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- PDB-8rso: Crystal structure of marine actinobacteria clade rhodopsin (MAR) ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rso
タイトルCrystal structure of marine actinobacteria clade rhodopsin (MAR) in the ground state
要素Bacteriorhodopsin
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Mac / MacR / MAR / proteorhodopsin / PR / xanthorodopsin / XR / xanthorhodopsin
機能・相同性Bacteriorhodopsin-like protein / Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein / membrane / EICOSANE / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / PHOSPHATE ION / RETINAL / Bacteriorhodopsin
機能・相同性情報
生物種Candidatus Actinomarina minuta (バクテリア)
marine Actinobacteria clade (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.25 Å
データ登録者Bukhdruker, S. / Kovalev, K. / Astashkin, R. / Gordeliy, V.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR) フランス
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2025
タイトル: Proteorhodopsin insights into the molecular mechanism of vectorial proton transport.
著者: Bukhdruker, S. / Gushchin, I. / Shevchenko, V. / Kovalev, K. / Polovinkin, V. / Tsybrov, F. / Astashkin, R. / Alekseev, A. / Mikhaylov, A. / Bukhalovich, S. / Bratanov, D. / Ryzhykau, Y. / ...著者: Bukhdruker, S. / Gushchin, I. / Shevchenko, V. / Kovalev, K. / Polovinkin, V. / Tsybrov, F. / Astashkin, R. / Alekseev, A. / Mikhaylov, A. / Bukhalovich, S. / Bratanov, D. / Ryzhykau, Y. / Kuklina, D. / Caramello, N. / Rokitskaya, T. / Antonenko, Y. / Rulev, M. / Stoev, C. / Zabelskii, D. / Round, E. / Rogachev, A. / Borshchevskiy, V. / Ghai, R. / Bourenkov, G. / Zeghouf, M. / Cherfils, J. / Engelhard, M. / Chizhov, I. / Rodriguez-Valera, F. / Bamberg, E. / Gordeliy, V.
履歴
登録2024年1月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年4月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月23日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / citation_author / struct_keywords
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _struct_keywords.text
改定 1.22025年7月2日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_src_gen ...entity / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq
Item: _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id ..._entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bacteriorhodopsin
B: Bacteriorhodopsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,29833
ポリマ－48,5542
非ポリマー8,74431
水2,396133
1
A: Bacteriorhodopsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,87621
ポリマ－24,2771
非ポリマー5,59920
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Bacteriorhodopsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,42112
ポリマ－24,2771
非ポリマー3,14411
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)40.710, 55.850, 56.640
Angle α, β, γ (deg.)64.090, 81.520, 85.290
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Bacteriorhodopsin


分子量: 24277.076 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Candidatus Actinomarina minuta (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: S5DM51

-
非ポリマー , 6種, 164分子

#2: 化合物
ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#3: 化合物
ChemComp-LFA / EICOSANE / LIPID FRAGMENT / イコサン


分子量: 282.547 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H42
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-RET / RETINAL / 7-cis-レチナ-ル


分子量: 284.436 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C20H28O
由来: (組換発現) marine Actinobacteria clade (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.35 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 8.8 / 詳細: 3.0 M Ammonium Phosphate buffer, pH 8.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.24→47.23 Å / Num. obs: 92902 / % possible obs: 86.6 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 30.08 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rpim(I) all: 0.037 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル

Num. unique obs: 4644 / Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsCC1/2Rpim(I) all% possible all
3.7-47.233.623.70.9940.03198.4
1.24-1.362.51.30.3520.6735.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDS20220110データ削減
STARANISO2.3.79データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PHENIX1.20.1_4487精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.25→47.23 Å / SU ML: 0.1092 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 22.2254
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1768 4304 4.63 %
Rwork0.1515 88588 -
obs0.1527 92892 74.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 25.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.25→47.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3342 0 285 133 3760
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01023904
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.12335240
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0776555
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0089633
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.77021470
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.25-1.260.341610X-RAY DIFFRACTION0.25
1.26-1.270.35730.273156X-RAY DIFFRACTION1.68
1.27-1.290.350150.2673150X-RAY DIFFRACTION3.85
1.29-1.310.283170.2543364X-RAY DIFFRACTION9.22
1.31-1.320.2706420.2466717X-RAY DIFFRACTION18.27
1.32-1.340.3582710.2561315X-RAY DIFFRACTION33.8
1.34-1.360.27931000.23631901X-RAY DIFFRACTION48.04
1.36-1.380.29451140.222399X-RAY DIFFRACTION60.5
1.38-1.40.26611150.21182757X-RAY DIFFRACTION69.12
1.4-1.430.23331450.21633089X-RAY DIFFRACTION79.01
1.43-1.450.28081550.19643483X-RAY DIFFRACTION87.75
1.45-1.480.23041710.17423637X-RAY DIFFRACTION93.01
1.48-1.50.19631500.15963826X-RAY DIFFRACTION94.4
1.5-1.540.20751620.14593741X-RAY DIFFRACTION95.26
1.54-1.570.19881800.1373787X-RAY DIFFRACTION94.93
1.57-1.610.16621720.133773X-RAY DIFFRACTION95.59
1.61-1.650.16851750.1273779X-RAY DIFFRACTION95.58
1.65-1.690.16452180.12183744X-RAY DIFFRACTION95.59
1.69-1.740.16152070.12843762X-RAY DIFFRACTION96.33
1.74-1.80.17842230.13333788X-RAY DIFFRACTION96.26
1.8-1.860.16312060.1263811X-RAY DIFFRACTION96.56
1.86-1.930.17691890.13013813X-RAY DIFFRACTION96.53
1.93-2.020.15452100.12773794X-RAY DIFFRACTION97.07
2.02-2.130.15831780.12363865X-RAY DIFFRACTION97.3
2.13-2.260.16351340.13193904X-RAY DIFFRACTION97.42
2.26-2.440.14251560.13733851X-RAY DIFFRACTION97.83
2.44-2.680.18191840.14963888X-RAY DIFFRACTION98.03
2.68-3.070.18741790.15713884X-RAY DIFFRACTION98.24
3.07-3.870.15652460.16343807X-RAY DIFFRACTION98.18
3.87-47.230.19481970.16913893X-RAY DIFFRACTION98.39

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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