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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8rjj | |||||||||
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タイトル | HCV E1/E2 homodimer complex | |||||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN / Hepatitis C virus S52 E1 E2 Homodimer Structure | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / transformation of host cell by virus / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / lipid droplet / channel activity ...host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / transformation of host cell by virus / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / lipid droplet / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / viral nucleocapsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / ribonucleoprotein complex / induction by virus of host autophagy / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell nucleus / virion attachment to host cell / apoptotic process / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Hepacivirus hominis (ウイルス) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.55 Å | |||||||||
データ登録者 | Augestad, E.H. / Olesen, C.H. / Groenberg, C. / Soerensen, A. / Velazquez-Moctezuma, R. / Fanalista, M. / Bukh, J. / Wang, K. / Gourdon, P. / Prentoe, J. | |||||||||
資金援助 | デンマーク, 2件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2024 タイトル: The hepatitis C virus envelope protein complex is a dimer of heterodimers. 著者: Elias Honerød Augestad / Christina Holmboe Olesen / Christina Grønberg / Andreas Soerensen / Rodrigo Velázquez-Moctezuma / Margherita Fanalista / Jens Bukh / Kaituo Wang / Pontus Gourdon / Jannick Prentoe / 要旨: Fifty-eight million individuals worldwide are affected by chronic hepatitis C virus (HCV) infection, a primary driver of liver cancer for which no vaccine is available. The HCV envelope proteins E1 ...Fifty-eight million individuals worldwide are affected by chronic hepatitis C virus (HCV) infection, a primary driver of liver cancer for which no vaccine is available. The HCV envelope proteins E1 and E2 form a heterodimer (E1/E2), which is the target for neutralizing antibodies. However, the higher-order organization of these E1/E2 heterodimers, as well as that of any Hepacivirus envelope protein complex, remains unknown. Here we determined the cryo-electron microscopy structure of two E1/E2 heterodimers in a homodimeric arrangement. We reveal how the homodimer is established at the molecular level and provide insights into neutralizing antibody evasion and membrane fusion by HCV, as orchestrated by E2 motifs such as hypervariable region 1 and antigenic site 412, as well as the organization of the transmembrane helices, including two internal to E1. This study addresses long-standing questions on the higher-order oligomeric arrangement of Hepacivirus envelope proteins and provides a critical framework in the design of novel HCV vaccine antigens. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8rjj.cif.gz | 206.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8rjj.ent.gz | 165.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8rjj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8rjj_validation.pdf.gz | 2.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8rjj_full_validation.pdf.gz | 2.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8rjj_validation.xml.gz | 36.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8rjj_validation.cif.gz | 50.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rj/8rjj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rj/8rjj | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 19243MC 8rk0C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20681.846 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hepacivirus hominis (ウイルス) / 遺伝子: E1 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q81424 #2: タンパク質 | 分子量: 41050.758 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hepacivirus hominis (ウイルス) / 株: S52 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A9YFN8 #3: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #4: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #5: 糖 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: HCV S52 E1E2 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.2 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Hepacivirus hominis (ウイルス) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293 |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: BASIC |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 13555 |
画像スキャン | 横: 4092 / 縦: 5760 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.55 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 105033 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 100 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model | ||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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