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- PDB-8rxa: ACDC domain of AP2-O5 from Plasmodium falciparum -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rxa
タイトルACDC domain of AP2-O5 from Plasmodium falciparum
要素AP2 domain transcription factor AP2-O5, putative
キーワードUNKNOWN FUNCTION / AP2-coincident domain mainly at the C-terminus / Orthogonal four helix bundle / TRANSCRIPTION
機能・相同性AP2-coincident, C-terminal domain / AP2-coincident C-terminal / AP2 domain / AP2/ERF domain / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / nucleus / AP2 domain transcription factor AP2-O5, putative
機能・相同性情報
生物種Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Nessler, S. / Le Berre, M. / Gallay Li de la Sierra, I.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2025
タイトル: Structural characterization of the ACDC domain from ApiAP2 proteins, a potential molecular target against apicomplexan parasites.
著者: Le Berre, M. / Tubiana, T. / Reutersward Waldner, P. / Lazar, N. / Li de la Sierra-Gallay, I. / Santos, J.M. / Llinas, M. / Nessler, S.
履歴
登録2024年2月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02024年12月25日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / diffrn ...atom_site / diffrn / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_contact_author / pdbx_entry_details / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_symm_contact / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / software / struct_conf / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _diffrn.ambient_temp / _entity.formula_weight ..._diffrn.ambient_temp / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _pdbx_struct_special_symmetry.auth_comp_id / _pdbx_struct_special_symmetry.auth_seq_id / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _pdbx_struct_special_symmetry.label_comp_id / _pdbx_struct_special_symmetry.label_seq_id / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_d_res_high / _refine.ls_d_res_low / _refine.ls_number_reflns_obs / _refine.ls_percent_reflns_obs / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii / _refine_hist.d_res_high / _refine_hist.d_res_low / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _refine_ls_restr.dev_ideal / _refine_ls_restr.number / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_work / _refine_ls_shell.d_res_high / _refine_ls_shell.d_res_low / _refine_ls_shell.number_reflns_R_work / _software.version / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end
解説: Model completeness / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12025年1月22日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / diffrn / struct_keywords
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _diffrn.ambient_temp / _struct_keywords.pdbx_keywords / _struct_keywords.text
改定 2.22025年1月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AP2 domain transcription factor AP2-O5, putative
B: AP2 domain transcription factor AP2-O5, putative


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,1362
ポリマ－26,1362
非ポリマー00
水90150
1
A: AP2 domain transcription factor AP2-O5, putative


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,0681
ポリマ－13,0681
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: AP2 domain transcription factor AP2-O5, putative


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,0681
ポリマ－13,0681
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)58.930, 108.930, 34.010
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-833-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 AP2 domain transcription factor AP2-O5, putative


分子量: 13068.062 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
遺伝子: PF3D7_1449500 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DE3-Gold / 参照: UniProt: Q8IKY0
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.8 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 30% PEG400, 0.1 M MES pH 6.5, 0.1 M Sodium acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.980112 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.980112 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 22718 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 13 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rrim(I) all: 0.059 / Net I/σ(I): 22.24
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) allDiffraction-ID
1.75-1.860.93735100.9410.9741
1.86-1.990.52234080.9860.5421
1.99-2.140.26532030.9940.2771
2.14-2.350.14329170.9970.1481
2.35-2.620.08826990.9980.0921
2.62-3.030.0623530.9990.0631
3.03-3.70.04520430.9990.0471
3.7-5.210.03816120.9990.0391

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.21.2_5419: ???)精密化
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.75→40 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.61 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2397 2099 4.97 %
Rwork0.208 --
obs0.2096 22658 99.12 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1638 0 0 50 1688
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.787
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.041678
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045255
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007289
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.75-1.790.3541310.32082514X-RAY DIFFRACTION91
1.79-1.840.33961450.28612682X-RAY DIFFRACTION99
1.84-1.890.25111430.26062683X-RAY DIFFRACTION100
1.89-1.940.30451400.24162634X-RAY DIFFRACTION99
1.94-20.2691430.24662742X-RAY DIFFRACTION100
2-2.080.25171390.22652639X-RAY DIFFRACTION99
2.08-2.160.24021380.21882669X-RAY DIFFRACTION100
2.16-2.260.24731420.21092743X-RAY DIFFRACTION100
2.26-2.380.2911410.21082658X-RAY DIFFRACTION100
2.38-2.530.25951340.23772693X-RAY DIFFRACTION100
2.53-2.720.27351440.22242722X-RAY DIFFRACTION100
2.72-2.990.27441340.22772675X-RAY DIFFRACTION100
2.99-3.430.28561430.22152705X-RAY DIFFRACTION100
3.43-4.320.2091430.18242694X-RAY DIFFRACTION100
4.32-400.18541390.17982697X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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