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- PDB-8rm1: Cryo-EM structure of a Foamy Virus fusion glycoprotein in the pos... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rm1
タイトルCryo-EM structure of a Foamy Virus fusion glycoprotein in the postfusion conformation
要素(Envelope glycoprotein gp130) x 2
キーワードVIRUS / Envelope / Fusion / Spumavirus
機能・相同性Foamy virus envelope protein / Foamy virus envelope protein / host cell endoplasmic reticulum membrane / viral envelope / virion membrane / Envelope glycoprotein gp130
機能・相同性情報
生物種Simian foamy virus (サルフォーミーウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Fernandez, I. / Backovic, M.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Laboratories of Excellence (LabEx)ANR-LBX-62 IBEID フランス
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2024
タイトル: Structures of the Foamy virus fusion protein reveal an unexpected link with the F protein of paramyxo- and pneumoviruses.
著者: Ignacio Fernández / François Bontems / Delphine Brun / Youna Coquin / Casper A Goverde / Bruno E Correia / Antoine Gessain / Florence Buseyne / Felix A Rey / Marija Backovic /
要旨: Foamy viruses (FVs) constitute a subfamily of retroviruses. Their envelope (Env) glycoprotein drives the merger of viral and cellular membranes during entry into cells. The only available structures ...Foamy viruses (FVs) constitute a subfamily of retroviruses. Their envelope (Env) glycoprotein drives the merger of viral and cellular membranes during entry into cells. The only available structures of retroviral Envs are those from human and simian immunodeficiency viruses from the subfamily of orthoretroviruses, which are only distantly related to the FVs. We report the cryo-electron microscopy structures of the FV Env ectodomain in the pre- and post-fusion states, which unexpectedly demonstrate structural similarity with the fusion protein (F) of paramyxo- and pneumoviruses, implying an evolutionary link between the viral fusogens. We describe the structural features that are unique to the FV Env and propose a mechanistic model for its conformational change, highlighting how the interplay of its structural elements could drive membrane fusion and viral entry. The structural knowledge on the FV Env now provides a framework for functional investigations, which can benefit the design of FV Env variants with improved features for use as gene therapy vectors.
履歴
登録2024年1月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月23日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月23日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月23日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月23日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月23日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02024年10月23日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月23日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月23日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月23日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月23日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月23日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年10月23日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02024年10月30日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / em_admin ...atom_site / em_admin / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_branch_scheme / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_modification_feature / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_torsion / struct_asym / struct_conf / struct_conn / struct_mon_prot_cis / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet_range
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.label_asym_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _em_admin.last_update / _entity_src_gen.entity_id / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_src_id / _pdbx_branch_scheme.asym_id / _pdbx_branch_scheme.entity_id / _pdbx_branch_scheme.pdb_asym_id / _pdbx_entity_branch.entity_id / _pdbx_entity_branch_descriptor.entity_id / _pdbx_entity_branch_link.entity_id / _pdbx_entity_branch_list.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_modification_feature.auth_asym_id / _pdbx_modification_feature.label_asym_id / _pdbx_modification_feature.label_seq_id / _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_asym_id / _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_asym_id / _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_seq_id / _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_seq_id / _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id / _struct_conf.beg_auth_asym_id / _struct_conf.beg_label_asym_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_auth_asym_id / _struct_conf.end_label_asym_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id / _struct_mon_prot_cis.label_asym_id / _struct_mon_prot_cis.label_seq_id / _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 / _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 / _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 / _struct_ref.entity_id / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_strand_id / _struct_ref_seq.seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end / _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id / _struct_sheet_range.beg_label_asym_id / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _struct_sheet_range.end_auth_asym_id / _struct_sheet_range.end_label_asym_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id
改定 2.12024年11月20日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / Item: _em_admin.last_update
改定 2.22025年7月9日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年7月9日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Envelope glycoprotein gp130
D: Envelope glycoprotein gp130
B: Envelope glycoprotein gp130
E: Envelope glycoprotein gp130
C: Envelope glycoprotein gp130
F: Envelope glycoprotein gp130
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)286,05315
ポリマ－282,3566
非ポリマー3,6969
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area62680 Å2
ΔGint-349 kcal/mol
Surface area107930 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質 Envelope glycoprotein gp130 / Env polyprotein


分子量: 52050.996 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Simian foamy virus (サルフォーミーウイルス)
遺伝子: env
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
株 (発現宿主): S2 / 参照: UniProt: K7YEW5
#2: タンパク質 Envelope glycoprotein gp130 / Env polyprotein


分子量: 42067.801 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Simian foamy virus (サルフォーミーウイルス)
遺伝子: env
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
株 (発現宿主): S2 / 参照: UniProt: K7YEW5
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Gorilla Foamy Virus Envelope glycoprotein / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Spumavirus (ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 281 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1RELION粒子像選択
4CTFFINDCTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
11RELION分類
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 98407 / クラス平均像の数: 2 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1

IDPDB-ID詳細Source nameタイプAccession codeInitial refinement model-ID
1Phenix map to model tool followed by manual buildingOtherother
28AEZ

8aez

PDBexperimental model8AEZ2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00318336
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.58224915
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.292523
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0432820
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0053153

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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