PDB-8rlq: Human Carbonic Anhydrase XII mimic in complex with veralipride

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8rlq

タイトル

Human Carbonic Anhydrase XII mimic in complex with veralipride

要素

Carbonic anhydrase 2

キーワード

LYASE / carbonic anhydrase XII mimic / sulfonamide / veralipride / metalloenzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase activity / cyanamide hydratase / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / morphogenesis of an epithelium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Angeli, A. / Ferraroni, M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Chem Asian J / 年: 2024
タイトル: The dopamine D 2 receptors antagonist Veralipride inhibits carbonic anhydrases: solution and crystallographic insights on human isoforms.
著者: Angeli, A. / Ferraroni, M. / Capasso, C. / Supuran, C.T.

履歴

登録	2024年1月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年1月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年7月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8rlq.cif.gz	80.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8rlq.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8rlq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8rlq_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8rlq_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	8rlq_validation.xml.gz	17.4 KB	表示
CIF形式データ	8rlq_validation.cif.gz	24.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rl/8rlq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rl/8rlq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8rloC 8rlpC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (1) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

29.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.123, 41.559, 71.840
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.103, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II / Cyanamide ...Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II / Cyanamide hydratase CA2 分子量: 29233.855 Da / 分子数: 1 変異: A65S, V67K, E69V, I91T, F130A, G131S, V134S, L203N, C205V 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase, cyanamide hydratase
#2: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-A1H11 / Veralipride, (R)- / 2,3-dimethoxy-N-[[(2R)-1-prop-2-enylpyrrolidin-2-yl]methyl]-5-sulfamoyl-benzamide / Veralipride 分子量: 383.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₅N₃O₅S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.04 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 2.8 M ammonium sulfate, 100 mM Tris, pH 8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.87313 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.87313 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→40.89 Å / Num. obs: 37695 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 5 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.084 / R_rim(I) all: 0.093 / Net I/σ(I): 10.6
反射シェル	解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.616 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 1783 / CC_1/2: 0.822 / R_rim(I) all: 0.7 / % possible all: 93.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.5→40.89 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.96 / SU B: 1.405 / SU ML: 0.052 / 交差検証法: NONE / ESU R: 0.08 / ESU R Free: 0.079 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1922	1958	5.199 %
R_work	0.1656	35703	-
all	0.167	-	-
obs	-	37661	96.865 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.827 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.506 Å²	-0 Å²	-0.521 Å²
2-	-	0.757 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.009 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→40.89 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2055	0	35	232	2322

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	2371
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2135
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.793	1.642	3247
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.463	1.619	5012
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.319	5	299
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.782	23.913	115
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.256	15	398
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.693	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	291
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	2809
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	487
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.24	0.2	491
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.212	0.2	1963
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.171	0.2	1047
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	935
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.167	0.2	172
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.092	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.327	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.197	0.2	57
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.234	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.632	1.557	1136
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.621	1.554	1135
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.419	2.333	1454
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.423	2.337	1453
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.596	1.838	1235
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.595	1.839	1236
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.89	2.637	1792
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.889	2.638	1793
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.133	18.975	2656
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.132	18.977	2657

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.539	0.266	125	0.274	2536	X-RAY DIFFRACTION	93.1723
1.539-1.581	0.227	119	0.239	2527	X-RAY DIFFRACTION	95.6616
1.581-1.627	0.241	125	0.201	2480	X-RAY DIFFRACTION	95.9838
1.627-1.677	0.212	120	0.189	2430	X-RAY DIFFRACTION	96.6641
1.677-1.732	0.226	120	0.172	2381	X-RAY DIFFRACTION	97.391
1.732-1.793	0.213	146	0.17	2253	X-RAY DIFFRACTION	97.1648
1.793-1.86	0.189	135	0.158	2149	X-RAY DIFFRACTION	96.8617
1.86-1.936	0.195	103	0.162	2108	X-RAY DIFFRACTION	96.5924
1.936-2.022	0.193	114	0.153	2022	X-RAY DIFFRACTION	96.1729
2.022-2.121	0.202	121	0.168	1938	X-RAY DIFFRACTION	97.7683
2.121-2.235	0.184	122	0.159	1839	X-RAY DIFFRACTION	98.001
2.235-2.371	0.155	98	0.145	1770	X-RAY DIFFRACTION	98.4713
2.371-2.534	0.19	93	0.141	1662	X-RAY DIFFRACTION	98.5401
2.534-2.737	0.177	100	0.147	1549	X-RAY DIFFRACTION	98.3304
2.737-2.998	0.202	92	0.154	1416	X-RAY DIFFRACTION	97.7317
2.998-3.351	0.172	66	0.15	1294	X-RAY DIFFRACTION	97.9827
3.351-3.868	0.168	47	0.148	1161	X-RAY DIFFRACTION	96.4086
3.868-4.734	0.157	58	0.15	958	X-RAY DIFFRACTION	97.5048
4.734-6.679	0.237	28	0.202	798	X-RAY DIFFRACTION	99.0408
6.679-40.89	0.259	25	0.233	432	X-RAY DIFFRACTION	95.6067

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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