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- PDB-8rx1: CryoEM structure of the gTuRC-CM1dim complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rx1
タイトルCryoEM structure of the gTuRC-CM1dim complex
要素
  • (Gamma-tubulin complex component ...) x 5
  • (Mitotic-spindle organizing protein ...) x 2
  • Actin b
  • CM1
  • Tubulin gamma-1 chain
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / gTuRC / gTuSC / CM1 / CDK5RAP2 / gamma-tubulin / microtubule / alfa/beta-tubulin nucleation / cytoskeleton
機能・相同性
機能・相同性情報


microtubule nucleation by interphase microtubule organizing center / gamma-tubulin complex localization / microtubule nucleator activity / polar microtubule / interphase microtubule organizing center / gamma-tubulin complex / gamma-tubulin ring complex / mitotic spindle microtubule / meiotic spindle organization / microtubule nucleation ...microtubule nucleation by interphase microtubule organizing center / gamma-tubulin complex localization / microtubule nucleator activity / polar microtubule / interphase microtubule organizing center / gamma-tubulin complex / gamma-tubulin ring complex / mitotic spindle microtubule / meiotic spindle organization / microtubule nucleation / gamma-tubulin binding / non-motile cilium / pericentriolar material / cell leading edge / microtubule organizing center / mitotic sister chromatid segregation / single fertilization / mitotic spindle assembly / cytoplasmic microtubule / spindle assembly / cytoplasmic microtubule organization / centriole / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / AURKA Activation by TPX2 / condensed nuclear chromosome / mitotic spindle organization / meiotic cell cycle / brain development / recycling endosome / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / spindle / neuron migration / spindle pole / apical part of cell / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / mitotic cell cycle / microtubule cytoskeleton / protein-containing complex assembly / microtubule binding / microtubule / neuron projection / ciliary basal body / cilium / centrosome / GTP binding / structural molecule activity / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
MOZART2 family / Mitotic-spindle organizing gamma-tubulin ring associated / Mitotic-spindle organizing protein 1 / Mitotic-spindle organizing gamma-tubulin ring associated / Gamma-tubulin complex component 6, N-terminal / Gamma-tubulin complex component 6 N-terminus / Gamma tubulin / Gamma tubulin complex component, C-terminal / Gamma-tubulin complex component, C-terminal domain superfamily / Gamma tubulin complex component C-terminal ...MOZART2 family / Mitotic-spindle organizing gamma-tubulin ring associated / Mitotic-spindle organizing protein 1 / Mitotic-spindle organizing gamma-tubulin ring associated / Gamma-tubulin complex component 6, N-terminal / Gamma-tubulin complex component 6 N-terminus / Gamma tubulin / Gamma tubulin complex component, C-terminal / Gamma-tubulin complex component, C-terminal domain superfamily / Gamma tubulin complex component C-terminal / Gamma-tubulin complex component protein / Gamma tubulin complex component protein, N-terminal / Gamma tubulin complex component N-terminal / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Tubulin gamma-1 chain / Mitotic-spindle organizing protein 1 / Mitotic-spindle organizing protein 2A / Gamma-tubulin complex component 3 / Gamma-tubulin complex component 6 / Gamma-tubulin complex component 5 / Gamma-tubulin complex component 2 / Gamma-tubulin complex component 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.57 Å
データ登録者Llorca, O. / Serna, M. / Gonzalez-Rodriguez, N.
資金援助 スペイン, European Union, 2件
組織認可番号国
Agencia Estatal de Investigacion (AEI)AEI/10.13039/501100011 003 スペイン
European Regional Development FundPID2020-114429RB-I00European Union
引用ジャーナル: Dev Cell / 年: 2024
タイトル: CDK5RAP2 activates microtubule nucleator γTuRC by facilitating template formation and actin release.
著者: Marina Serna / Fabian Zimmermann / Chithran Vineethakumari / Nayim Gonzalez-Rodriguez / Oscar Llorca / Jens Lüders /
要旨: To organize microtubules, cells tightly control the activity of the microtubule nucleator γ-tubulin ring complex (γTuRC). The open ring-shaped γTuRC was proposed to nucleate microtubules by a ...To organize microtubules, cells tightly control the activity of the microtubule nucleator γ-tubulin ring complex (γTuRC). The open ring-shaped γTuRC was proposed to nucleate microtubules by a template mechanism. However, its splayed structure does not match microtubule symmetry, leaving it unclear how γTuRC becomes an efficient nucleator. Here, we identify the mechanism of γTuRC activation by CDK5RAP2 centrosomin motif 1 (CM1). Using cryoelectron microscopy (cryo-EM), we find that activation involves binding of multiple CM1 dimers to five distinct sites around the outside of the γTuRC cone, which crucially depends on regulatory modules formed by MZT2 and the N-terminal extensions of GCP2 subunits. CM1 binding promotes lateral interactions between GCP subunits to facilitate microtubule-like conformations and release of luminal actin that is integral to non-activated γTuRC. We propose a model where generation of γTuRC with an expanded conformational range, rather than perfect symmetry, is sufficient to boost nucleation activity.
履歴
登録2024年2月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 1.22024年10月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / em_admin / pdbx_entry_details
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _em_admin.last_update
改定 1.32024年12月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: Tubulin gamma-1 chain
2: Tubulin gamma-1 chain
7: Actin b
A: Gamma-tubulin complex component 2
B: Gamma-tubulin complex component 3
C: Gamma-tubulin complex component 2
D: Gamma-tubulin complex component 3
E: Gamma-tubulin complex component 2
F: Gamma-tubulin complex component 3
G: CM1
H: CM1
I: Gamma-tubulin complex component 4
J: Gamma-tubulin complex component 5
K: Gamma-tubulin complex component 4
L: Gamma-tubulin complex component 6
M: Gamma-tubulin complex component 2
N: Gamma-tubulin complex component 3
O: Tubulin gamma-1 chain
P: Tubulin gamma-1 chain
Q: Tubulin gamma-1 chain
R: Tubulin gamma-1 chain
S: Tubulin gamma-1 chain
T: Tubulin gamma-1 chain
U: Tubulin gamma-1 chain
V: Tubulin gamma-1 chain
W: Tubulin gamma-1 chain
X: Tubulin gamma-1 chain
Y: Tubulin gamma-1 chain
Z: Tubulin gamma-1 chain
a: Mitotic-spindle organizing protein 1
b: Gamma-tubulin complex component 3
c: Mitotic-spindle organizing protein 1
d: Gamma-tubulin complex component 6
e: Mitotic-spindle organizing protein 2A
f: Gamma-tubulin complex component 2
g: CM1
h: CM1
i: CM1
j: CM1
k: Gamma-tubulin complex component 2
n: Gamma-tubulin complex component 3
s: CM1
t: CM1
u: CM1
v: CM1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,969,31545
ポリマ－2,969,31545
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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タンパク質 , 3種, 25分子 12OPQRSTUVWXYZ7GHghijstuv

#1: タンパク質
Tubulin gamma-1 chain / Gamma-1-tubulin / Gamma-tubulin complex component 1 / GCP-1


分子量: 51227.770 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TUBG1, TUBG
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P23258
#2: タンパク質 Actin b


分子量: 40697.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
#5: タンパク質
CM1


分子量: 26765.963 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

-
Gamma-tubulin complex component ... , 5種, 17分子 ACEMfkBDFNbnIKJLd

#3: タンパク質
Gamma-tubulin complex component 2 / hGCP2 / Gamma-ring complex protein 103 kDa / hGrip103 / Spindle pole body protein Spc97 homolog / hSpc97


分子量: 102666.953 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TUBGCP2, GCP2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9BSJ2
#4: タンパク質
Gamma-tubulin complex component 3 / hGCP3 / Gamma-ring complex protein 104 kDa / hGrip104 / Spindle pole body protein Spc98 homolog / hSpc98


分子量: 103710.102 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TUBGCP3, GCP3
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q96CW5
#6: タンパク質 Gamma-tubulin complex component 4 / hGCP4 / Gamma-ring complex protein 76 kDa / hGrip76


分子量: 76179.969 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TUBGCP4, 76P, GCP4
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9UGJ1
#7: タンパク質 Gamma-tubulin complex component 5 / GCP-5


分子量: 118467.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TUBGCP5, GCP5, KIAA1899
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q96RT8
#8: タンパク質 Gamma-tubulin complex component 6 / GCP-6


分子量: 200733.641 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TUBGCP6, GCP6, KIAA1669
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q96RT7

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Mitotic-spindle organizing protein ... , 2種, 3分子 ace

#9: タンパク質 Mitotic-spindle organizing protein 1 / Mitotic-spindle organizing protein associated with a ring of gamma-tubulin 1


分子量: 8485.724 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MZT1, C13orf37, MOZART1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q08AG7
#10: タンパク質 Mitotic-spindle organizing protein 2A / Mitotic-spindle organizing protein associated with a ring of gamma-tubulin 2A


分子量: 16240.576 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MZT2A, FAM128A, MOZART2A
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q6P582

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詳細

Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: gTuRC-CM1dim complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R0.6/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 277 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 900 nm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 55.4 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 94094
電子光学装置エネルギーフィルター名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルタースリット幅: 10 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Topaz0.2粒子像選択
2RELION4粒子像選択
3EPU画像取得
5CTFFIND4CTF補正
8UCSF Chimeraモデルフィッティング
9UCSF ChimeraXモデルフィッティング
11cryoSPARC4.0+初期オイラー角割当
12RELION4初期オイラー角割当
13RELION4最終オイラー角割当
14RELION4分類
15RELION4３次元再構成
16REFMAC5モデル精密化
17PHENIX1.20.1-4487モデル精密化
18ISOLDE1.7モデル精密化
19Coot0.9.8.5モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 4399521
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.57 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 579078 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
17AS4

7as4

17AS41PDBexperimental model
26X0V

6x0v

16X0V2PDBexperimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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