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- PDB-8aez: X-ray structure of the deglycosylated receptor binding domain of ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8aez
タイトルX-ray structure of the deglycosylated receptor binding domain of Env glycoprotein of Simian Foamy virus
要素Envelope glycoprotein gp130
キーワードVIRAL PROTEIN / Receptor binding domain
機能・相同性Foamy virus envelope protein / Foamy virus envelope protein / host cell endoplasmic reticulum membrane / viral envelope / virion membrane / membrane / Envelope glycoprotein gp130
機能・相同性情報
生物種Simian foamy virus (サルフォーミーウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.574 Å
データ登録者Backovic, M.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Laboratories of Excellence (LabEx) フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: The crystal structure of a simian Foamy Virus receptor binding domain provides clues about entry into host cells.
著者: Fernandez, I. / Dynesen, L.T. / Coquin, Y. / Pederzoli, R. / Brun, D. / Haouz, A. / Gessain, A. / Rey, F.A. / Buseyne, F. / Backovic, M.
履歴
登録2022年7月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Envelope glycoprotein gp130
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,3788
ポリマ－40,2891
非ポリマー3,0907
水55831
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)99.451, 99.451, 120.609
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Envelope glycoprotein gp130 / Env polyprotein


分子量: 40288.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Simian foamy virus (サルフォーミーウイルス)
遺伝子: env / Variant: BAK74 / 細胞株 (発現宿主): 2
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
株 (発現宿主): Schneider / 参照: UniProt: K7YEW5
#2: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1397.245 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-3DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,8,7/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-g1_d2-e1_e2-f1_g3-h1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.05 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1M Tris pH 8.5, 3.5M sodium formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.574→49.73 Å / Num. obs: 22363 / % possible obs: 99.91 % / 冗長度: 20.3 % / CC1/2: 0.986 / Rmerge(I) obs: 0.2051 / Rpim(I) all: 0.04701 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 2.574→2.666 Å / Rmerge(I) obs: 0.9362 / Mean I/σ(I) obs: 1.85 / Num. unique obs: 2101 / CC1/2: 0.846 / Rpim(I) all: 0.2117

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDS`データ削減
Aimlessデータスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.574→49.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU R Cruickshank DPI: 0.289 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.285 / SU Rfree Blow DPI: 0.232 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.236
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.253 1052 -RANDOM
Rwork0.2134 ---
obs0.2153 22357 99.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 75.14 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.6373 Å20 Å20 Å2
2--1.6373 Å20 Å2
3----3.2747 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.36 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.574→49.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2711 0 203 31 2945
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0083016HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.984129HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1069SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes490HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3016HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion426SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2143SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.5
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.74
LS精密化 シェル解像度: 2.574→49.73 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2989 22 -
Rwork0.2885 --
obs--98.06 %
精密化 TLSOrigin x: -22.1361 Å / Origin y: -36.3317 Å / Origin z: 18.3941 Å
111213212223313233
T-0.0924 Å2-0.0031 Å20.0474 Å2-0.0644 Å2-0.0598 Å2---0.0778 Å2
L3.0074 °2-1.3078 °21.099 °2-0.8424 °2-0.7704 °2--1.9227 °2
S0.0412 Å °0.055 Å °-0.11 Å °0.055 Å °0.0847 Å °-0.1245 Å °-0.11 Å °-0.1245 Å °-0.1259 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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