PDB-8rem: CTX-M-14 measured via serial crystallography from a kapton HARE-c...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8rem

タイトル

CTX-M-14 measured via serial crystallography from a kapton HARE-chip (50 micron)

要素

Beta-lactamase

キーワード

HYDROLASE / Lysozyme / enzyme / muramidase

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.63 Å

データ登録者

Bosman, R. / Prester, A. / von Soosten, L. / Dibenedetto, S. / Bartels, K. / Sung, S. / von Stetten, D. / Mehrabi, P. / Schulz, E.C.

資金援助

ドイツ, 3件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Kapton-based HARE chips for fixed-target serial crystallography
著者: Bosman, R. / Prester, A. / von Soosten, L. / Dibenedetto, S. / Bartels, K. / Sung, S. / von Stetten, D. / Mehrabi, P. / Blatter, G. / Lu, G. / Bernhard, S. / Osbild, M. / Schulz, E.C.

履歴

登録	2023年12月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年12月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8rem.cif.gz	145.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8rem.ent.gz	93.7 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8rem_validation.pdf.gz	432.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8rem_full_validation.pdf.gz	432.6 KB	表示
XML形式データ	8rem_validation.xml.gz	14.4 KB	表示
CIF形式データ	8rem_validation.cif.gz	19.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/re/8rem ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/re/8rem	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8regC 8rehC 8reiC 8rs1C 8rs2C 8rs3C 8rsdC 8rseC 8rsfC 8rsgC 8rshC 8rsxC 8rsyC 8rszC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (1) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (5) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (3) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Beta-lactamase

ヘテロ分子

27.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.150, 42.150, 234.200
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21
Space group name Hall	P3₂2"
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

#1: タンパク質	Beta-lactamase 分子量: 27771.314 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: ctx-m-14 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D2D9A0, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.35 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: batch mode 詳細: CTX-M-14 solution (22 mg/ml) was mixed with 45% precipitant solution (40% PEG8000, 200mM lithium sulfate, 100mM sodium acetate, pH 4.5) and with 5% undiluted seed stock in batch

-
データ収集

回折	平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.976 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.63→78.07 Å / Num. obs: 31622 / % possible obs: 99.99 % / 冗長度: 337.1 % / B_iso Wilson estimate: 20.71 Å² / CC_1/2: 0.983 / CC star: 0.996 / R split: 0.0979 / Net I/σ(I): 7.52
反射シェル	解像度: 1.63→1.68 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 2673 / CC_1/2: 0.686 / CC star: 0.902 / R split: 0.727 / % possible all: 99.93
Serial crystallography sample delivery	手法: fixed target

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
CrystFEL	0.10.2	データ削減
CrystFEL	0.10.2	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.63→78.07 Å / SU ML: 0.1576 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 18.7888
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1825	1552	4.94 %
R_work	0.1555	29860	-
obs	0.1568	31412	99.18 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.41 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.63→78.07 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1941	0	5	165	2111

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0106	2142
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0792	2941
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0647	343
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0099	396
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.6615	808

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.63-1.68	0.3422	96	0.2848	2499	X-RAY DIFFRACTION	92.22
1.68-1.74	0.2951	118	0.2236	2689	X-RAY DIFFRACTION	99.54
1.74-1.81	0.252	166	0.2167	2605	X-RAY DIFFRACTION	99.71
1.81-1.89	0.2484	152	0.2009	2683	X-RAY DIFFRACTION	99.75
1.89-1.99	0.182	135	0.1552	2721	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.99-2.12	0.1602	165	0.1479	2670	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.12-2.28	0.1631	143	0.148	2707	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.28-2.51	0.1695	147	0.1595	2725	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.51-2.87	0.1886	107	0.1594	2780	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.87-3.62	0.1938	160	0.1503	2795	X-RAY DIFFRACTION	100
3.62-78.07	0.1537	163	0.1289	2986	X-RAY DIFFRACTION	99.94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.17341768864	-2.34284235067	-1.42334064021	4.31646780937	0.825102219362	2.33257533023	-0.143402996813	0.241744120773	-0.0873678843669	-0.230123422438	0.0278146797776	0.343115520902	0.0664075459759	-0.94265198845	0.126742927724	0.160683761799	-0.00168218352874	-0.0341075144228	0.300220355079	0.0092481171861	0.156355279433	-12.6099216339	-11.1279191711	7.17458281373
2	0.188990265482	-0.107936246471	0.128131361487	2.73695685888	0.695706308531	1.53447404629	-0.0198387027973	-0.0232272448636	0.0429870937682	-0.0419702384479	-0.104129369937	0.249084450295	-0.222980066731	-0.609345306899	0.0451075698255	0.170222744292	0.0625232153346	-0.00017984977772	0.242553374906	0.000281497103685	0.18284344487	-11.2256662805	-0.742209044801	22.1424125612
3	3.13936457931	-1.95368287207	-3.44053840006	2.71745950905	1.54190996853	4.99943093135	-0.138807429276	-0.743977955783	0.569627864319	0.16940981933	0.265799658721	-0.200012124168	-0.927244039369	0.160767952249	-0.147057692052	0.571609201401	-0.002128401172	0.00513857270541	0.25084315079	-0.023207984059	0.2676855949	2.4275550753	16.0458032972	34.4436598695
4	0.206393002149	0.0649116523649	0.378797535104	1.5777624781	0.353036285204	2.88875041818	-0.0574317214731	-0.0218151528237	0.125409609474	-0.122793869058	0.113653520965	-0.186596771377	-0.743892649475	0.101534064973	-0.00637141583485	0.299514980422	-0.0228273139266	0.0291805474897	0.110627353657	-0.00615084414	0.19610115602	2.92135110327	8.7870250273	27.4822620773
5	2.88783136513	-2.04165778287	0.40848351239	3.83204312212	1.52520301382	3.9664305391	0.161935256412	-0.0279576925085	-0.305302692797	0.10447765187	-0.0081388799807	-0.0270163945101	0.156005965138	-0.111019426816	-0.12737449369	0.135853626949	-0.00160645455015	-0.0268609474134	0.0851749790032	0.0188038138581	0.150466118261	-1.28501788334	-7.57894585001	27.4315346477
6	2.21085512024	-3.82980659807	0.41603993453	7.58194730266	-0.84427512898	1.20019203127	-0.0248905345382	0.0452493435944	-0.0921104965393	-0.0876394175384	-0.0905121237419	0.365781111792	-0.0960573820931	-0.774544502617	0.0418390687825	0.149080356807	0.0744418084933	-0.020218114844	0.348485471858	-0.0171623882557	0.192829376065	-15.1176979507	-1.07595223663	22.1998162415
7	0.805582103788	-0.270409561752	0.339899598782	1.65703527122	0.731389255196	1.50739833468	-0.0529866418881	0.0226834379617	0.173625171868	-0.498311844434	0.0342366022224	0.0913388376606	-0.882425275356	-0.329559497824	0.0644788389863	0.471696802269	0.201169289235	-0.0394327814798	0.170243309927	0.0380590237413	0.182269943199	-9.07643228268	7.10122149455	15.4128826993
8	5.81946430548	-1.86523165972	1.60071785875	2.43953341966	-1.08650903619	1.12323868482	-0.134084119973	0.398804562323	0.302373835837	-0.41505115527	-0.200565629399	0.214355037893	-0.73098649007	-0.726829979152	-0.185368763607	0.380747662777	0.282937457867	-0.113891401434	0.36898120335	0.0043974848241	0.251955652561	-13.4208009896	0.246618072664	11.7105555176
9	7.97623860999	-4.15729201063	3.25114983077	6.25599135804	-1.46238819205	6.73767183097	0.0360521453372	0.344373488316	0.150706646011	-0.301896550639	-0.0943693675045	-0.396294691261	-0.140588817071	0.165424149526	0.0671415782897	0.205032913704	0.0190662747925	0.0307839374706	0.150194707792	-0.0171419082961	0.141281708562	-1.68901574826	-7.19368129091	7.49331772676

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 28 through 51 )	28 - 51	1 - 24
2	2	chain 'A' and (resid 52 through 85 )	52 - 85	25 - 58
3	3	chain 'A' and (resid 86 through 101 )	86 - 101	59 - 74
4	4	chain 'A' and (resid 102 through 155 )	102 - 155	75 - 128
5	5	chain 'A' and (resid 156 through 179 )	156 - 179	129 - 152
6	6	chain 'A' and (resid 180 through 194 )	180 - 194	153 - 167
7	7	chain 'A' and (resid 195 through 250 )	195 - 250	168 - 223
8	8	chain 'A' and (resid 251 through 264 )	251 - 264	224 - 237
9	9	chain 'A' and (resid 265 through 287 )	265 - 287	238 - 260

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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万見 (Yorodumi)