PDB-8rlo: Human Carbonic Anhydrase I in complex with veralipride

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8rlo

タイトル

Human Carbonic Anhydrase I in complex with veralipride

要素

Carbonic anhydrase 1

キーワード

LYASE / carbonic anhydrase I / sulfonamide / veralipride / inhibitor / metalloenzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

hydro-lyase activity / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / Reversible hydration of carbon dioxide / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Angeli, A. / Ferraroni, M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Human Carbonic Anhydrase I in complex with veralipride
著者: Angeli, A. / Ferraroni, M.

履歴

登録	2024年1月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2025年1月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8rlo.cif.gz	218.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8rlo.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8rlo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rl/8rlo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rl/8rlo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#128 - 2010年8月インターフェロン (Interferons) 類似性 (1) #94 - 2007年10月スーパーオキシドジスムターゼ (Superoxide Dismutase) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Carbonic anhydrase 1

BBB: Carbonic anhydrase 1

ヘテロ分子

58.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Carbonic anhydrase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
29.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

BBB: Carbonic anhydrase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
29.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.140, 71.250, 121.160
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 1 / Carbonate dehydratase I / Carbonic anhydrase B / CAB / Carbonic anhydrase I / CA-I 分子量: 28906.186 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00915, carbonic anhydrase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-A1H1P / Veralipride, (S)- / 2,3-dimethoxy-N-[[(2S)-1-prop-2-enylpyrrolidin-2-yl]methyl]-5-sulfamoyl-benzamide / Veralipride 分子量: 383.463 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₅N₃O₅S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 296 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.82 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: 28-31% PEG4000, 0.2 M sodium acetate, 0.1 M Tris pH 9.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 0.9717 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9717 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→46.19 Å / Num. obs: 80418 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.4 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.08 / R_rim(I) all: 0.084 / Net I/σ(I): 16.03
反射シェル	解像度: 1.55→1.59 Å / 冗長度: 12.7 % / R_merge(I) obs: 1.386 / Mean I/σ(I) obs: 2.21 / Num. unique obs: 5894 / CC_1/2: 0.851 / R_rim(I) all: 1.338 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.55→46.19 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.974 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.96 / SU B: 8.338 / SU ML: 0.113 / 交差検証法: NONE / ESU R: 0.091 / ESU R Free: 0.082 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2182	4095	5.092 %
R_work	0.1686	76323	-
all	0.171	-	-
obs	-	80418	99.938 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.202 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.748 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	7.125 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-3.378 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→46.19 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4016	0	54	296	4366

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	4201
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.007	0.017	3689
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.817	1.636	5727
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.481	1.591	8625
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.876	5	517
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.236	23.738	206
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.057	15	656
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.886	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.1	0.2	538
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	4812
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	860
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.213	0.2	763
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.202	0.2	3453
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.169	0.2	1964
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	1782
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.146	0.2	247
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.119	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.173	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.238	0.2	57
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.219	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.237	2.885	2056
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.238	2.885	2055
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.834	4.353	2570
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.825	4.354	2569
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.166	3.245	2145
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.167	3.245	2146
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.981	4.715	3154
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.98	4.716	3155
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.687	34.433	4570
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.686	34.443	4571
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	13.557	3	7890

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.55-1.587	0.337	313	0.309	5571	X-RAY DIFFRACTION	99.8812
1.587-1.631	0.338	319	0.287	5382	X-RAY DIFFRACTION	99.8774
1.631-1.678	0.303	292	0.253	5269	X-RAY DIFFRACTION	100
1.678-1.729	0.289	276	0.237	5162	X-RAY DIFFRACTION	99.9632
1.729-1.786	0.263	278	0.223	4975	X-RAY DIFFRACTION	99.981
1.786-1.849	0.268	239	0.2	4841	X-RAY DIFFRACTION	99.941
1.849-1.918	0.232	256	0.178	4651	X-RAY DIFFRACTION	99.9389
1.918-1.997	0.255	223	0.173	4509	X-RAY DIFFRACTION	99.9789
1.997-2.085	0.236	236	0.165	4329	X-RAY DIFFRACTION	100
2.085-2.187	0.226	228	0.164	4121	X-RAY DIFFRACTION	99.977
2.187-2.305	0.231	205	0.167	3958	X-RAY DIFFRACTION	99.904
2.305-2.445	0.194	201	0.145	3739	X-RAY DIFFRACTION	99.9493
2.445-2.613	0.215	188	0.147	3508	X-RAY DIFFRACTION	99.9459
2.613-2.822	0.195	160	0.138	3307	X-RAY DIFFRACTION	99.7985
2.822-3.091	0.231	154	0.154	3031	X-RAY DIFFRACTION	99.9686
3.091-3.455	0.225	143	0.179	2763	X-RAY DIFFRACTION	99.8969
3.455-3.987	0.2	126	0.167	2473	X-RAY DIFFRACTION	99.9615
3.987-4.878	0.173	114	0.135	2093	X-RAY DIFFRACTION	100
4.878-6.877	0.18	86	0.151	1661	X-RAY DIFFRACTION	100
6.877-46.19	0.174	58	0.171	980	X-RAY DIFFRACTION	99.5206

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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