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- PDB-8rrh: The human prohibitin complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rrh
タイトルThe human prohibitin complex
要素
  • Prohibitin 1
  • Prohibitin-2
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Chaperone / Lipid organization / Protease regulator
機能・相同性
機能・相同性情報


complement component C3a binding / mitochondrial prohibitin complex / regulation of cardiolipin metabolic process / regulation of cytochrome-c oxidase activity / amide binding / host-mediated perturbation of viral RNA genome replication / proteinase activated receptor binding / regulation of branching involved in mammary gland duct morphogenesis / negative regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / negative regulation of nuclear receptor-mediated glucocorticoid signaling pathway ...complement component C3a binding / mitochondrial prohibitin complex / regulation of cardiolipin metabolic process / regulation of cytochrome-c oxidase activity / amide binding / host-mediated perturbation of viral RNA genome replication / proteinase activated receptor binding / regulation of branching involved in mammary gland duct morphogenesis / negative regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / negative regulation of nuclear receptor-mediated glucocorticoid signaling pathway / sphingolipid binding / Processing of SMDT1 / Cellular response to mitochondrial stress / T-helper 17 type immune response / positive regulation of exit from mitosis / RIG-I signaling pathway / negative regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / positive regulation of complement activation / complement component C3b binding / mammary gland branching involved in thelarche / negative regulation of androgen receptor signaling pathway / positive regulation of cell cycle G1/S phase transition / negative regulation of transcription by competitive promoter binding / positive regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / cellular response to interleukin-6 / sister chromatid cohesion / mammary gland epithelial cell proliferation / positive regulation of immunoglobulin production / DNA biosynthetic process / positive regulation of interleukin-17 production / B cell activation / presynaptic active zone / mammary gland alveolus development / progesterone receptor signaling pathway / mitophagy / cellular response to retinoic acid / estrogen receptor signaling pathway / antiviral innate immune response / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / epigenetic regulation of gene expression / cell periphery / GABA-ergic synapse / nuclear estrogen receptor binding / mitochondrion organization / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / RAF activation / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / negative regulation of cell growth / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / negative regulation of protein catabolic process / histone deacetylase binding / nuclear matrix / protein import into nucleus / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / transcription corepressor activity / osteoblast differentiation / positive regulation of neuron apoptotic process / cell migration / regulation of apoptotic process / cellular response to hypoxia / mitochondrial outer membrane / early endosome / mitochondrial inner membrane / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / postsynaptic density / protein stabilization / protein heterodimerization activity / symbiont entry into host cell / axon / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / glutamatergic synapse / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / cell surface / signal transduction / protein homodimerization activity / protein-containing complex / mitochondrion / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Prohibitin / Band 7 domain / SPFH domain / Band 7 family / prohibitin homologues / Band 7/SPFH domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Prohibitin 1 / Prohibitin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 16.3 Å
データ登録者Lange, F. / Ratz, M. / Dohrke, J.N. / Wenzel, D. / Riedel, D. / Ilgen, P. / Jakobs, S.
資金援助 ドイツ, European Union, 5件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)2067/1- 390729940 ドイツ
European Research Council (ERC)ERCAdG No. 835102European Union
German Research Foundation (DFG)TRR 274 ドイツ
German Research Foundation (DFG)SFB 1456 ドイツ
German Research Foundation (DFG)FOR 2848 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Cell Biol / 年: 2025
タイトル: In situ architecture of the human prohibitin complex.
著者: Felix Lange / Michael Ratz / Jan-Niklas Dohrke / Maxence Le Vasseur / Dirk Wenzel / Peter Ilgen / Dietmar Riedel / Stefan Jakobs /
要旨: Prohibitins are a highly conserved family of proteins that have been implicated in a variety of functions including mitochondrial stress signalling and housekeeping, cell cycle progression, ...Prohibitins are a highly conserved family of proteins that have been implicated in a variety of functions including mitochondrial stress signalling and housekeeping, cell cycle progression, apoptosis, lifespan regulation and many others. The human prohibitins prohibitin 1 and prohibitin 2 have been proposed to act as scaffolds within the mitochondrial inner membrane, but their molecular organization has remained elusive. Here we determined the molecular organization of the human prohibitin complex within the mitochondrial inner membrane using an integrative structural biology approach combining quantitative western blotting, cryo-electron tomography, subtomogram averaging and molecular modelling. The proposed bell-shaped structure consists of 11 alternating prohibitin 1 and prohibitin 2 molecules. This study reveals an average of about 43 prohibitin complexes per crista, covering 1-3% of the crista membrane area. These findings provide a structural basis for understanding the functional contributions of prohibitins to the integrity and spatial organization of the mitochondrial inner membrane.
履歴
登録2024年1月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 1.22025年4月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Prohibitin 1
B: Prohibitin-2
C: Prohibitin 1
D: Prohibitin-2
E: Prohibitin 1
F: Prohibitin-2
G: Prohibitin 1
H: Prohibitin-2
I: Prohibitin 1
J: Prohibitin-2
K: Prohibitin 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)345,73511
ポリマ－345,73511
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質
Prohibitin 1


分子量: 29838.029 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: U2OS / 参照: UniProt: P35232
#2: タンパク質
Prohibitin-2 / B-cell receptor-associated protein BAP37 / D-prohibitin / Repressor of estrogen receptor activity


分子量: 33341.355 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q99623
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: CELL / ３次元再構成法: サブトモグラム平均法

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試料調製

構成要素名称: human prohibitin complex formed by PHB1 and PHB2 / タイプ: CELL
詳細: 11 molecules of PHB1 and PHB2 form the human prohibitin complex
Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞内の位置: mitochondrial inner membrane / Organelle: mitochondria
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: DMEM high glucose medium (Gibco)
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 42000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 4000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 93 K / 最低温度: 80 K
撮影平均露光時間: 0.53 sec. / 電子線照射量: 120 e/Å2 / Avg electron dose per subtomogram: 120 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
実像数: 4
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャン横: 5760 / 縦: 4092

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1Dynamo1.1.532volume selectionParticle picking and initial pose optimization
2Warp1.0.9volume selectionSubtomogram extraction
3SerialEM4.1画像取得
5RELION4CTF補正
12RELION4最終オイラー角割当
13RELION4分類
14RELION4３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C11 (11回回転対称)
3次元再構成解像度: 16.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 817 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
EM volume selection手法: manual picking / Num. of tomograms: 37 / Num. of volumes extracted: 817 / Reference model: none
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
原子モデル構築Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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