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- PDB-8rh6: Crystal structure of HLA-A*11:01 in complex with SVLNDILSRL, an 1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rh6
タイトルCrystal structure of HLA-A*11:01 in complex with SVLNDILSRL, an 10-mer epitope from SARS-CoV-2 Spike (S975-984)
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • HLA class I histocompatibility antigen
  • Spike protein S2'
キーワードIMMUNE SYSTEM / human leukocyte antigen / major histocompatibility complex / HLA-A11 / HLA-A*11:01 / SARS-CoV-2 / Spike
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane ...positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / peptide antigen binding / negative regulation of epithelial cell proliferation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / Modulation by Mtb of host immune system / sensory perception of smell / positive regulation of T cell activation / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / early endosome membrane / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / amyloid fibril formation / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / learning or memory / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / focal adhesion / signaling receptor binding / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / Neutrophil degranulation / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. ...MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Spike glycoprotein / Beta-2-microglobulin / HLA class I histocompatibility antigen A alpha chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.32 Å
データ登録者Ahn, Y.M. / Maddumage, J.C. / Szeto, C. / Gras, S.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia) オーストラリア
引用ジャーナル: Curr Res Struct Biol / 年: 2024
タイトル: The impact of SARS-CoV-2 spike mutation on peptide presentation is HLA allomorph-specific.
著者: Ahn, Y.M. / Maddumage, J.C. / Grant, E.J. / Chatzileontiadou, D.S.M. / Perera, W.W.J.G. / Baker, B.M. / Szeto, C. / Gras, S.
履歴
登録2023年12月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen
B: Beta-2-microglobulin
C: HLA class I histocompatibility antigen
D: Beta-2-microglobulin
E: HLA class I histocompatibility antigen
F: Beta-2-microglobulin
I: Spike protein S2'
H: Spike protein S2'
G: Spike protein S2'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)162,15411
ポリマ－161,9869
非ポリマー1682
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)84.850, 84.850, 311.296
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Space group name HallP312"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: x-y,-y,-z+2/3
#5: -x,-x+y,-z+1/3
#6: y,x,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 1 through 10 or resid 12...
d_2ens_1(chain "C" and (resid 1 through 10 or resid 12...
d_3ens_1(chain "E" and (resid 1 through 10 or resid 12...
d_1ens_2(chain "B" and (resid 1 through 19 or resid 21...
d_2ens_2(chain "D" and (resid 1 through 19 or resid 21...
d_3ens_2(chain "F" and (resid 1 through 19 or resid 21...
d_1ens_3chain "G"
d_2ens_3chain "H"
d_3ens_3chain "I"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11ens_1GLYGLYTHRTHRAA1 - 1025 - 34
d_12ens_1VALVALPROPROAA12 - 4736 - 71
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d_14ens_1ASNASNVALVALAA66 - 6790 - 91
d_15ens_1ALAALAGLNGLNAA69 - 8793 - 111
d_16ens_1GLUGLUTRPTRPAA89 - 133113 - 157
d_17ens_1ALAALATHRTHRAA135 - 271159 - 295
d_18ens_1ARGARGGLUGLUAA273 - 275297 - 299
d_21ens_1GLYGLYTHRTHRCC1 - 1025 - 34
d_22ens_1VALVALPROPROCC12 - 4736 - 71
d_23ens_1ALAALATHRTHRCC49 - 6473 - 88
d_24ens_1ASNASNVALVALCC66 - 6790 - 91
d_25ens_1ALAALAGLNGLNCC69 - 8793 - 111
d_26ens_1GLUGLUTRPTRPCC89 - 133113 - 157
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d_31ens_1GLYGLYTHRTHREE1 - 1025 - 34
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d_12ens_2ASNASNTYRTYRBB21 - 2622 - 27
d_13ens_2SERSERGLUGLUBB28 - 4429 - 45
d_14ens_2ILEILELEULEUBB46 - 8747 - 88
d_15ens_2GLNGLNASPASPBB89 - 9890 - 99
d_21ens_2ILEILELYSLYSDD1 - 192 - 20
d_22ens_2ASNASNTYRTYRDD21 - 2622 - 27
d_23ens_2SERSERGLUGLUDD28 - 4429 - 45
d_24ens_2ILEILELEULEUDD46 - 8747 - 88
d_25ens_2GLNGLNASPASPDD89 - 9890 - 99
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d_11ens_3SERSERLEULEUGI1 - 101 - 10
d_21ens_3SERSERLEULEUHH1 - 101 - 10
d_31ens_3SERSERLEULEUIG1 - 101 - 10

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2
ens_3

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.514796180022, 0.857218761158, -0.012684185153), (-0.857196997288, -0.51442746241, 0.0240352607266), (0.0140783832432, 0.0232461058341, 0.999630640631)-41.566369923, 83.5219849647, -1.27373864975
2given(-0.493478889161, -0.869078102636, 0.0343778630815), (0.869445479939, -0.491857104698, 0.0462725185416), (-0.0233054364173, 0.0527241887148, 0.998337125703)51.5837699281, 78.7204313625, -0.435766686203
3given(-0.520690164884, 0.852669097191, -0.0428621381776), (-0.853405250044, -0.518408436295, 0.0543338971144), (0.0241087409705, 0.0648698995962, 0.997602458264)-41.6833511361, 84.5443192675, -2.97260205105
4given(-0.50569362948, -0.861992781623, 0.0352476599573), (0.862482818504, -0.504192475967, 0.0437416845054), (-0.0199334113538, 0.0525203923028, 0.998420886953)51.663202676, 79.1167350689, -0.220113492461
5given(-0.522566184003, 0.852598462027, -0.000667746792884), (-0.852476155129, -0.522477620833, 0.0173649262961), (0.0144564266976, 0.00964356148866, 0.999848995323)-41.1228130071, 83.9162327131, -0.806469647594
6given(-0.487949541936, -0.872484117287, 0.0260136427103), (0.872660192557, -0.486958291782, 0.0365487399372), (-0.0192206360848, 0.0405350113674, 0.998993233211)51.2416807257, 78.3330831768, -0.0688390813959

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要素

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen / HLA class I histocompatibility antigen A alpha chain / MHC class I antigen / MHC class I protein / ...HLA class I histocompatibility antigen A alpha chain / MHC class I antigen / MHC class I protein / MHC class I protein (HLA-A)


分子量: 40985.727 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-A, HLA, HLA-A11
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q5S3G3
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 3 / Fragment: UNP residues 21-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド Spike protein S2'


分子量: 1130.317 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
参照: UniProt: P0DTC2
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 25% PEG3350, 0.2M NaCl and 0.1M Tris HCl pH8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.953732 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953732 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.32→47.5 Å / Num. obs: 20087 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 71.74 Å2 / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.215 / Rpim(I) all: 0.119 / Rrim(I) all: 0.248 / Net I/σ(I): 5.9
反射 シェル解像度: 3.32→3.59 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.877 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 4051 / CC1/2: 0.553 / Rpim(I) all: 0.495 / Rrim(I) all: 1.014 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21rc1_5127精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.32→47.5 Å / SU ML: 0.4841 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.7599
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2514 971 4.85 %
Rwork0.2212 19051 -
obs0.2228 20022 99.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 71.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.32→47.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9451 0 11 0 9462
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00139790
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.408713290
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03831360
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00331758
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.51053666
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.975667299124
ens_1d_3AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.11629562993
ens_2d_2BBX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.606910923532
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ens_3d_2IGX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.863192707405
ens_3d_3IGX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.383903450021
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.32-3.50.36671360.31072652X-RAY DIFFRACTION99.22
3.5-3.710.31851380.26462682X-RAY DIFFRACTION99.75
3.71-40.2921300.24182686X-RAY DIFFRACTION99.68
4-4.40.22911400.22452681X-RAY DIFFRACTION99.93
4.4-5.040.23251390.19122719X-RAY DIFFRACTION99.72
5.04-6.350.25281350.21812753X-RAY DIFFRACTION99.86
6.35-47.50.20561530.18392878X-RAY DIFFRACTION98.41
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 3.10984833855 Å / Origin y: 53.4704841872 Å / Origin z: -26.6287429168 Å
111213212223313233
T0.508473681385 Å20.0837943814809 Å20.0101177459772 Å2-0.559839692521 Å2-0.0315978623605 Å2--0.567908591425 Å2
L0.100737210408 °20.196268691195 °2-0.0535107314662 °2-0.175260388509 °2-0.0145781818665 °2--0.0823593667051 °2
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精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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