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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8rfy | |||||||||
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タイトル | High pH (8.0) as-isolated MSOX movie series dataset 30 of the copper nitrite reductase from Bradyrhizobium sp. ORS375 (two-domain) [12.3 MGy] | |||||||||
![]() | Copper-containing nitrite reductase | |||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Copper nitrite reductase / Copper-containing nitrite reductase / Br2DNiR / high pH / as-isolated / resting state / MSOX | |||||||||
機能・相同性 | ![]() denitrification pathway / nitrite reductase (NO-forming) / nitrite reductase (NO-forming) activity / nitrate assimilation / periplasmic space / copper ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Rose, S.L. / Ferroni, F.M. / Antonyuk, S.V. / Eady, R.R. / Hasnain, S.S. | |||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Spectroscopically Validated pH-dependent MSOX Movies Provide Detailed Mechanism of Copper Nitrite Reductases. 著者: Rose, S.L. / Ferroni, F.M. / Horrell, S. / Brondino, C.D. / Eady, R.R. / Jaho, S. / Hough, M.A. / Owen, R.L. / Antonyuk, S.V. / Hasnain, S.S. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 94 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 69.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8r8sC ![]() 8rflC ![]() 8rfoC ![]() 8rfpC ![]() 8rfqC ![]() 8rfrC ![]() 8rfsC ![]() 8rftC ![]() 8rfuC ![]() 8rfvC ![]() 8rfwC ![]() 8rfxC ![]() 8rg8C ![]() 8rg9C ![]() 8rgbC ![]() 8rgcC ![]() 8rgdC ![]() 8ru9C ![]() 8rurC ![]() 8ryjC ![]() 8ryrC ![]() 8ryuC ![]() 8ryvC ![]() 8s0wC ![]() 8s2qC ![]() 8s5xC ![]() 8s5yC ![]() 8s63C ![]() 8s64C ![]() 8s68C ![]() 8s69C ![]() 9evmC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 38144.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: nirK / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 多糖 | beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose |
-非ポリマー , 4種, 294分子 ![](data/chem/img/CU.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/EPE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/EPE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / #5: 化合物 | ChemComp-EPE / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.83 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.05 M HEPES pH 5.5, 1.8 M Ammonium Sulphate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.775 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.79→43.94 Å / Num. obs: 39378 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 30.18 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rpim(I) all: 0.061 / Net I/σ(I): 7.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.79→1.83 Å / 冗長度: 6.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 2325 / CC1/2: 0.364 / Rpim(I) all: 0.622 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.04 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.79→35 Å
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拘束条件 |
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