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タイトルChromosome end protection by RAP1-mediated inhibition of DNA-PK.
ジャーナル・号・ページNature, Vol. 642, Issue 8069, Page 1090-1096, Year 2025
掲載日2025年4月16日
著者Patrik Eickhoff / Ceylan Sonmez / Charlotte E L Fisher / Oviya Inian / Theodoros I Roumeliotis / Angela Dello Stritto / Jörg Mansfeld / Jyoti S Choudhary / Sebastian Guettler / Francisca Lottersberger / Max E Douglas /
PubMed 要旨During classical non-homologous end joining (cNHEJ), DNA-dependent protein kinase (DNA-PK) encapsulates free DNA ends, forming a recruitment platform for downstream end-joining factors including ...During classical non-homologous end joining (cNHEJ), DNA-dependent protein kinase (DNA-PK) encapsulates free DNA ends, forming a recruitment platform for downstream end-joining factors including ligase 4 (LIG4). DNA-PK can also bind telomeres and regulate their resection, but does not initiate cNHEJ at this position. How the end-joining process is regulated in this context-specific manner is currently unclear. Here we show that the shelterin components TRF2 and RAP1 form a complex with DNA-PK that directly represses its end-joining function at telomeres. Biochemical experiments and cryo-electron microscopy reveal that when bound to TRF2, RAP1 establishes a network of interactions with KU and DNA that prevents DNA-PK from recruiting LIG4. In mouse and human cells, RAP1 is redundant with the Apollo nuclease in repressing cNHEJ at chromosome ends, demonstrating that the inhibition of DNA-PK prevents telomere fusions in parallel with overhang-dependent mechanisms. Our experiments show that the end-joining function of DNA-PK is directly and specifically repressed at telomeres, establishing a molecular mechanism for how individual linear chromosomes are maintained in mammalian cells.
リンクNature / PubMed:40240611 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.32 - 3.58 Å
構造データ

19065

8rd4

EMDB-19065, PDB-8rd4:
Telomeric RAP1:DNA-PK complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.58 Å

EMDB-19245: Telomeric RAP1:DNA-PK complex consensus map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.58 Å

EMDB-19249: RAP1:KU local refinement of telomeric RAP1:DNA-PK complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.32 Å

EMDB-19252: DNA-PKcs local refinement of telomeric RAP1:DNA-PK complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • synthetic construct (人工物)
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Telomere NHEJ BRCT domain SAP domain

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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