[日本語] English
万見
- EMDB-19404: Cryo-EM structure of the transmembrane anti-sigma factor DdvA -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19404
タイトルCryo-EM structure of the transmembrane anti-sigma factor DdvA
マップデータ
試料
  • 複合体: DdvA in complex with DdvS
    • タンパク質・ペプチド: CHAT domain-containing protein
キーワードTransmembrane protein / anti-sigma factor / antiviral system / TPR-CHAT / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性Anti-sigma factor, zinc-finger domain superfamily / Putative zinc-finger / Putative zinc-finger / CHAT domain / CHAT domain / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / membrane / CHAT domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Myxococcus xanthus (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.11 Å
データ登録者Lopez-Alonso JP / Ochoa-Lizarralde B / Tascon I / Ubarretxena-Belandia I
資金援助 スペイン, 1件
OrganizationGrant number国
Ministerio de Ciencia e Innovacion (MCIN)PID2022-143177NB-I00 スペイン
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2024
タイトル: Structural basis for regulation of a CBASS-CRISPR-Cas defense island by a transmembrane anti-σ factor and its ECF σ partner.
著者: Diego Bernal-Bernal / David Pantoja-Uceda / Jorge Pedro López-Alonso / Alfonso López-Rojo / José Antonio López-Ruiz / Marisa Galbis-Martínez / Borja Ochoa-Lizarralde / Igor Tascón / ...著者: Diego Bernal-Bernal / David Pantoja-Uceda / Jorge Pedro López-Alonso / Alfonso López-Rojo / José Antonio López-Ruiz / Marisa Galbis-Martínez / Borja Ochoa-Lizarralde / Igor Tascón / Montserrat Elías-Arnanz / Iban Ubarretxena-Belandia / S Padmanabhan /
要旨: How CRISPR-Cas and cyclic oligonucleotide-based antiphage signaling systems (CBASS) are coordinately deployed against invaders remains unclear. We show that a locus containing two CBASS and one type ...How CRISPR-Cas and cyclic oligonucleotide-based antiphage signaling systems (CBASS) are coordinately deployed against invaders remains unclear. We show that a locus containing two CBASS and one type III-B CRISPR-Cas system, regulated by the transmembrane anti-σ DdvA and its cognate extracytoplasmic function (ECF) σ DdvS, can defend against a phage. Cryo-electron microscopy reveals DdvA-DdvS pairs assemble as arrow-shaped transmembrane dimers. Each DdvA periplasmic domain adopts a separase/craspase-type tetratricopeptide repeat (TPR)-caspase HetF-associated with TPR (TPR-CHAT) architecture with an incomplete His-Cys active site, lacking three α-helices conserved among CHAT domains. Each active site faces the dimer interface, raising the possibility that signal-induced caspase-like DdvA autoproteolysis in trans precedes RseP-mediated intramembrane proteolysis and DdvS release. Nuclear magnetic resonance reveals a DdvA cytoplasmic CHCC-type zinc-bound three-helix bundle that binds to DdvS σ and σ domains, undergoing σ-induced helix extension to trap DdvS. Altogether, we provide structural-mechanistic insights into membrane anti-σ-ECF σ regulation of an antiviral CBASS-CRISPR-Cas defense island.
履歴
登録2024年1月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年11月6日-
マップ公開2024年11月6日-
更新2024年11月27日-
現状2024年11月27日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_19404.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19404.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1000 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.65 Å/pix.
x 640 pix.
= 413.568 Å		0.65 Å/pix.
x 640 pix.
= 413.568 Å		0.65 Å/pix.
x 640 pix.
= 413.568 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.6462 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.134
最小 - 最大-0.5190253 - 0.91623324
平均 (標準偏差)0.00019940363 (±0.011595878)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ640640640
Spacing640640640
セルA=B=C: 413.568 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_19404_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_19404_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_19404_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : DdvA in complex with DdvS

全体名称: DdvA in complex with DdvS
要素
  • 複合体: DdvA in complex with DdvS
    • タンパク質・ペプチド: CHAT domain-containing protein

-
超分子 #1: DdvA in complex with DdvS

超分子名称: DdvA in complex with DdvS / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Myxococcus xanthus (バクテリア) / 株: DK1050

-
分子 #1: CHAT domain-containing protein

分子名称: CHAT domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: DdvA / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Myxococcus xanthus (バクテリア)
分子量理論値: 108.640586 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MSSSPCDQLQ SFADGDLPPM EAQAFGQHLA DCEKCQVELT RLLQLDQLGR GYIERHGPVD IPWHALPRNR WMAGGFALAS MVAVAFILL GTLRPQAPRA LPELWAQPQR TLEARVTYLA ADRYRRPPQV MMGGAAARSG PNRSLALLSE LEKRGDLHQL A VAYLATGV ...文字列:
MSSSPCDQLQ SFADGDLPPM EAQAFGQHLA DCEKCQVELT RLLQLDQLGR GYIERHGPVD IPWHALPRNR WMAGGFALAS MVAVAFILL GTLRPQAPRA LPELWAQPQR TLEARVTYLA ADRYRRPPQV MMGGAAARSG PNRSLALLSE LEKRGDLHQL A VAYLATGV PEPSSAKAIL EGMRSDLRWQ SADVLCDLGV AHYVASKPLD AARATEELRE ALRLFDTVLA MQPGHVQALW NR SLVYRDL GLPLSAMKDL TEFEHRETDE GWRSEARDRR ARLSSTLRRK ERWLAADQTG ADLINRGAQE LARALTFVDV PLL RRDFYH AVRARTSSTD VLALLPLAER LDASVGSGTV LADYVHQVAA RDFSRRAPLA EQYARLISGR IPESEQDALL QRFL TSDET DLALGALAHV MQRLPAYASE LVRRTQHDED PWFRVLGLQA QAMLERQQEH YKEALAPLEQ ALDICRRERL VYRCI FIEN DLSHVKSWLF RVNAAAQHAR DGLALARPNQ WDLEGVMLQA LGNVARQAAD VTLGRAYYGE ALLMAEGDKW STRNIH QNL AHLAIWALEL DEARASLDRA MDTGLPLTQH GVAALVDVAR TRRSPRDALM VEQALAREPG NTPGQRAYAK FLHGRIL VE VDPARGRMLL DEAIRQAEAL PLDDVSAAHA RAYSYTSLIF ADADTGDFIA ALARFGAELG FETPARCVLG LTADTERS L LVARGAQGQL LSAYVPLRSS RFEAASMEGA VPPEMLAALQ ACTLVDVLAR PPLQGRSGLL PPGIAWRYRT RAAAPPPPA GPGTHLVVNE VRYSEERNEV PLQWLPRTAP GAEARFLRDL AATPTQVLEA ISTATEIDLA THGKVDPDSN FAYLLLAPGA DGRDTLFED SIRASQLTGA PLVVLAACEG GRPNAALHRA GSLPSAFLAA GARAVLAATH PIPDLDSSAF FGAVRDRVLA G ASLAVAVR DERLQWLSAG GDSEWVNAVL VFE

UniProtKB: CHAT domain-containing protein

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度7.5 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度名称式
50.0 mMTrisHCl
100.0 mMSodium ChlorideNaCl
0.2 %DDM
2.0 mMDTT
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 90 sec. / 前処理 - 気圧: 0.035 kPa / 詳細: 9 mA
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: LEICA EM GP

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 37374 / 平均露光時間: 1.37 sec. / 平均電子線量: 60.033 e/Å2 / 詳細: 17.890 e/pix/s Illumination Area: 760 nm 50 frames
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 倍率（補正後）: 134788 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 20.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 8.0 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 2674718
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: Ab initio model in cryosparc
最終 再構成使用したクラス数: 2 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.11 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.1) / 使用した粒子像数: 339970
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.1)
最終 3次元分類クラス数: 3 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-8rot:
Cryo-EM structure of the transmembrane anti-sigma factor DdvA

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る