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万見
- PDB-8rij: Discovery of the first orally bioavailable ADAMTS7 inhibitor BAY-9835 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rij
タイトルDiscovery of the first orally bioavailable ADAMTS7 inhibitor BAY-9835
要素Macrophage metalloelastase
キーワードHYDROLASE / MATRIX METALLOPROTEINASE / MMP12 / METALLO ELASTASE / EXTRACELLULAR MATRIX / METAL-BINDING / METALLOPROTEASE
機能・相同性
機能・相同性情報


macrophage elastase / negative regulation of endothelial cell-matrix adhesion via fibronectin / bronchiole development / positive regulation of epithelial cell proliferation involved in wound healing / elastin catabolic process / regulation of defense response to virus by host / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / wound healing, spreading of epidermal cells / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / lung alveolus development ...macrophage elastase / negative regulation of endothelial cell-matrix adhesion via fibronectin / bronchiole development / positive regulation of epithelial cell proliferation involved in wound healing / elastin catabolic process / regulation of defense response to virus by host / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / wound healing, spreading of epidermal cells / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / lung alveolus development / response to amyloid-beta / Collagen degradation / positive regulation of interferon-alpha production / collagen catabolic process / extracellular matrix disassembly / core promoter sequence-specific DNA binding / collagen binding / Degradation of the extracellular matrix / extracellular matrix organization / extracellular matrix / metalloendopeptidase activity / cellular response to virus / protein import into nucleus / endopeptidase activity / sequence-specific DNA binding / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / proteolysis / extracellular space / extracellular region / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Hemopexin, conserved site / Hemopexin domain signature. / Hemopexin-like domain / Peptidoglycan binding-like / Peptidase M10A, cysteine switch, zinc binding site / Matrixins cysteine switch. / Hemopexin-like repeats / Hemopexin-like domain superfamily / Hemopexin / Putative peptidoglycan binding domain ...Hemopexin, conserved site / Hemopexin domain signature. / Hemopexin-like domain / Peptidoglycan binding-like / Peptidase M10A, cysteine switch, zinc binding site / Matrixins cysteine switch. / Hemopexin-like repeats / Hemopexin-like domain superfamily / Hemopexin / Putative peptidoglycan binding domain / Hemopexin repeat profile. / Hemopexin-like repeats. / Peptidase M10A / Peptidase M10A, catalytic domain / Peptidase M10, metallopeptidase / Matrixin / PGBD-like superfamily / Peptidase, metallopeptidase / Zinc-dependent metalloprotease / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Macrophage metalloelastase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.96 Å
データ登録者Schafer, M. / Meibom, D. / Wasnaire, P. / Beyer, K. / Broehl, A. / Cancho-Grande, Y. / Elowe, N. / Henninger, K. / Johannes, S. / Jungmann, N. ...Schafer, M. / Meibom, D. / Wasnaire, P. / Beyer, K. / Broehl, A. / Cancho-Grande, Y. / Elowe, N. / Henninger, K. / Johannes, S. / Jungmann, N. / Krainz, T. / Lindner, N. / Maassen, S. / MacDonald, B. / Menshykau, D. / Mittendorf, J. / Sanchez, G. / Stefan, E. / Torge, A. / Xing, Y. / Zubov, D.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: BAY-9835: Discovery of the First Orally Bioavailable ADAMTS7 Inhibitor.
著者: Meibom, D. / Wasnaire, P. / Beyer, K. / Broehl, A. / Cancho-Grande, Y. / Elowe, N. / Henninger, K. / Johannes, S. / Jungmann, N. / Krainz, T. / Lindner, N. / Maassen, S. / MacDonald, B. / ...著者: Meibom, D. / Wasnaire, P. / Beyer, K. / Broehl, A. / Cancho-Grande, Y. / Elowe, N. / Henninger, K. / Johannes, S. / Jungmann, N. / Krainz, T. / Lindner, N. / Maassen, S. / MacDonald, B. / Menshykau, D. / Mittendorf, J. / Sanchez, G. / Schaefer, M. / Stefan, E. / Torge, A. / Xing, Y. / Zubov, D.
履歴
登録2023年12月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Macrophage metalloelastase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,2359
ポリマ－17,4841
非ポリマー7518
水2,270126
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area630 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area8050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.245, 62.986, 59.477
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Macrophage metalloelastase / MME / Macrophage elastase / hME / Matrix metalloproteinase-12 / MMP-12


分子量: 17484.475 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MMP12, HME / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P39900, macrophage elastase

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非ポリマー , 6種, 134分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-A1H07 / ~{N}-[[(4~{R})-4-cyclopropyl-2,5-bis(oxidanylidene)imidazolidin-4-yl]methyl]-2-(3-fluorophenyl)-1,2,3-triazole-4-carboxamide


分子量: 358.327 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H15FN6O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: not known

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.96→43.24 Å / Num. obs: 12419 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.48 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rrim(I) all: 0.098 / Net I/σ(I): 12.59
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) allDiffraction-ID
1.96-2.210.44537010.8970.5051
2.21-2.440.23921650.9530.2711
2.44-2.80.13221730.9860.1491
2.8-3.410.06619230.9960.0751
3.41-4.320.04412160.9970.051
4.32-5.560.0386410.9980.0431
5.56-8.110.0383950.9970.0441
8.11-12.980.0311500.9990.0361
12.98-43.240.028550.9990.0331

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.8.0155精密化
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.96→43.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 6.662 / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.174 / ESU R Free: 0.157 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21904 1239 10 %RANDOM
Rwork0.17279 ---
obs0.17736 11180 99.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.522 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.15 Å20 Å2-0 Å2
2---0.23 Å20 Å2
3---0.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.96→43.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1238 0 39 126 1403
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0191304
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.021144
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5051.9491773
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.32732623
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9255157
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.89123.60761
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg9.36615180
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.7155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2180
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.021505
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0090.02324
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.882.147630
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.8462.14629
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.6243.611786
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.6283.615787
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.1332.563674
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.132.564674
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.2394.153985
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.73921.0481501
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.67520.4031470
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.96→2.011 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.284 116 -
Rwork0.247 810 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -9.442 Å / Origin y: 13.596 Å / Origin z: 12.727 Å
111213212223313233
T0.0986 Å20.016 Å20.0133 Å2-0.0671 Å2-0.0127 Å2--0.0256 Å2
L1.795 °20.52 °20.3277 °2-2.7219 °20.1252 °2--2.0634 °2
S0.0258 Å °-0.2867 Å °0.1315 Å °0.2303 Å °-0.0138 Å °0.2324 Å °-0.0592 Å °-0.2447 Å °-0.012 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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