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万見
- PDB-8rx0: (NEDD8)-CRL2VHL-MZ1-Brd4BD2-Ub(G76S, K48C)-UBE2R1(C93K, S138C, C1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rx0
タイトル(NEDD8)-CRL2VHL-MZ1-Brd4BD2-Ub(G76S, K48C)-UBE2R1(C93K, S138C, C191S, C223S)-Ub
要素
  • Cullin-2
  • E3 ubiquitin-protein ligase RBX1, N-terminally processed
  • Elongin-B
  • Elongin-C
  • Isoform B of Bromodomain-containing protein 4
  • NEDD8
  • Polyubiquitin-B
  • Ubiquitin-conjugating enzyme E2 R1
  • von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
キーワードLIGASE / ubiquitin / cullin / RING / E2 complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cellular response to hypoxia / cullin-RING-type E3 NEDD8 transferase / NEDD8 transferase activity / RHOBTB3 ATPase cycle / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / cullin-RING ubiquitin ligase complex / (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme / cellular response to chemical stress / Cul7-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the C-end degron rule pathway ...regulation of cellular response to hypoxia / cullin-RING-type E3 NEDD8 transferase / NEDD8 transferase activity / RHOBTB3 ATPase cycle / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / cullin-RING ubiquitin ligase complex / (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme / cellular response to chemical stress / Cul7-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the C-end degron rule pathway / target-directed miRNA degradation / Loss of Function of FBXW7 in Cancer and NOTCH1 Signaling / transcription elongation factor activity / elongin complex / positive regulation of protein autoubiquitination / RNA polymerase II transcription initiation surveillance / protein neddylation / Replication of the SARS-CoV-1 genome / NEDD8 ligase activity / VCB complex / symbiont entry into host cell via disruption of host cell glycocalyx / negative regulation of response to oxidative stress / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / SCF ubiquitin ligase complex / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / negative regulation of type I interferon production / intracellular membraneless organelle / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / symbiont entry into host cell via disruption of host cell envelope / Cul4B-RING E3 ubiquitin ligase complex / ubiquitin ligase complex scaffold activity / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / virus tail / negative regulation of mitophagy / Prolactin receptor signaling / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / ubiquitin conjugating enzyme activity / RNA polymerase II C-terminal domain binding / cullin family protein binding / P-TEFb complex binding / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / negative regulation of DNA damage checkpoint / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / regulation of proteolysis / histone H4 reader activity / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / regulation of postsynapse assembly / anatomical structure morphogenesis / host-mediated suppression of viral transcription / protein monoubiquitination / DNA replication initiation / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / negative regulation of signal transduction / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / protein K48-linked ubiquitination / cellular response to interferon-beta / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / Formation of RNA Pol II elongation complex / Regulation of BACH1 activity / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / : / negative regulation of TORC1 signaling / transcription-coupled nucleotide-excision repair / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / regulation of cellular response to insulin stimulus / positive regulation of TORC1 signaling / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / post-translational protein modification / negative regulation of autophagy / intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / protein serine/threonine kinase binding / T cell activation / Degradation of DVL / condensed nuclear chromosome / Iron uptake and transport / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / Degradation of GLI1 by the proteasome / transcription corepressor binding / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / Negative regulation of NOTCH4 signaling / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / Hedgehog 'on' state / DNA Damage Recognition in GG-NER / Degradation of GLI2 by the proteasome / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / positive regulation of cell differentiation
類似検索 - 分子機能
Nedd8-like ubiquitin / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta/alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / VHL superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain superfamily / VHL beta domain / VHL box domain / Zinc finger, RING-H2-type ...Nedd8-like ubiquitin / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta/alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / VHL superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain superfamily / VHL beta domain / VHL box domain / Zinc finger, RING-H2-type / RING-H2 zinc finger domain / : / Cullin protein neddylation domain / : / Cullin, conserved site / Cullin family signature. / Cullin repeat-like-containing domain superfamily / Cullin protein, neddylation domain / Cullin / Cullin protein neddylation domain / Elongin-C / Elongin B / Cullin / Cullin, N-terminal / Cullin homology domain / Cullin homology domain superfamily / Cullin family / Cullin family profile. / Pectate lyase superfamily protein / Rhamnogalacturonase A/epimerase, pectate lyase-like / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Bromodomain protein 4, C-terminal / C-terminal domain of bromodomain protein 4 / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / Pectin lyase fold / Brdt, bromodomain, repeat I / Brdt, bromodomain, repeat II / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Pectin lyase fold/virulence factor / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / : / Ubiquitin domain / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain-like superfamily / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Ubiquitin-like domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-759 / Bromodomain-containing protein 4 / Tail fiber / von Hippel-Lindau disease tumor suppressor / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 R1 / E3 ubiquitin-protein ligase RBX1 / Cullin-2 / Elongin-C / Elongin-B / Ubiquitin-like protein NEDD8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Crowe, C. / Nakasone, M.A. / Ciulli, A.
資金援助European Union, スイス, 英国, 5件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)ERC-2012-StG-311460European Union
Innovative Medicines Initiative875510 スイス
Wellcome Trust223816/Z/21/Z 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)4050845509 英国
European Research Council (ERC)851478European Union
引用
ジャーナル: Sci Adv / 年: 2024
タイトル: Mechanism of degrader-targeted protein ubiquitinability.
著者: Charlotte Crowe / Mark A Nakasone / Sarah Chandler / Conner Craigon / Gajanan Sathe / Michael H Tatham / Nikolai Makukhin / Ronald T Hay / Alessio Ciulli /
要旨: Small-molecule degraders of disease-driving proteins offer a clinically proven modality with enhanced therapeutic efficacy and potential to tackle previously undrugged targets. Stable and long-lived ...Small-molecule degraders of disease-driving proteins offer a clinically proven modality with enhanced therapeutic efficacy and potential to tackle previously undrugged targets. Stable and long-lived degrader-mediated ternary complexes drive fast and profound target degradation; however, the mechanisms by which they affect target ubiquitination remain elusive. Here, we show cryo-EM structures of the VHL Cullin 2 RING E3 ligase with the degrader MZ1 directing target protein Brd4 toward UBE2R1-ubiquitin, and Lys at optimal positioning for nucleophilic attack. In vitro ubiquitination and mass spectrometry illuminate a patch of favorably ubiquitinable lysines on one face of Brd4, with cellular degradation and ubiquitinomics confirming the importance of Lys and nearby Lys/Lys, identifying the "ubiquitination zone." Our results demonstrate the proficiency of MZ1 in positioning the substrate for catalysis, the favorability of Brd4 for ubiquitination by UBE2R1, and the flexibility of CRL2 for capturing suboptimal lysines. We propose a model for ubiquitinability of degrader-recruited targets, providing a mechanistic blueprint for further rational drug design.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2024
タイトル: Mechanism of degrader-targeted protein ubiquitinability
著者: Crowe, C. / Nakasone, M.A. / Chandler, S. / Tatham, M.H. / Makukhin, N. / Hay, R.T. / Ciulli, A.
履歴
登録2024年2月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02024年9月4日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Experimental preparation / Non-polymer description / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / audit_author ...atom_site / audit_author / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation_author / em_entity_assembly / em_imaging / em_sample_support / em_software / em_vitrification / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_contact_author / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_planes / pdbx_validate_polymer_linkage / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_torsion / struct_asym / struct_conf / struct_conn / struct_mon_prot_cis / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _em_entity_assembly.entity_id_list / _em_imaging.c2_aperture_diameter / _em_vitrification.instrument / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_poly.pdbx_strand_id / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_db_isoform / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_strand_id / _struct_ref_seq.seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end / _struct_sheet.number_strands
解説: Atomic clashes / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12024年10月23日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isoform B of Bromodomain-containing protein 4
B: von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
D: Elongin-C
C: Elongin-B
E: Cullin-2
G: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 R1
N: NEDD8
R: E3 ubiquitin-protein ligase RBX1, N-terminally processed
U: Polyubiquitin-B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)197,62513
ポリマ－196,4249
非ポリマー1,2014
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20420 Å2
ΔGint-141 kcal/mol
Surface area77760 Å2

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要素

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タンパク質 , 9種, 9分子 ABDCEGNRU

#1: タンパク質 Isoform B of Bromodomain-containing protein 4 / Protein HUNK1


分子量: 12978.103 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD4, HUNK1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O60885
#2: タンパク質 von Hippel-Lindau disease tumor suppressor / Protein G7 / pVHL


分子量: 18558.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40337
#3: タンパク質 Elongin-C / EloC / Elongin 15 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15 / ...EloC / Elongin 15 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit C / SIII p15 / Transcription elongation factor B polypeptide 1


分子量: 10843.420 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOC, TCEB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15369
#4: タンパク質 Elongin-B / EloB / Elongin 18 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / ...EloB / Elongin 18 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor SIII subunit B / SIII p18 / Transcription elongation factor B polypeptide 2


分子量: 11748.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELOB, TCEB2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15370
#5: タンパク質 Cullin-2 / CUL-2


分子量: 87098.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CUL2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13617
#6: タンパク質 Ubiquitin-conjugating enzyme E2 R1 / (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme R1 / E2 ubiquitin-conjugating enzyme R1 / ...(E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme R1 / E2 ubiquitin-conjugating enzyme R1 / Ubiquitin-conjugating enzyme E2-32 kDa complementing / Ubiquitin-conjugating enzyme E2-CDC34 / Ubiquitin-protein ligase R1


分子量: 26762.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDC34, UBCH3, UBE2R1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P49427, E2 ubiquitin-conjugating enzyme, (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme
#7: タンパク質 NEDD8 / Neddylin / Neural precursor cell expressed developmentally down-regulated protein 8 / NEDD-8 / ...Neddylin / Neural precursor cell expressed developmentally down-regulated protein 8 / NEDD-8 / Ubiquitin-like protein Nedd8


分子量: 8661.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NEDD8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15843
#8: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase RBX1, N-terminally processed / E3 ubiquitin-protein transferase RBX1 / N-terminally processed


分子量: 11196.830 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RBX1, RNF75, ROC1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62877
#9: タンパク質 Polyubiquitin-B


分子量: 8576.831 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0CG47

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非ポリマー , 2種, 4分子

#10: 化合物 ChemComp-759 / (2~{S},4~{R})-1-[(2~{S})-2-[2-[2-[2-[2-[2-[(9~{S})-7-(4-chlorophenyl)-4,5,13-trimethyl-3-thia-1,8,11,12-tetrazatricyclo[8.3.0.0^{2,6}]trideca-2(6),4,7,10,12-pentaen-9-yl]ethanoylamino]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethanoylamino]-3,3-dimethyl-butanoyl]-~{N}-[[4-(4-methyl-2,3-dihydro-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]methyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide


分子量: 1004.655 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C49H62ClN9O8S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#11: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: (NEDD8)-CRL2VHL-MZ1-Brd4BD2-Ub(G76S, K48C)-UBE2R1(C93K, S138C, C191S, C223S)-Ub
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#9 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.19 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm
撮影電子線照射量: 38 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 149823 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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