PDB-9end: Crystal structure of Methanopyrus kandleri malate dehydrogenase m...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9end

タイトル

Crystal structure of Methanopyrus kandleri malate dehydrogenase mutant 3

要素

Malate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / malate dehydrogenase / Rossmann-like motif / NAD(P)H binding site

機能・相同性

機能・相同性情報

lactate metabolic process / L-lactate dehydrogenase activity / pyruvate metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanopyrus kandleri (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Coquille, S. / Roche, J. / Girard, E. / Madern, D.

資金援助

フランス, 2件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Navigating the conformational landscape of an enzyme. Stabilization of a low populated conformer by evolutionary mutations triggers Allostery into a non-allosteric enzyme.
著者: Coquille, S. / Simoes Pereira, C. / Brochier-Armanet, C. / Roche, J. / Santoni, G. / Coquelle, N. / Girard, E. / Sterpone, F. / Madern, D.

履歴

登録	2024年3月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年7月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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関連構造データ

関連構造データ	8rs5C 8rwlC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (8) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (6) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (8) #34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Malate dehydrogenase

B: Malate dehydrogenase

ヘテロ分子

71 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, homology, mass spectrometry

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.820, 78.820, 251.510
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2
Space group name Hall	P4nw2abw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-569- HOH

#1: タンパク質	Malate dehydrogenase 分子量: 34706.980 Da / 分子数: 2 / 変異: D51H, R85Q, K156R, S228T, P232I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Methanopyrus kandleri (古細菌) / 遺伝子: HA336_00525 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A832T926
#2: 化合物	ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH 分子量: 745.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₀N₇O₁₇P₃
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 256 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M potassium citrate tribasic monohydrate, 24% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→20 Å / Num. obs: 58752 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.75 % / B_iso Wilson estimate: 40.38 Å² / CC_1/2: 0.978 / Net I/σ(I): 5.93
反射シェル	解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 8.18 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 4274 / CC_1/2: 0.518 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21_5207	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.95→19.78 Å / SU ML: 0.2143 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.8118
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2301	2938	5 %
R_work	0.1949	55801	-
obs	0.1967	58739	99.79 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 55.67 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→19.78 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4519	0	99	256	4874

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0097	4721
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0481	6426
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0527	789
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0089	819
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.8517	1729

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.95-1.98	0.334	139	0.2927	2625	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.98-2.02	0.3104	136	0.2715	2587	X-RAY DIFFRACTION	100
2.02-2.05	0.3073	137	0.2592	2616	X-RAY DIFFRACTION	100
2.05-2.09	0.2636	138	0.2394	2617	X-RAY DIFFRACTION	100
2.09-2.13	0.2699	138	0.2412	2624	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.13-2.18	0.2646	138	0.2196	2618	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.18-2.23	0.2548	138	0.2138	2619	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.23-2.29	0.2043	138	0.1931	2614	X-RAY DIFFRACTION	100
2.29-2.35	0.2487	138	0.1926	2641	X-RAY DIFFRACTION	100
2.35-2.42	0.2435	139	0.1878	2636	X-RAY DIFFRACTION	100
2.42-2.5	0.2152	138	0.1921	2620	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.5-2.59	0.2242	139	0.2004	2638	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.59-2.69	0.2227	139	0.1974	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
2.69-2.81	0.2706	140	0.2024	2667	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.81-2.96	0.2645	140	0.2133	2664	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.96-3.14	0.2717	139	0.2079	2637	X-RAY DIFFRACTION	98.68
3.14-3.38	0.24	139	0.1936	2646	X-RAY DIFFRACTION	98.72
3.38-3.72	0.1944	142	0.1822	2699	X-RAY DIFFRACTION	99.82
3.72-4.26	0.2055	143	0.1569	2709	X-RAY DIFFRACTION	99.89
4.26-5.34	0.1843	146	0.1571	2770	X-RAY DIFFRACTION	99.97
5.35-19.78	0.2472	154	0.2289	2916	X-RAY DIFFRACTION	99.45

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.96929065457	-0.0524101370701	1.11198469964	3.48140073275	-0.386785770618	2.30932662551	-0.137486049558	-0.0959055809247	0.017288984478	0.00304274308776	0.226875453861	0.2446896236	-0.190306400792	-0.214310052277	-0.0494852919553	0.450941247225	0.0491906414496	0.00922267577986	0.305522921474	-0.00862922382565	0.27609585027	1.49542883855	-11.9811483729	43.6979190684
2	6.13050791169	0.718037007312	-3.3817522276	4.09827884294	-0.495986434462	5.53939360292	-0.30237160106	0.708764046821	0.19619533775	-1.36420074545	0.0351229771899	-0.158648223087	-0.1454055938	-0.448083437604	0.199503198501	0.87917216331	-0.0177835001032	-0.0185699592333	0.42386927727	0.0393706175493	0.403107071409	7.37459538642	1.65271220806	28.687230192
3	2.2378934195	0.624684305551	-0.786087153729	2.68638210538	-0.236331968537	2.11326784855	-0.176512255349	0.10099061002	0.287112045909	-0.0618881376782	0.0402832503182	0.172224898041	-0.383042479903	-0.31868414494	0.168647323778	0.713251167143	0.12253676605	-0.0851787429889	0.280952900471	-0.0131130783421	0.420973608577	6.33422506253	6.00083022451	41.1515677512
4	1.57307026564	0.639169823407	0.31931690795	2.44837210418	-1.17815006988	2.27016098732	-0.0674302114296	0.228430448313	0.0518656637007	-0.627407816893	-0.104041814656	-0.651553506667	-0.0765736967569	0.627578856347	0.158722337979	0.564688285467	-0.0325890001133	0.114823360776	0.386647389124	0.00807927672676	0.581755475139	31.8774144674	-3.73114734646	45.4295045299
5	1.48120563466	0.585473483074	0.112438729601	2.61387165381	-0.917197341896	1.54409216878	-0.176112669579	-0.178037294236	0.377784364219	0.269808538188	0.0890649620263	-0.436818428176	-0.483017115147	0.115085861832	0.0477460484984	0.670083880009	0.0421843932952	-0.10465799717	0.291592537329	-0.0680290031627	0.439333077334	16.2351820564	4.30147644171	48.5281732985
6	4.90589079924	-0.210754073186	1.52604931567	2.7054514061	0.806617815333	3.12759988845	0.0290992932091	1.01057743777	0.720490869467	-1.29893732753	-0.240397660748	-0.774168970663	-0.587381943209	0.496398194072	0.158037607478	1.16561262911	-0.00550500295123	0.0684572379878	0.34398444579	0.120647457758	0.719799513145	21.862556414	12.4758074454	33.9512671534
7	1.68919348317	0.212767333346	-0.0576403142086	3.61777464989	-0.248545354702	1.73427943187	0.0108248600658	0.0932300063182	-0.124023623857	-0.294272179031	0.0336554010259	-0.161637683047	0.286527426256	0.0696030121709	-0.053769328361	0.427379377327	0.0259049181869	0.01006132016	0.236823757986	-0.026250003776	0.30174756301	22.2114184056	-32.4774598062	44.8388647081
8	2.15616330686	-0.191869071224	0.0676613212862	2.78752116062	-0.464151961878	1.31402632376	-0.0490718577375	-0.164474794263	0.653676959391	-0.0840782932064	0.114414985179	0.494569248325	-0.575623802623	-0.514514009167	-0.149097627087	0.590435238037	0.00724049620027	0.0181465742766	0.564543477579	0.0871752533027	0.853200972729	-3.50883535724	-32.3149627015	53.6233136241
9	1.4613588337	0.226357010271	0.149628307959	2.12732040199	1.0972846019	1.45402332843	0.0479809804692	-0.188853943339	-0.277450929869	0.206513537818	-0.041435944402	0.164461850666	0.42888386971	-0.159228589658	-0.0323728304356	0.493684471846	-0.0534948920978	-0.00358881000476	0.289488657922	0.0398556273807	0.379263162142	11.0627738855	-37.9907267788	56.9994038596
10	4.6808571475	-1.10691271479	-2.672243692	2.59984003423	0.613139065932	5.01932447449	-0.105236127322	0.656708124574	-0.879660023736	-0.470238309295	0.0128688474977	0.404301193915	1.25705762709	-0.778370245426	0.160744581395	0.756371212947	-0.190689585246	-0.0874674042213	0.323533339636	-0.0134600803925	0.646215224823	4.6286862332	-51.3043982859	47.5922344025

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 2 through 90 )	A	A	2 - 90	1 - 83
2	2	chain 'A' and (resid 91 through 106 )	A	A	91 - 106	84 - 99
3	3	chain 'A' and (resid 107 through 148 )	A	A	107 - 148	100 - 141
4	4	chain 'A' and (resid 149 through 224 )	A	A	149 - 224	142 - 217
5	5	chain 'A' and (resid 225 through 289 )	A	A	225 - 289	218 - 282
6	6	chain 'A' and (resid 290 through 314 )	A	A	290 - 314	283 - 307
7	7	chain 'B' and (resid 2 through 147 )	B	C	2 - 147	1 - 140
8	8	chain 'B' and (resid 148 through 222 )	B	C	148 - 222	141 - 206
9	9	chain 'B' and (resid 223 through 289 )	B	C	223 - 289	207 - 271
10	10	chain 'B' and (resid 290 through 315 )	B	C	290 - 315	272 - 297

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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