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万見
- PDB-8rxg: Crystal structure of alpha-keto C-methyl transferase SgvM bound to SAM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rxg
タイトルCrystal structure of alpha-keto C-methyl transferase SgvM bound to SAM
要素Methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / S adenosylmethionine-dependent methyltransferases / biocatalysis / C-alkylation
機能・相同性
機能・相同性情報


methyltransferase activity / methylation / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Methyltransferase type 12 / Methyltransferase domain / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
2-OXO-4-METHYLPENTANOIC ACID / S-ADENOSYLMETHIONINE / Methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces griseoviridis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.813 Å
データ登録者Gerhardt, S. / Andexer, J.N.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2024
タイトル: Structures and Protein Engineering of the alpha-Keto Acid C-Methyltransferases SgvM and MrsA for Rational Substrate Transfer.
著者: Sommer-Kamann, C. / Breiltgens, J. / Zou, Z. / Gerhardt, S. / Saleem-Batcha, R. / Kemper, F. / Einsle, O. / Andexer, J.N. / Muller, M.
履歴
登録2024年2月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月16日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / pdbx_entry_details
Item: _citation.journal_volume / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,5415
ポリマ－36,9111
非ポリマー6294
水6,269348
1
A: Methyltransferase
ヘテロ分子

A: Methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,08210
ポリマ－73,8232
非ポリマー1,2598
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area8050 Å2
ΔGint-130 kcal/mol
Surface area25980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.205, 67.205, 183.006
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Methyltransferase


分子量: 36911.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces griseoviridis (バクテリア)
プラスミド: pET28a (+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold (DE3) / 参照: UniProt: R9UTR3

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非ポリマー , 5種, 352分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-COI / 2-OXO-4-METHYLPENTANOIC ACID / alpha-ketoisocaproic acid


分子量: 130.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H10O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 348 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.06 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 100 mM Tris/HCl pH 8.5, 250 mM Li2SO4, and 23% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.00004 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00004 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.813→63.0857 Å / Num. obs: 39049 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 26.3 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.203 / Rpim(I) all: 0.059 / Rsym value: 0.203 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 1.813→1.844 Å / 冗長度: 27.5 % / Rmerge(I) obs: 8.708 / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / Num. unique obs: 1880 / CC1/2: 0.35 / Rsym value: 8.708 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4精密化
autoPROCデータ削減
XDSJun 30, 2023データ削減
autoPROC1.0.5データスケーリング
Aimless0.7.15データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.813→63.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU R Cruickshank DPI: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.13 / SU Rfree Blow DPI: 0.127 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.12
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2371 1927 -RANDOM
Rwork0.1946 ---
obs0.1966 38503 98.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 53.89 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.8479 Å20 Å20 Å2
2---3.8479 Å20 Å2
3---7.6958 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.23 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.813→63.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2571 0 38 348 2957
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.015207HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.959368HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1563SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes874HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5207HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion346SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies1HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4901SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.5
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.7
LS精密化 シェル解像度: 1.813→1.83 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3693 42 -
Rwork0.3844 --
obs--80.82 %
精密化 TLSOrigin x: -0.4658 Å / Origin y: 23.2931 Å / Origin z: -3.5484 Å
111213212223313233
T-0.0202 Å20.0304 Å2-0.0111 Å2-0.1103 Å20.0091 Å2--0.0882 Å2
L0.7328 °20.2 °2-0.215 °2-0.8995 °2-0.119 °2--1.6725 °2
S0.0232 Å °0.0114 Å °-0.1268 Å °0.0114 Å °0.0137 Å °-0.4513 Å °-0.1268 Å °-0.4513 Å °-0.0368 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A4 - 339
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A1001 - 1005

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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