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万見
- PDB-8rd4: Telomeric RAP1:DNA-PK complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rd4
タイトルTelomeric RAP1:DNA-PK complex
要素
  • (DNA (41-MER)) x 2
  • (X-ray repair cross-complementing protein ...) x 2
  • DNA-dependent protein kinase catalytic subunit
  • Telomeric repeat-binding factor 2-interacting protein 1
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Telomere NHEJ BRCT domain SAP domain
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of DNA recombination at telomere / protection from non-homologous end joining at telomere / positive regulation of platelet formation / Ku70:Ku80 complex / negative regulation of t-circle formation / negative regulation of telomere maintenance / DNA end binding / T cell receptor V(D)J recombination / shelterin complex / telomere maintenance via telomere lengthening ...negative regulation of DNA recombination at telomere / protection from non-homologous end joining at telomere / positive regulation of platelet formation / Ku70:Ku80 complex / negative regulation of t-circle formation / negative regulation of telomere maintenance / DNA end binding / T cell receptor V(D)J recombination / shelterin complex / telomere maintenance via telomere lengthening / pro-B cell differentiation / small-subunit processome assembly / positive regulation of lymphocyte differentiation / Telomere C-strand synthesis initiation / DNA-dependent protein kinase complex / immature B cell differentiation / DNA-dependent protein kinase-DNA ligase 4 complex / cellular response to X-ray / nonhomologous end joining complex / immunoglobulin V(D)J recombination / regulation of smooth muscle cell proliferation / Telomere C-strand (Lagging Strand) Synthesis / nuclear telomere cap complex / double-strand break repair via alternative nonhomologous end joining / G-rich strand telomeric DNA binding / telomere capping / double-strand break repair via classical nonhomologous end joining / regulation of epithelial cell proliferation / Cytosolic sensors of pathogen-associated DNA / Processive synthesis on the C-strand of the telomere / IRF3-mediated induction of type I IFN / Polymerase switching on the C-strand of the telomere / Removal of the Flap Intermediate from the C-strand / regulation of hematopoietic stem cell differentiation / regulation of telomere maintenance / recombinational repair / U3 snoRNA binding / protein localization to chromosome, telomeric region / cellular response to fatty acid / cellular hyperosmotic salinity response / positive regulation of neurogenesis / T cell lineage commitment / maturation of 5.8S rRNA / regulation of double-strand break repair via homologous recombination / nuclear chromosome / positive regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining / B cell lineage commitment / negative regulation of cGAS/STING signaling pathway / telomeric DNA binding / 2-LTR circle formation / hematopoietic stem cell proliferation / positive regulation of telomere maintenance / site of DNA damage / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ / negative regulation of protein phosphorylation / Telomere Extension By Telomerase / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / ATP-dependent activity, acting on DNA / positive regulation of protein kinase activity / hematopoietic stem cell differentiation / ectopic germ cell programmed cell death / telomere maintenance via telomerase / somitogenesis / phosphatase binding / DNA helicase activity / Packaging Of Telomere Ends / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / neurogenesis / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / peptidyl-threonine phosphorylation / Inhibition of DNA recombination at telomere / Meiotic synapsis / telomere maintenance / activation of innate immune response / cyclin binding / cellular response to leukemia inhibitory factor / male germ cell nucleus / enzyme activator activity / positive regulation of erythrocyte differentiation / positive regulation of translation / response to gamma radiation / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / small-subunit processome / regulation of circadian rhythm / cellular response to gamma radiation / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / protein destabilization / brain development / protein-DNA complex / protein modification process / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / double-strand break repair via nonhomologous end joining / cellular response to insulin stimulus / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / rhythmic process
類似検索 - 分子機能
Rap1 Myb domain / Rap1 Myb domain / TRF2-interacting telomeric protein/Rap1, C-terminal / TRF2-interacting telomeric protein/Rap1, C-terminal domain superfamily / TRF2-interacting telomeric protein/Rap1 - C terminal domain / TE2IP/Rap1 / Ku70, bridge and pillars domain superfamily / : / Ku70 / DNA-dependent protein kinase catalytic subunit, CC3 ...Rap1 Myb domain / Rap1 Myb domain / TRF2-interacting telomeric protein/Rap1, C-terminal / TRF2-interacting telomeric protein/Rap1, C-terminal domain superfamily / TRF2-interacting telomeric protein/Rap1 - C terminal domain / TE2IP/Rap1 / Ku70, bridge and pillars domain superfamily / : / Ku70 / DNA-dependent protein kinase catalytic subunit, CC3 / DNA-dependent protein kinase catalytic subunit, catalytic domain / DNA-dependent protein kinase catalytic subunit, CC5 / DNA-dependent protein kinase catalytic subunit, CC1/2 / DNA-PKcs, N-terminal / DNA-dependent protein kinase catalytic subunit, CC3 / DNA-PKcs, CC5 / DNA-PKcs, N-terminal / DNA-dependent protein kinase catalytic subunit, CC1/2 / NUC194 / Ku, C-terminal / Ku, C-terminal domain superfamily / Ku C terminal domain like / Ku80 / Ku70/Ku80 C-terminal arm / Ku70/Ku80 C-terminal arm / Ku70/Ku80, N-terminal alpha/beta / Ku70/Ku80 beta-barrel domain / Ku70/Ku80 N-terminal alpha/beta domain / Ku70 and Ku80 are 70kDa and 80kDa subunits of the Lupus Ku autoantigen / Ku70/Ku80 beta-barrel domain / SPOC-like, C-terminal domain superfamily / SAP domain superfamily / BRCT domain / SAP motif profile. / SAP domain / Putative DNA-binding (bihelical) motif predicted to be involved in chromosomal organisation / SAP domain / : / FATC domain / PIK-related kinase, FAT / FAT domain / FATC / FATC domain / PIK-related kinase / FAT domain profile. / FATC domain profile. / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / von Willebrand factor (vWF) type A domain / von Willebrand factor, type A / BRCT domain / BRCT domain superfamily / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Homeobox-like domain superfamily / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA (> 100) / X-ray repair cross-complementing protein 6 / X-ray repair cross-complementing protein 5 / DNA-dependent protein kinase catalytic subunit / Telomeric repeat-binding factor 2-interacting protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.58 Å
データ登録者Eickhoff, P. / Fisher, C.E.L. / Inian, O. / Guettler, S. / Douglas, M.E.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Cancer Research UKC68409/A28129 英国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2025
タイトル: Chromosome end protection by RAP1-mediated inhibition of DNA-PK.
著者: Patrik Eickhoff / Ceylan Sonmez / Charlotte E L Fisher / Oviya Inian / Theodoros I Roumeliotis / Angela Dello Stritto / Jörg Mansfeld / Jyoti S Choudhary / Sebastian Guettler / Francisca ...著者: Patrik Eickhoff / Ceylan Sonmez / Charlotte E L Fisher / Oviya Inian / Theodoros I Roumeliotis / Angela Dello Stritto / Jörg Mansfeld / Jyoti S Choudhary / Sebastian Guettler / Francisca Lottersberger / Max E Douglas /
要旨: During classical non-homologous end joining (cNHEJ), DNA-dependent protein kinase (DNA-PK) encapsulates free DNA ends, forming a recruitment platform for downstream end-joining factors including ...During classical non-homologous end joining (cNHEJ), DNA-dependent protein kinase (DNA-PK) encapsulates free DNA ends, forming a recruitment platform for downstream end-joining factors including ligase 4 (LIG4). DNA-PK can also bind telomeres and regulate their resection, but does not initiate cNHEJ at this position. How the end-joining process is regulated in this context-specific manner is currently unclear. Here we show that the shelterin components TRF2 and RAP1 form a complex with DNA-PK that directly represses its end-joining function at telomeres. Biochemical experiments and cryo-electron microscopy reveal that when bound to TRF2, RAP1 establishes a network of interactions with KU and DNA that prevents DNA-PK from recruiting LIG4. In mouse and human cells, RAP1 is redundant with the Apollo nuclease in repressing cNHEJ at chromosome ends, demonstrating that the inhibition of DNA-PK prevents telomere fusions in parallel with overhang-dependent mechanisms. Our experiments show that the end-joining function of DNA-PK is directly and specifically repressed at telomeres, establishing a molecular mechanism for how individual linear chromosomes are maintained in mammalian cells.
履歴
登録2023年12月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年3月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月5日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月5日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年3月5日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 1.22025年4月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-dependent protein kinase catalytic subunit
D: Telomeric repeat-binding factor 2-interacting protein 1
E: X-ray repair cross-complementing protein 6
F: X-ray repair cross-complementing protein 5
X: DNA (41-MER)
Y: DNA (41-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)728,4396
ポリマ－728,4396
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area37060 Å2
ΔGint-238 kcal/mol
Surface area226120 Å2

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AD

#1: タンパク質 DNA-dependent protein kinase catalytic subunit / DNA-PK catalytic subunit / DNA-PKcs / DNPK1 / p460


分子量: 469673.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: P78527, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質 Telomeric repeat-binding factor 2-interacting protein 1


分子量: 44314.871 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TERF2IP / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9NYB0

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X-ray repair cross-complementing protein ... , 2種, 2分子 EF

#3: タンパク質 X-ray repair cross-complementing protein 6 / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase Ku70 / 5'-dRP lyase Ku70 / 70 kDa subunit of Ku antigen / ATP- ...5'-deoxyribose-5-phosphate lyase Ku70 / 5'-dRP lyase Ku70 / 70 kDa subunit of Ku antigen / ATP-dependent DNA helicase 2 subunit 1 / ATP-dependent DNA helicase II 70 kDa subunit / CTC box-binding factor 75 kDa subunit / CTCBF / DNA repair protein XRCC6 / Lupus Ku autoantigen protein p70 / Ku70 / Thyroid-lupus autoantigen / TLAA / X-ray repair complementing defective repair in Chinese hamster cells 6


分子量: 69945.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: XRCC6, G22P1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: P12956, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素- ...参照: UniProt: P12956, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ
#4: タンパク質 X-ray repair cross-complementing protein 5 / 86 kDa subunit of Ku antigen / ATP-dependent DNA helicase 2 subunit 2 / ATP-dependent DNA helicase ...86 kDa subunit of Ku antigen / ATP-dependent DNA helicase 2 subunit 2 / ATP-dependent DNA helicase II 80 kDa subunit / CTC box-binding factor 85 kDa subunit / CTCBF / DNA repair protein XRCC5 / Ku80 / Ku86 / Lupus Ku autoantigen protein p86 / Nuclear factor IV / Thyroid-lupus autoantigen / TLAA / X-ray repair complementing defective repair in Chinese hamster cells 5 (double-strand-break rejoining)


分子量: 82812.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: XRCC5, G22P2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: P13010, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与

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DNA鎖 , 2種, 2分子 XY

#5: DNA鎖 DNA (41-MER)


分子量: 31103.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#6: DNA鎖 DNA (41-MER)


分子量: 30589.674 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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詳細

Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Telomeric RAP1:DNA-PK complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
緩衝液pH: 7.6
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.58 Å / 解像度の算出法: OTHER / 粒子像の数: 526885
詳細: Composite map, resolution estimated from overall consensus map using a FSC 0.143 cut-off
対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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