[日本語] English
万見
- PDB-8rwb: Crystal structure of ULBP6 in complex with a blocking antibody -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rwb
タイトルCrystal structure of ULBP6 in complex with a blocking antibody
要素
  • Heavy chain
  • Light chain
  • UL16-binding protein 6
キーワードIMMUNE SYSTEM / FAB
機能・相同性
機能・相同性情報


Post-translational modification: synthesis of GPI-anchored proteins / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / immune response / external side of plasma membrane / intracellular membrane-bounded organelle / endoplasmic reticulum / extracellular space / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein
類似検索 - ドメイン・相同性
UL16-binding protein 6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.307 Å
データ登録者Bharill, S. / Chen, I. / Ivic, N. / Bahrami Dizicheh, Z. / Wu, Y. / Doamekpor, S. / Koenig, P. / Fuh, G.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Cancer Res Commun / 年: 2025
タイトル: 23ME-01473, an Fc Effector-Enhanced Anti-ULBP6/2/5 Antibody, Restores NK Cell-Mediated Antitumor Immunity through NKG2D and Fc gamma RIIIa Activation.
著者: Benjamin, J.S. / Jarret, A. / Bharill, S. / Fontanillas, P. / Yadav, S. / Sen, D. / Ayupova, D. / Kellar, D. / Tilk, S. / Hom, C. / Bahrami Dizicheh, Z. / Chen, I.L. / Diep, A.N. / Shi, S. / ...著者: Benjamin, J.S. / Jarret, A. / Bharill, S. / Fontanillas, P. / Yadav, S. / Sen, D. / Ayupova, D. / Kellar, D. / Tilk, S. / Hom, C. / Bahrami Dizicheh, Z. / Chen, I.L. / Diep, A.N. / Shi, S. / Ivic, N. / Bonnans, C. / Owyang, A. / Sood, P. / Fuh, G. / Schmidt, M. / Gerrick, K.Y. / Koenig, P. / Poggio, M.
履歴
登録2024年2月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年5月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
P: UL16-binding protein 6
H: Heavy chain
L: Light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,6279
ポリマ－65,7043
非ポリマー9246
水2,414134
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7920 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area25170 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)106.551, 95.803, 97.203
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 117.740, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 P

#1: タンパク質 UL16-binding protein 6 / Retinoic acid early transcript 1L protein


分子量: 19719.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAET1L, ULBP6 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q5VY80

-
抗体 , 2種, 2分子 HL

#2: 抗体 Heavy chain


分子量: 22896.486 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 Light chain


分子量: 23087.549 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
糖 , 2種, 2分子

#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 138分子

#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.19 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: Glycerol 10.0 %v/v MES: 0.10 M pH:6.00 PEG 1K 5.0 %w/v PEG 600 30.0 %w/v

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9998 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9998 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.307→86.031 Å / Num. obs: 19970 / % possible obs: 92.3 % / 冗長度: 4 % / CC1/2: 0.991 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル解像度: 2.307→2.658 Å / Num. unique obs: 999 / CC1/2: 0.581

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.307→86.031 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.917 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.852 / SU B: 12.238 / SU ML: 0.277 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.421 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2865 1006 5.038 %
Rwork0.2159 18964 -
all0.219 --
obs-19970 52.373 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 42.239 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.673 Å2-0 Å20.182 Å2
2---0.988 Å2-0 Å2
3---0.079 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.307→86.031 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4617 0 60 134 4811
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0134812
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0174346
X-RAY DIFFRACTIONr_ext_dist_refined_d0.4430.055
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4221.6566561
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0691.58410051
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.3855.146618
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_other_1_deg0.776203
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.95323.209215
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.51115.118765
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.7611519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0460.2640
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.025501
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021091
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1510.2747
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.150.24010
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1470.22174
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0690.22221
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1120.2121
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.10.24
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1510.242
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1390.25
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7694.6112430
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.7624.6092429
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.1166.9083042
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.1166.913043
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.4014.6222382
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.4014.6222383
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5086.8933517
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.5086.8933518
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it5.1551.2974891
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other5.14951.34892
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.307-2.3670.53830.37520.37828000.140.7081.96430.357
2.367-2.4320.63170.3831020.39627180.3860.6514.01030.385
2.432-2.5020.4460.3351830.33926640.6080.6597.09460.335
2.502-2.5790.315170.3222650.32225940.7760.74510.87120.31
2.579-2.6640.364170.3183820.3225210.6930.72315.82710.309
2.664-2.7570.437350.3244640.33224090.7320.74120.7140.303
2.757-2.8610.447360.2996730.30623600.6730.78930.04240.281
2.861-2.9780.378440.2958850.29922390.7270.78841.49170.277
2.978-3.110.38590.27512740.2821710.7750.80661.40030.25
3.11-3.2610.31910.2818190.28120690.7920.81192.31510.26
3.261-3.4380.3281030.25818490.26119590.7950.84899.64270.236
3.438-3.6460.306960.22417690.22818680.8540.88799.83940.208
3.646-3.8970.288870.21716550.22117420.8760.9051000.197
3.897-4.2080.2521010.1915470.19416490.9090.92999.93940.178
4.208-4.6090.233700.1714200.17314910.9310.94799.93290.16
4.609-5.1510.229620.16713070.1713720.9370.94899.78130.161
5.151-5.9450.267580.19911570.20312160.9220.92799.91780.192
5.945-7.2720.32680.2049500.21110190.8850.91699.90190.196
7.272-10.2480.242300.1557720.1588080.9310.95499.25740.165
10.248-86.0310.204160.2174390.2174610.9610.94198.69850.241

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る