834	0.078	0.181	0.5547	0.0388	0.7936	-0.1795	-0.1588	1.0517	0.1931	0.9342	-18.2639	-2.512	18.6372
3	3.7704	1.5903	1.3283	2.9684	1.0984	6.4436	0.006	0.5162	0.0173	-0.0066	-0.0077	-0.0607	0.6345	0.2912	-0.2076	0.6975	0.0211	0.0452	0.4409	0.0199	0.5259	-32.4052	-16.7061	16.7521
4	4.0678	0.6368	0.7033	2.4314	0.7472	5.8775	0.1526	-0.5936	0.3537	0.2831	-0.1536	0.0552	-0.598	-0.7166	0.0436	0.5073	0.0942	0.036	0.5432	-0.0458	0.5253	-35.5781	-6.5703	27.6061
5	3.2187	0.6385	1.5607	1.2151	1.6079	6.3154	0.1526	-0.0131	-0.1504	-0.2219	0.1256	-0.2621	0.0473	-0.0643	-0.1186	0.6083	0.0084	0.0663	0.4305	0.0242	0.6016	-31.5669	-13.5208	14.0023
6	7.537	0.9376	-1.6288	3.6539	-0.5092	6.6886	0.5842	0.0119	0.4016	-0.3963	-0.1741	0.0545	-0.8465	0.1674	-0.1127	0.6826	0.1501	0.0886	0.4291	0.0176	0.6149	-39.0567	20.9549	22.2864
7	3.1631	-2.0484	1.1711	1.6752	-0.9043	0.4958	-0.3425	1.246	-1.3432	-1.2509	0.5964	0.1669	0.96	0.0405	0.2528	1.0077	-0.094	0.1908	0.9559	-0.0394	1.1767	-51.7821	8.8159	15.0636
8	4.6523	0.2993	-3.6226	1.9976	-1.0849	7.5303	0.1338	-0.3589	0.2739	0.0161	-0.0238	0.0023	-0.077	0.4712	-0.1226	0.5876	0.0471	-0.0001	0.3774	-0.0027	0.5311	-36.9157	15.6715	21.1134

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 218 through 277 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 278 through 293 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 294 through 325 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 326 through 380 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 381 through 446 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 222 through 277 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 278 through 293 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 294 through 446 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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