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- PDB-8rwl: Crystal structure of Methanopyrus kandleri malate dehydrogenase m... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rwl
タイトルCrystal structure of Methanopyrus kandleri malate dehydrogenase mutant 1
要素Malate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / malate dehydrogenase / Rossmann-like motif / NAD(P)H binding site
機能・相同性
機能・相同性情報


malate dehydrogenase [NAD(P)+] / L-malate dehydrogenase (NADP+) activity / L-malate dehydrogenase (NAD+) activity / lactate metabolic process / L-lactate dehydrogenase activity / pyruvate metabolic process / tricarboxylic acid cycle
類似検索 - 分子機能
L-lactate dehydrogenase, active site / L-lactate/malate dehydrogenase / Lactate/malate dehydrogenase, N-terminal / Lactate/malate dehydrogenase, C-terminal / lactate/malate dehydrogenase, NAD binding domain / lactate/malate dehydrogenase, alpha/beta C-terminal domain / Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NDP / Malate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanopyrus kandleri (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Coquille, S. / Roche, J. / Engilberge, S. / Girard, E. / Madern, D.
資金援助 フランス, 2件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-16-CE11-0011 フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-21-CE44-0034-01 フランス
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Navigating the conformational landscape of an enzyme. Stabilization of a low populated conformer by evolutionary mutations triggers Allostery into a non-allosteric enzyme.
著者: Coquille, S. / Simoes Pereira, C. / Brochier-Armanet, C. / Roche, J. / Santoni, G. / Coquelle, N. / Girard, E. / Sterpone, F. / Madern, D.
履歴
登録2024年2月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Malate dehydrogenase
B: Malate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,26313
ポリマ－69,2522
非ポリマー2,01211
水2,558142
1
A: Malate dehydrogenase
B: Malate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Malate dehydrogenase
B: Malate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,52626
ポリマ－138,5034
非ポリマー4,02322
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)78.250, 78.250, 251.300
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Malate dehydrogenase


分子量: 34625.836 Da / 分子数: 2 / 変異: R85Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Methanopyrus kandleri (古細菌) / 遺伝子: mdh, MK1069 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8TWG5, malate dehydrogenase [NAD(P)+]

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非ポリマー , 5種, 153分子

#2: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.71 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 10 mM Hepes pH 7.5, 30% PEG 300

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.966 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.966 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→20 Å / Num. obs: 35833 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 18.25 % / Biso Wilson estimate: 55.33 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rrim(I) all: 0.064 / Net I/σ(I): 27.84
反射 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Rmerge(I) obs: 1.032 / Mean I/σ(I) obs: 1.67 / Num. unique obs: 2568 / CC1/2: 0.578 / Rrim(I) all: 1.113

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21_5207精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→19.92 Å / SU ML: 0.2617 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.0945
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2429 1782 5 %
Rwork0.2044 33871 -
obs0.2064 35653 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 74 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→19.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4510 0 125 142 4777
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00964678
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.99826355
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0538783
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071806
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.32691711
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.360.30781310.28322515X-RAY DIFFRACTION99.14
2.36-2.430.28451340.25852556X-RAY DIFFRACTION100
2.43-2.510.32821340.24672544X-RAY DIFFRACTION100
2.51-2.60.29441350.22872556X-RAY DIFFRACTION99.96
2.6-2.70.27541360.21632575X-RAY DIFFRACTION99.93
2.7-2.830.27711350.21792564X-RAY DIFFRACTION99.89
2.83-2.970.25691350.23382577X-RAY DIFFRACTION100
2.97-3.160.26261370.21312595X-RAY DIFFRACTION100
3.16-3.40.25481370.20912612X-RAY DIFFRACTION99.96
3.4-3.740.24441380.19762620X-RAY DIFFRACTION100
3.74-4.280.20821380.17822628X-RAY DIFFRACTION100
4.28-5.370.21341420.1722687X-RAY DIFFRACTION100
5.38-19.920.24271500.21942842X-RAY DIFFRACTION99.97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.48229082669-1.23508298855-1.422739294122.36705475863-0.05807850538032.98874228963-0.09678527027760.7949059417890.46259273917-0.198177947976-0.0971985352048-0.256823778692-0.5281459590190.6303393883560.1495367661210.429693177221-0.185659881442-0.08346775185720.7356285093180.137166907410.445601049078-4.8220481761-3.02203890381-22.5595275386
24.92443699307-0.321659626253-1.204262495773.0506027947-1.322507170785.63986719345-0.1474483265270.538538712154-0.568066842088-0.263187231659-0.183792507059-0.4206052139680.6691003848720.7664491562830.3264100893450.4509651650960.1111202137350.02191693129790.671977794027-0.07816040361830.548470225563-3.01080772452-30.832894185-17.4384374666
34.1606762681-0.89152336127-0.5405706005722.249274366990.3417952609192.144716728540.006924453972860.2517643175940.006644791235370.16912589659-0.046929362689-0.7732728422070.2346039666221.250412373160.02418773053460.3761217704240.0106383452865-0.04994173377811.051897960480.1042439268980.6156981234047.1976269337-16.8497428402-18.9443173946
46.73198131253-0.2153995040630.4641944445882.45596124143-0.2420206319773.494945914310.01867251991670.704903007819-0.328471383994-0.2554637108660.03692994473920.3873542401940.224537351541-0.441393079687-0.07718504846110.352326455819-0.0398111860523-0.04489951277920.508298489961-0.000686525271110.427809280779-31.604093523-21.4690975516-18.0315104976
52.913451892612.137320593650.1056853750814.53143912758-0.1838880096644.681092013980.56252795105-0.0148209141070.5955051692-0.1343220914840.129812385702-0.556001483878-1.12357520251-0.459610822876-0.7667919435630.6987639050390.09827577464360.1120073546190.654061390894-0.0551583732290.809626706294-33.36695740892.33712662183-9.40828905683
64.52494389808-0.15941902007-0.5357614204721.938555279030.0855218515073.198054599750.1311319315370.2378092628950.7158758896540.06152438387340.1330752713080.637438296737-0.602984364107-0.963365062484-0.2346137527430.3680359535940.1129721506640.038824616730.6364040315420.1047433123360.616285503502-39.2510824323-5.52224785136-10.0471599309
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 2 through 146 )AA2 - 1461 - 143
22chain 'A' and (resid 147 through 224 )AA147 - 224144 - 221
33chain 'A' and (resid 225 through 315 )AA225 - 315222 - 312
44chain 'B' and (resid 2 through 147 )BE2 - 1471 - 141
55chain 'B' and (resid 148 through 188 )BE148 - 188142 - 177
66chain 'B' and (resid 189 through 315 )BE189 - 315178 - 293

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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