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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8rwu | ||||||
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タイトル | ACDC domain of the AP2-I transcription factor from Plasmodium vivax | ||||||
要素 | AP2 domain transcription factor AP2-I, putative | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION / AP2-coincident domain mainly at the C-terminus / orthogonal four helix bundle | ||||||
機能・相同性 | AP2-coincident, C-terminal domain / AP2-coincident C-terminal / AP2/ERF domain / AP2 domain / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / nucleus / AP2 domain transcription factor AP2-I, putative 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Plasmodium vivax (マラリア 病原虫) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.152 Å | ||||||
データ登録者 | Nessler, S. / Le Berre, M. / Gallay Li de la Sierra, I. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Biorxiv / 年: 2024 タイトル: Structural characterization of the ACDC domain from ApiAP2 proteins of the malaria parasite. 著者: Le Berre, M. / Tubiana, T. / Reutersward Waldner, P. / Lazar, N. / Li de la Sierra, I. / Santos, J.M. / Llinas, M. / Nessler, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8rwu.cif.gz | 51.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8rwu.ent.gz | 33.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8rwu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8rwu_validation.pdf.gz | 430.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8rwu_full_validation.pdf.gz | 430.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8rwu_validation.xml.gz | 7.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8rwu_validation.cif.gz | 9.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rw/8rwu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rw/8rwu | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8rxaC 8rxoC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22151.467 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Plasmodium vivax (マラリア 病原虫) 遺伝子: PVP01_0807400 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DE3-Gold / 参照: UniProt: A0A564ZT73 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.88 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 30% PEG 400 , 0.1 M Mes pH 6.5, 0.1 M Sodium acetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 78 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.980118 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月10日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.980118 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3.15→50 Å / Num. obs: 7133 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 25 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Rrim(I) all: 0.118 / Net I/σ(I): 21.53 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.152→48.623 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.22 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 124.79 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.152→48.623 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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