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- PDB-8rei: CTX-M-14 measured via serial crystallography from a silicon HARE-chip. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rei
タイトルCTX-M-14 measured via serial crystallography from a silicon HARE-chip.
要素Beta-lactamase
キーワードHYDROLASE / Lysozyme / enzyme / muramidase
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-A active site / Beta-lactamase class-A active site. / Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase/transpeptidase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.62 Å
データ登録者Bosman, R. / Prester, A. / von Soosten, L. / Dibenedetto, S. / Bartels, K. / Sung, S. / von Stetten, D. / Mehrabi, P. / Schulz, E.C.
資金援助 ドイツ, 3件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)458246365 ドイツ
German Research Foundation (DFG)451079909 ドイツ
German Federal Ministry for Economic Affairs and Energy01KI2114 ドイツ
引用ジャーナル: Cell Rep Phys Sci / 年: 2024
タイトル: A systematic comparison of Kapton-based HARE chips for fixed-target serial crystallography
著者: Bosman, R. / Prester, A. / Sung, S. / von Soosten, L. / Dibenedetto, S. / Bartels, K. / von Stetten, D. / Mehrabi, P. / Blatter, M. / Lu, G. / Suer, B. / Wilmanns, M. / Osbild, M. / Schulz, E.C.
履歴
登録2023年12月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年7月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8672
ポリマ－27,7711
非ポリマー961
水2,972165
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area230 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area10650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.150, 42.150, 234.200
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z

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要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase


分子量: 27771.314 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: ctx-m-14 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D2D9A0, beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.12 %
結晶化温度: 293 K / 手法: batch mode / pH: 4.5
詳細: CTX-M-14 solution (22 mg/ml) was mixed with 45% precipitant solution (40% PEG8000, 200mM lithium sulfate, 100mM sodium acetate, pH 4.5) and with 5% undiluted seed stock in batch ...詳細: CTX-M-14 solution (22 mg/ml) was mixed with 45% precipitant solution (40% PEG8000, 200mM lithium sulfate, 100mM sodium acetate, pH 4.5) and with 5% undiluted seed stock in batch crystallization setups Matthews Coefficient: 2.07 Percentage Solvent: 40.54

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.62→78.07 Å / Num. obs: 31752 / % possible obs: 95.05 % / 冗長度: 422.6 % / Biso Wilson estimate: 20.83 Å2 / CC1/2: 0.993 / CC star: 0.993 / R split: 0.1132 / Net I/σ(I): 7.48
反射 シェル解像度: 1.62→1.68 Å / 冗長度: 186.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.31 / Num. unique obs: 2803 / CC1/2: 0.019 / CC star: 0.019 / R split: 4.13 / % possible all: 87.27
Serial crystallography sample delivery手法: fixed target
Serial crystallography sample delivery fixed targetSample holding: Hare-Chip , silicon
Serial crystallography data reductionCrystal hits: 27740 / Frames indexed: 39483

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
CrystFEL0.10.2データ削減
CrystFEL0.10.2データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.62→78.07 Å / SU ML: 0.1496 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.3306
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.188 1550 4.97 %
Rwork0.1553 29646 -
obs0.1569 31196 98.09 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 29.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.62→78.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1941 0 5 165 2111
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01042123
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.04142913
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0631341
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0102391
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2136796
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.62-1.680.3231850.29232139X-RAY DIFFRACTION79.43
1.68-1.740.25621230.2152707X-RAY DIFFRACTION99.75
1.74-1.810.2371580.20772643X-RAY DIFFRACTION99.86
1.81-1.890.24971550.19282682X-RAY DIFFRACTION99.79
1.89-1.990.17531360.1542710X-RAY DIFFRACTION99.82
1.99-2.110.17421700.14662719X-RAY DIFFRACTION99.9
2.11-2.280.16791420.15022694X-RAY DIFFRACTION99.96
2.28-2.510.16661510.16182742X-RAY DIFFRACTION99.93
2.51-2.870.20331070.15972805X-RAY DIFFRACTION99.97
2.87-3.610.20851600.15172804X-RAY DIFFRACTION100
3.61-78.070.16311630.13093001X-RAY DIFFRACTION99.97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.56482968764-2.17551941341-1.340827257043.819469424970.8279439842422.40126022916-0.1681142948310.293853578353-0.0984726624493-0.2029694728710.03290699538760.3271236446020.141269080162-1.043172856270.1432811189270.164911449865-0.00365741596951-0.03317746418040.3289439321260.00790336618330.17507593102-12.6126878228-11.13149870647.18251625011
20.126990569191-0.1173857023380.2414771714492.817102048260.8242343813721.69771013774-0.00234519081968-0.0193777729340.0404007393338-0.023638642119-0.1228025722410.252328080441-0.215332788715-0.6328649742210.04386351502650.168809499070.057851912120.003560966386010.2498319992790.000732892915330.188698681873-11.2276868584-0.74080743061822.1400093288
33.85997408282-1.64989968125-3.403219815572.542826029441.304780882934.84381907049-0.113012352998-0.7946042527260.7552007052630.07466904216260.26298619119-0.23514483673-1.055478595120.178505395611-0.13084958610.5663698397980.01034409500910.00738171758610.259547729442-0.02454972226080.2584699808782.4287809608216.055641423634.4354125168
40.1738348401830.138425436780.5284626794111.637669895880.5309052609733.22170931374-0.0521549841174-0.02099061590640.0571451562312-0.1585900864030.094677262835-0.167947980327-0.7860874942820.111177500793-0.01336153126760.299613597985-0.0162474316730.03082744221660.105416260766-0.004169731514790.1898961396832.660782042998.6995934113227.5963136917
52.9118889915-2.059778236930.5703550006653.44413074031.555257311243.982554782950.169624476858-0.0425475479778-0.2886057023730.0863076185416-0.0164104877884-0.02137699354260.161081997503-0.0791464657271-0.1313673070010.145028802109-0.00142948492023-0.01903101749760.08362513950270.01607796285570.157195748159-1.29642791414-7.5912511750327.428320131
62.62466834606-3.82419991560.6790905071867.64247257234-0.8481320304641.18723668597-0.00475219054147-0.0111909594722-0.00807310852169-0.0188829256474-0.130989816060.235533674692-0.150139407444-0.7964566663440.05802441986450.1491131523330.0803370105087-0.01181856180890.361879640091-0.01739212593930.183943159103-15.1217233251-1.0734869535522.2000391105
71.0169363824-0.3026211089460.3762184999651.746131903820.7131585129271.77315663159-0.0509367116698-0.03097794197810.183879122278-0.6412005562410.1079425406070.040046670881-1.07294644575-0.2473477864720.02853445255840.5040604137240.226152757157-0.04408447676290.132930955550.05213381686880.174731430422-9.078039552117.1016978128915.4082246779
85.63120055834-1.626106405951.275444029491.91501902719-0.6852181642230.463157545144-0.1460154945320.3989919071660.22850784944-0.53813413176-0.237871684570.234896473196-0.700679760008-0.728484389064-0.06282823290690.3779559951390.294702255508-0.1435091311470.380967597815-0.008349119007490.255076718196-13.41781252730.24803679123911.7024338104
98.13200871491-4.241459617213.185095434196.05149153408-1.368212956546.67361742514-0.02629444498410.2926016909140.137797462366-0.246206975423-0.044833070473-0.421033278228-0.1652332651120.1560394866880.08966748154160.1906477099440.02300546272550.03047720772440.134194469248-0.02250299927280.125435800584-1.41173638902-7.404932942697.79300624452
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 28 through 51 )28 - 511 - 24
22chain 'A' and (resid 52 through 85 )52 - 8525 - 58
33chain 'A' and (resid 86 through 101 )86 - 10159 - 74
44chain 'A' and (resid 102 through 155 )102 - 15575 - 128
55chain 'A' and (resid 156 through 179 )156 - 179129 - 152
66chain 'A' and (resid 180 through 194 )180 - 194153 - 167
77chain 'A' and (resid 195 through 250 )195 - 250168 - 223
88chain 'A' and (resid 251 through 264 )251 - 264224 - 237
99chain 'A' and (resid 265 through 287 )265 - 287238 - 260

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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