PDB-8rur: High pH (8.0) nitrite-bound MSOX movie series dataset 2 of the co...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8rur

タイトル

High pH (8.0) nitrite-bound MSOX movie series dataset 2 of the copper nitrite reductase (NirK) from Bradyrhizobium japonicum USDA110 [1.38 MGy]

要素

Copper-containing nitrite reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / electron transfer / Nitrite binding / nitrite reductase

機能・相同性

機能・相同性情報

denitrification pathway / nitrite reductase (NO-forming) / nitrite reductase (NO-forming) activity / nitrate assimilation / periplasmic space / copper ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bradyrhizobium sp. (根粒菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.13 Å

データ登録者

Rose, S.L. / Ferroni, F.M. / Horrell, S. / Brondino, C.D. / Eady, R.R. / Jaho, S. / Hough, M.A. / Owen, A.L. / Antonyuk, S.V. / Hasnain, S.S.

資金援助

アルゼンチン,

英国, 2件

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2024
タイトル: Spectroscopically Validated pH-dependent MSOX Movies Provide Detailed Mechanism of Copper Nitrite Reductases.
著者: Rose, S.L. / Ferroni, F.M. / Horrell, S. / Brondino, C.D. / Eady, R.R. / Jaho, S. / Hough, M.A. / Owen, R.L. / Antonyuk, S.V. / Hasnain, S.S.

履歴

登録	2024年1月31日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年8月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8rur.cif.gz	310.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8rur.ent.gz	244.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8rur.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8rur_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8rur_full_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示
XML形式データ	8rur_validation.xml.gz	20.3 KB	表示
CIF形式データ	8rur_validation.cif.gz	32.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ru/8rur ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ru/8rur	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8r8sC 8rflC 8rfoC 8rfpC 8rfqC 8rfrC 8rfsC 8rftC 8rfuC 8rfvC 8rfwC 8rfxC 8rfyC 8rg8C 8rg9C 8rgbC 8rgcC 8rgdC 8ru9C 8ryjC 8ryrC 8ryuC 8ryvC 8s0wC 8s2qC 8s5xC 8s5yC 8s63C 8s64C 8s68C 8s69C 9evmC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Copper-containing nitrite reductase

ヘテロ分子

40.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Copper-containing nitrite reductase

ヘテロ分子

A: Copper-containing nitrite reductase

ヘテロ分子

A: Copper-containing nitrite reductase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
122 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.92, 103.92, 64.25
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 120
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-940- HOH
2	1	A-943- HOH

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質

Copper-containing nitrite reductase

分子量: 39758.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Bradyrhizobium sp. (根粒菌) / 株: ORS375 / 遺伝子: nirK / プラスミド: p22BK / 詳細 (発現宿主): pET-22b(+):blr7089 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q89EJ6, nitrite reductase (NO-forming)

#2: 多糖

beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

記述子	タイプ	プログラム
DFrufb2-1DGlcpa	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[ha122h-2b_2-5][a2122h-1a_1-5]/1-2/a2-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{[(2+1)][a-D-Glcp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

-
非ポリマー , 4種, 510分子

#3: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-NO2 / NITRITE ION / 二酸化窒素分子量: 46.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 502 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.17 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 100 mM Tris pH 7.3, 1.8 M Ammonium Sulphate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.7749 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.7749 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.13→45.039 Å / Num. obs: 146809 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.4 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.078 / R_pim(I) all: 0.038 / R_rim(I) all: 0.087 / Net I/σ(I): 8.7
反射シェル	解像度: 1.13→1.15 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.916 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 7207 / CC_1/2: 0.449 / R_pim(I) all: 0.575 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.13→45.004 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.988 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.985 / WR_factor R_free: 0.13 / WR_factor R_work: 0.11 / Average fsc free: 0.9795 / Average fsc work: 0.9816 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.023 / ESU R Free: 0.024
詳細: Hydrogens have been used if present in the input file

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1339	7537	5.135 %
R_work	0.1156	139246	-
all	0.117	-	-
obs	-	146783	99.629 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.997 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.203 Å²	-0.101 Å²	0 Å²
2-	-	-0.203 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.658 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.13→45.004 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2558	0	53	502	3113

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.012	2900
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	2759
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.002	1.839	3964
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.716	1.756	6398
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.955	5	392
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	11.989	5	8
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.249	10	492
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.401	10	116
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.109	0.2	436
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	3360
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	606
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.25	0.2	460
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.193	0.2	2498
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	1321
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.088	0.2	1546
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.208	0.2	348
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.062	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.219	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.171	0.2	126
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.289	0.2	89
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.004	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.104	1.271	1423
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.098	1.27	1423
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.132	2.289	1796
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.135	2.291	1797
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	7.308	1.499	1477
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	7.306	1.5	1478
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	9.418	2.649	2144
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	9.416	2.649	2145
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	20.115	22.809	3322
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	20.116	22.809	3322
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	4.732	3	5659

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.13-1.159	0.253	504	0.265	10242	0.264	10836	0.953	0.95	99.1694	0.262
1.159-1.191	0.248	559	0.244	9928	0.245	10578	0.958	0.957	99.1397	0.24
1.191-1.226	0.228	512	0.232	9701	0.232	10294	0.963	0.962	99.2131	0.226
1.226-1.263	0.241	534	0.215	9367	0.216	9975	0.96	0.967	99.2581	0.207
1.263-1.305	0.207	484	0.197	9131	0.198	9697	0.97	0.973	99.1544	0.188
1.305-1.35	0.189	539	0.168	8786	0.17	9387	0.977	0.981	99.3395	0.158
1.35-1.401	0.166	526	0.148	8515	0.149	9065	0.983	0.985	99.7352	0.135
1.401-1.459	0.146	449	0.13	8250	0.131	8706	0.987	0.989	99.9196	0.117
1.459-1.523	0.12	399	0.102	7953	0.102	8354	0.991	0.993	99.9761	0.09
1.523-1.598	0.119	419	0.089	7569	0.09	7988	0.992	0.995	100	0.079
1.598-1.684	0.106	370	0.08	7248	0.082	7618	0.993	0.996	100	0.072
1.684-1.786	0.103	368	0.072	6833	0.074	7201	0.994	0.997	100	0.066
1.786-1.909	0.094	326	0.07	6453	0.071	6779	0.995	0.997	100	0.067
1.909-2.062	0.108	306	0.078	5981	0.079	6287	0.993	0.997	100	0.077
2.062-2.258	0.098	306	0.077	5521	0.078	5828	0.994	0.997	99.9828	0.079
2.258-2.524	0.098	269	0.077	4992	0.078	5261	0.994	0.996	100	0.083
2.524-2.912	0.12	239	0.097	4436	0.098	4676	0.992	0.994	99.9786	0.108
2.912-3.563	0.115	195	0.105	3739	0.106	3937	0.992	0.994	99.9238	0.125
3.563-5.024	0.109	149	0.096	2935	0.097	3084	0.994	0.995	100	0.122
5.024-45.004	0.172	84	0.171	1666	0.171	1750	0.987	0.984	100	0.223

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