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- PDB-8rsq: Crystal structure of marine actinobacteria clade rhodopsin (MAR) ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rsq
タイトルCrystal structure of marine actinobacteria clade rhodopsin (MAR) - human GTPase Arf1 (L8K,Q71L) chimera; Ground state
要素Bacteriorhodopsin,ADP-ribosylation factor 1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Mac / MacR / MAR / proteorhodopsin / PR / xanthorodopsin / XR / xanthorhodopsin
機能・相同性
機能・相同性情報


mitotic cleavage furrow ingression / trans-Golgi Network Vesicle Budding / Glycosphingolipid transport / regulation of receptor internalization / Intra-Golgi traffic / regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / Nef Mediated CD4 Down-regulation / dendritic spine organization / long-term synaptic depression ...mitotic cleavage furrow ingression / trans-Golgi Network Vesicle Budding / Glycosphingolipid transport / regulation of receptor internalization / Intra-Golgi traffic / regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / Nef Mediated CD4 Down-regulation / dendritic spine organization / long-term synaptic depression / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / Lysosome Vesicle Biogenesis / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / cell leading edge / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / intracellular copper ion homeostasis / COPI-mediated anterograde transport / vesicle-mediated transport / MHC class II antigen presentation / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / sarcomere / small monomeric GTPase / intracellular protein transport / cellular response to virus / neuron projection / postsynaptic density / Golgi membrane / protein domain specific binding / focal adhesion / GTPase activity / GTP binding / magnesium ion binding / protein-containing complex / RNA binding / extracellular exosome / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ADP-ribosylation factor 1-5 / Small GTPase superfamily, ARF type / Small GTPase Arf domain profile. / Sar1p-like members of the Ras-family of small GTPases / Small GTPase superfamily, ARF/SAR type / ADP-ribosylation factor family / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / Bacteriorhodopsin-like protein / Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein ...ADP-ribosylation factor 1-5 / Small GTPase superfamily, ARF type / Small GTPase Arf domain profile. / Sar1p-like members of the Ras-family of small GTPases / Small GTPase superfamily, ARF/SAR type / ADP-ribosylation factor family / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / Bacteriorhodopsin-like protein / Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / EICOSANE / RETINAL / ADP-ribosylation factor 1 / Bacteriorhodopsin
類似検索 - 構成要素
生物種Candidatus Actinomarina minuta (バクテリア)
Homo sapiens (ヒト)
marine Actinobacteria clade (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Bukhdruker, S. / Bratanov, D. / Kovalev, K. / Astashkin, R. / Gordeliy, V.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR) フランス
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2025
タイトル: Proteorhodopsin insights into the molecular mechanism of vectorial proton transport.
著者: Bukhdruker, S. / Gushchin, I. / Shevchenko, V. / Kovalev, K. / Polovinkin, V. / Tsybrov, F. / Astashkin, R. / Alekseev, A. / Mikhaylov, A. / Bukhalovich, S. / Bratanov, D. / Ryzhykau, Y. / ...著者: Bukhdruker, S. / Gushchin, I. / Shevchenko, V. / Kovalev, K. / Polovinkin, V. / Tsybrov, F. / Astashkin, R. / Alekseev, A. / Mikhaylov, A. / Bukhalovich, S. / Bratanov, D. / Ryzhykau, Y. / Kuklina, D. / Caramello, N. / Rokitskaya, T. / Antonenko, Y. / Rulev, M. / Stoev, C. / Zabelskii, D. / Round, E. / Rogachev, A. / Borshchevskiy, V. / Ghai, R. / Bourenkov, G. / Zeghouf, M. / Cherfils, J. / Engelhard, M. / Chizhov, I. / Rodriguez-Valera, F. / Bamberg, E. / Gordeliy, V.
履歴
登録2024年1月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年4月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月23日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / citation_author / struct_keywords
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _struct_keywords.text
改定 1.22025年7月2日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_src_gen ...entity / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq
Item: _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.gene_src_common_name ..._entity.pdbx_description / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bacteriorhodopsin,ADP-ribosylation factor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,69711
ポリマ－45,7091
非ポリマー2,98810
水1,964109
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2410 Å2
ΔGint9 kcal/mol
Surface area18190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.856, 39.718, 94.984
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 124.630, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質 Bacteriorhodopsin,ADP-ribosylation factor 1


分子量: 45709.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Candidatus Actinomarina minuta (バクテリア), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: ARF1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: S5DM51, UniProt: P84077, small monomeric GTPase
#2: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物
ChemComp-LFA / EICOSANE / LIPID FRAGMENT / イコサン


分子量: 282.547 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H42
#4: 化合物 ChemComp-RET / RETINAL / 7-cis-レチナ-ル


分子量: 284.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C20H28O
由来: (組換発現) marine Actinobacteria clade (バクテリア)
遺伝子: ARF1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / 参照: small monomeric GTPase
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.15 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 7 / 詳細: 2.0 M Ammonium Phosphate buffer

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→37.33 Å / Num. obs: 15145 / % possible obs: 88.9 % / 冗長度: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 39.12 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.052 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) all% possible all
6.58-37.332.121.27570.9980.02489.2
2.3-2.411.61.67590.7020.40969.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDS20210323データ削減
STARANISO2.3.77データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PHENIX1.20.1_4487精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→37.33 Å / SU ML: 0.3677 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.1277
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2634 1534 10.14 %
Rwork0.2115 13589 -
obs0.2167 15123 81.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 49.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→37.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2999 0 69 109 3177
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00143239
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.45524403
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0384492
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0028550
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.03551145
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.370.309590.2546431X-RAY DIFFRACTION30.02
2.37-2.460.3024880.2521722X-RAY DIFFRACTION48.62
2.46-2.560.34431320.27291190X-RAY DIFFRACTION79.73
2.56-2.670.32651460.28661368X-RAY DIFFRACTION90.28
2.67-2.820.34251560.25151402X-RAY DIFFRACTION93.69
2.82-2.990.33111570.25321442X-RAY DIFFRACTION96.04
2.99-3.220.30151660.23911438X-RAY DIFFRACTION95.99
3.22-3.550.25941600.20651428X-RAY DIFFRACTION93.69
3.55-4.060.24551500.20031324X-RAY DIFFRACTION87.37
4.06-5.110.20811610.17021409X-RAY DIFFRACTION92.35
5.11-37.330.23081590.18641435X-RAY DIFFRACTION90.11
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.29505600896-0.162666438792-0.6936578587042.065077755061.853651495324.177879641090.0956291837878-0.3713601129750.09508625064530.09569012707690.31331622473-0.220997163726-0.102054108920.996063340097-0.2821189276280.3924931280130.0244197750630.06992687112790.516448039903-0.06789002295810.28126743643221.1552530293-9.7357681926236.7489178542
24.09681841353-0.09337305350270.6031291678542.62138635699-0.5089155556983.522395725310.135899555531-0.00120010415466-0.16735843309-0.00708400974239-0.117126918651-0.116498486078-0.1489375726070.306393849198-0.02165560848790.250639820645-0.05625038073190.02606993607940.2004640243340.01815630130690.23808522990448.1922509595-9.804697200630.493728974404
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 2 through 215 )2 - 2151 - 208
22chain 'A' and (resid 216 through 396 )216 - 396209 - 389

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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