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万見
- PDB-8rlz: NMR solution structure of the N-terminal cytoplasmic domain, DdvA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rlz
タイトルNMR solution structure of the N-terminal cytoplasmic domain, DdvANt, of the membrane antisigma factor DdvA
要素Antisigma factor DdvA
キーワードTRANSCRIPTION / Membrane antisigma / Zinc-associated antisigma domain / ECF sigma binding domain / Three-helix bundle
機能・相同性:
機能・相同性情報
生物種Myxococcus xanthus (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Pantoja-Uceda, D. / Padmanabhan, S.
資金援助 スペイン, 4件
組織認可番号国
Ministerio de Ciencia e Innovacion (MCIN)PID2021-123336NB-C22 スペイン
Ministerio de Ciencia e Innovacion (MCIN)PID2021-123336NB-C21 スペイン
Ministerio de Ciencia e Innovacion (MCIN)PID2020-112821GB-I00 スペイン
Other governmentICTS R-LRB
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2024
タイトル: Structural basis for regulation of a CBASS-CRISPR-Cas defense island by a transmembrane anti-σ factor and its ECF σ partner.
著者: Diego Bernal-Bernal / David Pantoja-Uceda / Jorge Pedro López-Alonso / Alfonso López-Rojo / José Antonio López-Ruiz / Marisa Galbis-Martínez / Borja Ochoa-Lizarralde / Igor Tascón / ...著者: Diego Bernal-Bernal / David Pantoja-Uceda / Jorge Pedro López-Alonso / Alfonso López-Rojo / José Antonio López-Ruiz / Marisa Galbis-Martínez / Borja Ochoa-Lizarralde / Igor Tascón / Montserrat Elías-Arnanz / Iban Ubarretxena-Belandia / S Padmanabhan /
要旨: How CRISPR-Cas and cyclic oligonucleotide-based antiphage signaling systems (CBASS) are coordinately deployed against invaders remains unclear. We show that a locus containing two CBASS and one type ...How CRISPR-Cas and cyclic oligonucleotide-based antiphage signaling systems (CBASS) are coordinately deployed against invaders remains unclear. We show that a locus containing two CBASS and one type III-B CRISPR-Cas system, regulated by the transmembrane anti-σ DdvA and its cognate extracytoplasmic function (ECF) σ DdvS, can defend against a phage. Cryo-electron microscopy reveals DdvA-DdvS pairs assemble as arrow-shaped transmembrane dimers. Each DdvA periplasmic domain adopts a separase/craspase-type tetratricopeptide repeat (TPR)-caspase HetF-associated with TPR (TPR-CHAT) architecture with an incomplete His-Cys active site, lacking three α-helices conserved among CHAT domains. Each active site faces the dimer interface, raising the possibility that signal-induced caspase-like DdvA autoproteolysis in trans precedes RseP-mediated intramembrane proteolysis and DdvS release. Nuclear magnetic resonance reveals a DdvA cytoplasmic CHCC-type zinc-bound three-helix bundle that binds to DdvS σ and σ domains, undergoing σ-induced helix extension to trap DdvS. Altogether, we provide structural-mechanistic insights into membrane anti-σ-ECF σ regulation of an antiviral CBASS-CRISPR-Cas defense island.
履歴
登録2024年1月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Antisigma factor DdvA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,1342
ポリマ－10,0681
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1target function

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要素

#1: タンパク質 Antisigma factor DdvA / Antisigma factor DdvA


分子量: 10068.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Myxococcus xanthus (バクテリア) / 株: DK1050 / 遺伝子: I5Q59_35855 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A8E4SKQ1
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
112isotropic12D 1H-15N HSQC
122isotropic12D 1H-13C HSQC
132isotropic13D HNCO
142isotropic13D HN(CA)CO
152isotropic13D HNCA
162isotropic13D HN(CA)CB
172isotropic13D CBCA(CO)NH
182isotropic13D H(CCO)NH
192isotropic13D (H)CC(CO)NH
1102isotropic13D HNHA
1112isotropic13D HBHA(CO)NH
1122isotropic13D (H)N(COCA)NH
1132isotropic13D H(MCOCA)NH
1142isotropic12D NOESY
1152isotropic12D TOCSY
1162isotropic13D 1H-15N NOESY
1172isotropic12D NOESY
1182isotropic12D TOCSY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution10.7 mM [U-13C; U-15N] DdvANt, 100 mM sodium chloride, 20 mM Tris, 2 mM beta-mercaptoethanol, 0.05 % sodium azide, 90% H2O/10% D2ODdvANt sample for assignment13C_15N_sample90% H2O/10% D2O
solution20.7 mM DdvANt, 100 mM sodium chloride, 20 mM Tris, 2 mM beta-mercaptoethanol, 0.05 % sodium azide, 90% H2O/10% D2ODdvANt sample for assignment and structure calculation1H_sample90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.7 mMDdvANt[U-13C; U-15N]1
100 mMsodium chloridenatural abundance1
20 mMTrisnatural abundance1
2 mMbeta-mercaptoethanolnatural abundance1
0.05 %sodium azidenatural abundance1
0.7 mMDdvANtnatural abundance2
100 mMsodium chloridenatural abundance2
20 mMTrisnatural abundance2
2 mMbeta-mercaptoethanolnatural abundance2
0.05 %sodium azidenatural abundance2
試料状態詳細: DdvANt sample for assignment and structure calculation
イオン強度: 100 mM / Label: condition_1 / pH: 7.0 Not defined / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE NEO / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE NEO / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
TopSpinBruker Biospin解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRViewJohnson, One Moon Scientificデータ解析
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
AmberCase, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
NMRViewJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
NMRViewJohnson, One Moon Scientificpeak picking
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 6
代表構造選択基準: target function
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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