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万見
- PDB-8rr0: CryoEM structure of Molybdenum bispyranopterin guanine dinucleoti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rr0
タイトルCryoEM structure of Molybdenum bispyranopterin guanine dinucleotide formate dehydrogenases ForCE1 from Bacillus subtilis
要素
  • Probable oxidoreductase YjgC
  • Uncharacterized protein YjgD
キーワードOXIDOREDUCTASE / Bacterial metabolism Bioenergetics Metalloenzyme Quinone Iron-Sulfur Cluster Helical Membrane Plug-in
機能・相同性
機能・相同性情報


formate metabolic process / formate dehydrogenase (NAD+) activity / 酸化還元酵素 / molybdopterin cofactor binding / respiratory electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function DUF1641 / Protein of unknown function (DUF1641) / Formate dehydrogenase, alpha subunit / Formate dehydrogenase H, N-terminal / Molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 domain / Molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 domain / Molybdopterin dinucleotide-binding domain / Molydopterin dinucleotide binding domain / : / NADH-ubiquinone oxidoreductase-G iron-sulfur binding region ...Protein of unknown function DUF1641 / Protein of unknown function (DUF1641) / Formate dehydrogenase, alpha subunit / Formate dehydrogenase H, N-terminal / Molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 domain / Molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 domain / Molybdopterin dinucleotide-binding domain / Molydopterin dinucleotide binding domain / : / NADH-ubiquinone oxidoreductase-G iron-sulfur binding region / NADH-ubiquinone oxidoreductase-G iron-sulfur binding region / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit G, iron-sulphur binding / His(Cys)3-ligated-type [4Fe-4S] domain profile. / Aspartate decarboxylase-like domain superfamily / Molybdopterin oxidoreductase, 4Fe-4S domain / Prokaryotic molybdopterin oxidoreductases 4Fe-4S domain profile. / Molybdopterin oxidoreductase / Molybdopterin oxidoreductase / 4Fe-4S dicluster domain / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
UNDECANOIC ACID / MOLYBDENUM(IV) ION / : / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / HYDROSULFURIC ACID / nonanoic acid / Chem-MGD / MENAQUINONE-7 / MYRISTIC ACID / IRON/SULFUR CLUSTER ...UNDECANOIC ACID / MOLYBDENUM(IV) ION / : / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / HYDROSULFURIC ACID / nonanoic acid / Chem-MGD / MENAQUINONE-7 / MYRISTIC ACID / IRON/SULFUR CLUSTER / HEPTANOIC ACID / Uncharacterized protein YjgD / Probable oxidoreductase YjgC
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.35 Å
データ登録者Cherrier, M.V. / Arnoux, P. / Martin, L. / Nicolet, Y. / Schoehn, G. / Legrand, P. / Broc, M. / Seduk, F. / Brasseur, G. / Arias-Cartin, R. ...Cherrier, M.V. / Arnoux, P. / Martin, L. / Nicolet, Y. / Schoehn, G. / Legrand, P. / Broc, M. / Seduk, F. / Brasseur, G. / Arias-Cartin, R. / Magalon, A. / Walburger, A. / Uzel, A. / Guigliarelli, B. / Grimaldi, S. / Pierrel, F. / Mate, M.
資金援助 フランス, 7件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-15-IDEX-02 フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-15-IDEX-02 フランス
French Infrastructure for Integrated Structural Biology (FRISBI)ANR-10-INBS-05-02 フランス
Grenoble Alliance for Integrated Structural Cell Biology (GRAL)ANR-10-LABX-49-01 フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-22-CE44-0035-01 フランス
Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)MICROBIOCO2 フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR 16-CE29-0010-01 フランス
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2025
タイトル: A scaffold for quinone channeling between membrane and soluble bacterial oxidoreductases.
著者: M Broc / M V Cherrier / A Uzel / R Arias-Cartin / P Arnoux / G Brasseur / F Seduk / B Guigliarelli / P Legrand / F Pierrel / G Schoehn / M J Maté / L Martin / S Grimaldi / Y Nicolet / A Magalon / A Walburger /
要旨: Redox processes are at the heart of energetic metabolism that drives life on earth. By extension, complex and efficient electron transfer wires are necessary to connect the various metabolic pathways ...Redox processes are at the heart of energetic metabolism that drives life on earth. By extension, complex and efficient electron transfer wires are necessary to connect the various metabolic pathways that are often located in distinct cellular compartments. Here, we uncovered a structural module that enables channeling of quinones from the membrane to various water-soluble redox catalytic units in prokaryotes. Using X-ray crystallography and cryo-electron microscopy, we determined the structure of the unusual bacterial formate dehydrogenase ForCE that contains four ForC catalytic subunits docked around a membrane-associated tetrameric ForE central scaffold. In the latter, a conserved domain that we propose to name helical membrane plugin (HMP) was identified as essential to link formate oxidation, in Bacillus subtilis, to the aerobic respiratory chain. Our bioinformatic analysis indicates that this HMP is associated with different quinone-reducing oxidoreductases, highlighting its broad importance as a functional unit to wire electrons between a given catalytic redox center and the quinone pool.
履歴
登録2024年1月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年8月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月6日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月6日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月6日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月6日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月6日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年8月6日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年8月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 1.22025年9月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _em_admin.last_update
改定 1.32025年11月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein YjgD
B: Probable oxidoreductase YjgC
C: Uncharacterized protein YjgD
D: Probable oxidoreductase YjgC
E: Uncharacterized protein YjgD
F: Probable oxidoreductase YjgC
G: Uncharacterized protein YjgD
H: Probable oxidoreductase YjgC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)556,374100
ポリマ－524,9338
非ポリマー31,44192
水1,51384
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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タンパク質 , 2種, 8分子 ACEGBDFH

#1: タンパク質
Uncharacterized protein YjgD


分子量: 21308.650 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: O34681
#2: タンパク質
Probable oxidoreductase YjgC


分子量: 109924.477 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: O34720, 酸化還元酵素

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非ポリマー , 12種, 176分子

#3: 化合物...
ChemComp-11A / UNDECANOIC ACID


分子量: 186.291 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: C11H22O2 / コメント: 抗真菌剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-A1H2V / [(2~{R})-3-[[(2~{R})-2,3-bis(oxidanyl)propoxy]-oxidanyl-phosphoryl]oxy-2-hexadecanoyloxy-propyl] octadecanoate / (2R,3S,4R,5R,6R)-6-((1R,2R,3S,4R,6S)-4,6-DIAMINO-2,3-DIHYDROXYCYCLOHEXYLOXY)-5-AMINO-2-(AMINOMETHYL)-TETRAHYDRO-2H-PYRA N-3,4-DIOL / NEOMYCIN A / NEAMINE / (1R,2R,3S,4R,6S)-4,6-diamino-2,3-dihydroxycyclohexyl 2,6-diamino-2,6-dideoxy-alpha-D-glucoside / (1R,2R,3S,4R,6S)-4,6-diamino-2,3-dihydroxycyclohexyl 2,6-diamino-2,6-dideoxy-D-glucoside / (1R,2R,3S,4R,6S)-4,6-diamino-2,3-dihydroxycyclohexyl 2,6-diamino-2,6-dideoxy-glucoside


分子量: 751.023 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H79O10P
#5: 化合物
ChemComp-SHV / HEPTANOIC ACID


分子量: 130.185 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H14O2
#6: 化合物
ChemComp-KNA / nonanoic acid


分子量: 158.238 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H18O2
#7: 化合物
ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID


分子量: 228.371 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O2
#8: 化合物
ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#10: 化合物
ChemComp-MGD / 2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-7-METHYL-3,7,8A,9-TETRAHYDRO-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-4-ONE GUANOSINE DINUCLEOTIDE / MOLYBDOPTERIN GUANOSINE DINUCLEOTIDE


分子量: 740.557 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H26N10O13P2S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#11: 化合物
ChemComp-4MO / MOLYBDENUM(IV) ION


分子量: 95.940 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mo / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#12: 化合物
ChemComp-H2S / HYDROSULFURIC ACID / HYDROGEN SULFIDE


分子量: 34.081 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#13: 化合物
ChemComp-MQ7 / MENAQUINONE-7


分子量: 648.999 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C46H64O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#14: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Molybdenum bispyranopterin guanine dinucleotide formate dehydrogenases ForCE1
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: NATURAL
分子量値: 0.524244 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
緩衝液pH: 6 / 詳細: 50 mM MES pH 6 50mM Na2SO4
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mMMES1
250 mMSodium sulfateNa2SO41
試料濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: 30 mA / グリッドの材料: COPPER/RHODIUM / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: PROPANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298 K

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 45000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4977
画像スキャン動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 2-40

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC3.3.2.粒子像選択
4cryoSPARC3.3.2.CTF補正
7PHENIX1.20.1.モデルフィッティング
10cryoSPARC3.3.2.最終オイラー角割当
11cryoSPARC3.3.2.分類
12cryoSPARC3.3.2.３次元再構成
19PHENIX1.20.1.モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C4 (4回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.35 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 112095 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: RECIPROCAL
原子モデル構築PDB-ID: 8RQZ

8rqz


Accession code: 8RQZ / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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