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- PDB-8rot: Cryo-EM structure of the transmembrane anti-sigma factor DdvA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rot
タイトルCryo-EM structure of the transmembrane anti-sigma factor DdvA
要素CHAT domain-containing protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / Transmembrane protein / anti-sigma factor / antiviral system / TPR-CHAT
機能・相同性Anti-sigma factor, zinc-finger domain superfamily / Putative zinc-finger / Putative zinc-finger / CHAT domain / CHAT domain / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / membrane / CHAT domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Myxococcus xanthus (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.11 Å
データ登録者Lopez-Alonso, J.P. / Ochoa-Lizarralde, B. / Tascon, I. / Ubarretxena-Belandia, I.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Ministerio de Ciencia e Innovacion (MCIN)PID2022-143177NB-I00 スペイン
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2024
タイトル: Structural basis for regulation of a CBASS-CRISPR-Cas defense island by a transmembrane anti-σ factor and its ECF σ partner.
著者: Diego Bernal-Bernal / David Pantoja-Uceda / Jorge Pedro López-Alonso / Alfonso López-Rojo / José Antonio López-Ruiz / Marisa Galbis-Martínez / Borja Ochoa-Lizarralde / Igor Tascón / ...著者: Diego Bernal-Bernal / David Pantoja-Uceda / Jorge Pedro López-Alonso / Alfonso López-Rojo / José Antonio López-Ruiz / Marisa Galbis-Martínez / Borja Ochoa-Lizarralde / Igor Tascón / Montserrat Elías-Arnanz / Iban Ubarretxena-Belandia / S Padmanabhan /
要旨: How CRISPR-Cas and cyclic oligonucleotide-based antiphage signaling systems (CBASS) are coordinately deployed against invaders remains unclear. We show that a locus containing two CBASS and one type ...How CRISPR-Cas and cyclic oligonucleotide-based antiphage signaling systems (CBASS) are coordinately deployed against invaders remains unclear. We show that a locus containing two CBASS and one type III-B CRISPR-Cas system, regulated by the transmembrane anti-σ DdvA and its cognate extracytoplasmic function (ECF) σ DdvS, can defend against a phage. Cryo-electron microscopy reveals DdvA-DdvS pairs assemble as arrow-shaped transmembrane dimers. Each DdvA periplasmic domain adopts a separase/craspase-type tetratricopeptide repeat (TPR)-caspase HetF-associated with TPR (TPR-CHAT) architecture with an incomplete His-Cys active site, lacking three α-helices conserved among CHAT domains. Each active site faces the dimer interface, raising the possibility that signal-induced caspase-like DdvA autoproteolysis in trans precedes RseP-mediated intramembrane proteolysis and DdvS release. Nuclear magnetic resonance reveals a DdvA cytoplasmic CHCC-type zinc-bound three-helix bundle that binds to DdvS σ and σ domains, undergoing σ-induced helix extension to trap DdvS. Altogether, we provide structural-mechanistic insights into membrane anti-σ-ECF σ regulation of an antiviral CBASS-CRISPR-Cas defense island.
履歴
登録2024年1月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月27日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: CHAT domain-containing protein
A: CHAT domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)217,2812
ポリマ－217,2812
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 CHAT domain-containing protein


分子量: 108640.586 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: DdvA / 由来: (組換発現) Myxococcus xanthus (バクテリア) / 遺伝子: MXAN_7288 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1CW22
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: DdvA in complex with DdvS / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Myxococcus xanthus (バクテリア) / 株: DK1050
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21(DE3)
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mMTrisHCl1
2100 mMSodium ChlorideNaCl1
30.2 %DDM1
42 mMDTT1
試料濃度: 7.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: 9 mA / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 283 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: LAB6 / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / 倍率（補正後）: 134788 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 20000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 8000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 1.37 sec. / 電子線照射量: 60.033 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 37374 / 詳細: 17.890 e/pix/s Illumination Area: 760 nm 50 frames
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1cryoSPARC4.1粒子像選択Template picker
2EPU3.4.0.5704REL画像取得
4cryoSPARC4.1CTF補正
9cryoSPARC4.1初期オイラー角割当
10cryoSPARC4.1最終オイラー角割当
11cryoSPARC4.1分類
12cryoSPARC4.1３次元再構成
13PHENIX1.21モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 2674718
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.11 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 339970 / クラス平均像の数: 2 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
原子モデル構築Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00414114
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.57719204
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.4842016
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0382160
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0052558

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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