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- PDB-8rb2: The crystal structure of DNA-bound human MutSbeta (MSH2_E749A/MSH... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rb2
タイトルThe crystal structure of DNA-bound human MutSbeta (MSH2_E749A/MSH3_E976A) in the canonical mismatch bound conformation with ADP bound in MSH2
要素
  • (DNA mismatch repair protein ...) x 2
  • DNA (5'-D(*TP*CP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*CP*AP*GP*CP*TP*TP*CP*AP*GP*AP*TP*AP*GP*G)-3')
  • DNA (5'-D(P*CP*TP*AP*TP*CP*TP*GP*AP*AP*GP*CP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*GP*G)-3')
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA repair / DNA binding
機能・相同性
機能・相同性情報


somatic recombination of immunoglobulin genes involved in immune response / MutSbeta complex / Defective Mismatch Repair Associated With MSH3 / MutSalpha complex / Defective Mismatch Repair Associated With MSH2 / Defective Mismatch Repair Associated With MSH6 / positive regulation of helicase activity / guanine/thymine mispair binding / somatic recombination of immunoglobulin gene segments / B cell mediated immunity ...somatic recombination of immunoglobulin genes involved in immune response / MutSbeta complex / Defective Mismatch Repair Associated With MSH3 / MutSalpha complex / Defective Mismatch Repair Associated With MSH2 / Defective Mismatch Repair Associated With MSH6 / positive regulation of helicase activity / guanine/thymine mispair binding / somatic recombination of immunoglobulin gene segments / B cell mediated immunity / maintenance of DNA repeat elements / positive regulation of isotype switching to IgA isotypes / centromeric DNA binding / positive regulation of isotype switching to IgG isotypes / mitotic recombination / mismatched DNA binding / negative regulation of DNA recombination / isotype switching / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH3 (MutSbeta) / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH6 (MutSalpha) / oxidative phosphorylation / response to UV-B / postreplication repair / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / ATP-dependent DNA damage sensor activity / germ cell development / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / ATP-dependent activity, acting on DNA / response to X-ray / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / mismatch repair / B cell differentiation / determination of adult lifespan / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / male gonad development / double-strand break repair / double-stranded DNA binding / negative regulation of neuron apoptotic process / in utero embryonic development / damaged DNA binding / chromosome, telomeric region / DNA repair / chromatin binding / enzyme binding / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity / DNA binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / membrane
類似検索 - 分子機能
DNA mismatch repair Msh2-type / DNA mismatch repair protein Msh2 / DNA mismatch repair protein MutS-like, N-terminal / DNA mismatch repair protein MutS, connector domain / DNA mismatch repair protein MutS, clamp / DNA mismatch repair protein MutS, N-terminal / MutS, connector domain superfamily / MutS domain I / MutS domain II / MutS family domain IV ...DNA mismatch repair Msh2-type / DNA mismatch repair protein Msh2 / DNA mismatch repair protein MutS-like, N-terminal / DNA mismatch repair protein MutS, connector domain / DNA mismatch repair protein MutS, clamp / DNA mismatch repair protein MutS, N-terminal / MutS, connector domain superfamily / MutS domain I / MutS domain II / MutS family domain IV / MutS domain III / DNA mismatch repair MutS family / DNA mismatch repair protein MutS, C-terminal / DNA mismatch repair protein MutS, core / DNA mismatch repair protein MutS, core domain superfamily / MutS domain V / DNA mismatch repair proteins mutS family signature. / DNA-binding domain of DNA mismatch repair MUTS family / ATPase domain of DNA mismatch repair MUTS family / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / DNA / DNA (> 10) / DNA mismatch repair protein Msh3 / DNA mismatch repair protein Msh2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.526 Å
データ登録者Thomsen, M. / Costanzi, E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
CHDI Foundation 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The crystal structure of DNA-bound human MutSbeta (MSH2/MSH3) in the canonical mismatch bound conformation with ADP bound in MSH2 and MSH3
著者: Thomsen, M. / Neudegger, T. / Thieulin-Pardo, G. / Blaesse, M. / Costanzi, E. / Steinbacher, S. / Plotnikov, N.V. / Dominguez, C. / Iyer, R.R. / Wilkinson, H.A. / Monteagudo, E. / Haque, T.S. ...著者: Thomsen, M. / Neudegger, T. / Thieulin-Pardo, G. / Blaesse, M. / Costanzi, E. / Steinbacher, S. / Plotnikov, N.V. / Dominguez, C. / Iyer, R.R. / Wilkinson, H.A. / Monteagudo, E. / Haque, T.S. / Prasad, B.C. / Finley, M. / Boudet, J. / Vogt, T.F. / Felsenfeld, D.P.
履歴
登録2023年12月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年6月11日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA mismatch repair protein Msh2
B: DNA mismatch repair protein Msh3
C: DNA (5'-D(P*CP*TP*AP*TP*CP*TP*GP*AP*AP*GP*CP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*GP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*CP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*CP*AP*GP*CP*TP*TP*CP*AP*GP*AP*TP*AP*GP*G)-3')
E: DNA mismatch repair protein Msh2
F: DNA mismatch repair protein Msh3
G: DNA (5'-D(P*CP*TP*AP*TP*CP*TP*GP*AP*AP*GP*CP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*GP*G)-3')
H: DNA (5'-D(*TP*CP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*CP*AP*GP*CP*TP*TP*CP*AP*GP*AP*TP*AP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)497,14253
ポリマ－494,1928
非ポリマー2,95045
水5,945330
1
A: DNA mismatch repair protein Msh2
B: DNA mismatch repair protein Msh3
C: DNA (5'-D(P*CP*TP*AP*TP*CP*TP*GP*AP*AP*GP*CP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*GP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*CP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*CP*AP*GP*CP*TP*TP*CP*AP*GP*AP*TP*AP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)248,62429
ポリマ－247,0964
非ポリマー1,52825
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18770 Å2
ΔGint-209 kcal/mol
Surface area81160 Å2
手法PISA
2
E: DNA mismatch repair protein Msh2
F: DNA mismatch repair protein Msh3
G: DNA (5'-D(P*CP*TP*AP*TP*CP*TP*GP*AP*AP*GP*CP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*GP*G)-3')
H: DNA (5'-D(*TP*CP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*CP*AP*GP*CP*TP*TP*CP*AP*GP*AP*TP*AP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)248,51824
ポリマ－247,0964
非ポリマー1,42220
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17790 Å2
ΔGint-137 kcal/mol
Surface area81210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.612, 104.290, 121.069
Angle α, β, γ (deg.)110.03, 91.72, 110.21
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
33
44
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

-
要素

-
DNA mismatch repair protein ... , 2種, 4分子 AEBF

#1: タンパク質 DNA mismatch repair protein Msh2


分子量: 104803.836 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MSH2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P43246
#2: タンパク質 DNA mismatch repair protein Msh3


分子量: 127576.672 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MSH3
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P20585

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 CGDH

#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*TP*AP*TP*CP*TP*GP*AP*AP*GP*CP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*GP*G)-3')


分子量: 7345.741 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*CP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*CP*AP*GP*CP*TP*TP*CP*AP*GP*AP*TP*AP*GP*G)-3')


分子量: 7369.766 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 7種, 375分子

#5: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#9: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#10: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 330 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.94 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.1 M MES pH 6.5 -7.5, 0.2 M Ammonium Acetate, 20 - 25 % PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.953726 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年5月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.526→93.25 Å / Num. obs: 141153 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル解像度: 2.526→2.57 Å / Num. unique obs: 7027 / CC1/2: 0.521

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.526→93.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 30.788 / SU ML: 0.304 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.597 / ESU R Free: 0.297 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25555 1964 1.4 %RANDOM
Rwork0.21061 ---
obs0.21123 139178 98.37 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 77.662 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.44 Å21.06 Å21.11 Å2
2--3.45 Å20.76 Å2
3----2.12 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.526→93.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数27512 1862 165 330 29869
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.01329260
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.01726965
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3891.640015
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1881.62561688
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.68153465
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.3823.021288
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.486154553
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.72415134
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.060.24006
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0231885
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.026569
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1213.18713848
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.1213.18713847
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.9964.76917263
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.9964.7717264
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.8463.20615412
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.8463.20615413
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.4594.7722735
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.47136.44231595
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.46836.41931584
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A100600.05
12E100600.05
21B100550.04
22F100550.04
31C5060.03
32G5060.03
41D5880.04
42H5880.04
LS精密化 シェル解像度: 2.526→2.592 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.348 155 -
Rwork0.316 10259 -
obs--97.87 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.05310.68380.20842.8620.55284.73070.205-0.2462-0.12880.0652-0.2536-0.27990.0987-0.14540.04870.5178-0.0154-0.07460.0888-0.0530.351438.4317.57665.16
20.8648-0.673-0.2762.19930.25431.25640.03220.0641-0.008-0.0286-0.0097-0.1960.14460.1013-0.02250.56740.03060.08450.0294-0.07770.516751.93736.52845.544
34.57942.4174-1.06173.36860.52751.1397-0.11730.0084-0.3141-0.45420.0112-0.6093-0.09840.12620.10610.83160.10030.01530.2308-0.03260.722140.49-25.48538.235
44.5251-2.0135-1.32127.45294.681510.1603-0.0771-0.3916-0.0157-0.06690.1979-0.2636-0.37410.195-0.12080.68360.00840.01410.1632-0.00930.582729.81295.73763.504
50.0814-0.2443-0.20341.55430.77011.2939-0.00540.02260.0215-0.0967-0.0470.21270.0202-0.12140.05240.53650.0507-0.00260.0805-0.13340.45218.68520.9162.139
60.963-0.98530.23666.2111-0.1481.663-0.1179-0.2188-0.19620.36450.07820.56110.1477-0.10790.03960.5081-0.09920.00490.1981-0.09170.39064.776-21.29260.881
71.1231.387-0.63544.0663-2.07973.84040.1763-0.0320.38390.2406-0.1246-0.0752-0.25340.2223-0.05170.45630.03870.04330.0651-0.0980.472722.78753.32775.148
83.0937-3.78260.59516.2995-0.73521.1651-0.1128-0.58070.18810.14390.32860.1165-0.3676-0.013-0.21580.6793-0.04370.03670.2365-0.15510.681837.74975.29668.521
91.38370.7194-1.42134.1426-0.34593.7316-0.093-0.2118-0.60710.153-0.1362-0.56120.43090.27740.22910.54490.0003-0.05270.1593-0.06970.539322.659-18.98650.275
105.71940.9306-0.24062.99190.30914.48730.0791-0.262-0.0973-0.0334-0.2437-0.2408-0.01230.02140.16460.4530.0295-0.04130.1535-0.12130.3248.82-19.2097.558
110.8674-0.8443-0.411.77410.30070.89830.0187-0.02720.1267-0.10450.0473-0.1044-0.1351-0.0403-0.06610.61120.06740.06840.0559-0.13550.460821.0388.948-13.678
127.12924.6426-2.22864.0638-2.1621.3409-0.5331-0.0764-1.4989-0.7133-0.0543-0.95250.4409-0.16620.58730.9285-0.01230.16480.2497-0.13161.06235.772-51.687-19.239
132.7863-1.5184-1.35296.42552.16318.2075-0.094-0.2236-0.1670.14740.0631-0.53190.10940.33810.03080.55250.07990.02970.314-0.02070.36341.00868.6134.278
140.353-0.0506-0.04072.57060.85751.43460.03630.02830.14550.1542-0.05330.361-0.1117-0.18620.0170.61960.07290.01180.1562-0.18140.5237-20.559-4.0958.348
151.4949-0.9759-0.09486.0633-0.35421.2294-0.1287-0.155-0.23240.7043-0.15090.5760.2659-0.17820.27970.6636-0.16810.02130.3585-0.17990.6208-25.89-46.4368.497
161.65252.3848-1.36645.5597-2.85794.57090.2513-0.0810.22680.5501-0.3732-0.3179-0.18760.19410.12180.66440.0617-0.0170.2016-0.17810.628-3.70428.05318.595
175.1457-6.6565-0.77969.1240.78390.6006-0.1858-0.43230.05920.34120.4219-0.1936-0.0333-0.0156-0.23610.56330.0803-0.0140.3488-0.1440.581610.33248.8289.829
181.0735-0.3898-1.41244.9564-2.25975.5792-0.3221-0.04-0.6692-0.1988-0.4493-0.64180.72430.35550.77140.7738-0.0954-0.01660.2922-0.01210.9712-9.008-45.181-4.691
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A15 - 139
2X-RAY DIFFRACTION2A144 - 462
3X-RAY DIFFRACTION2A580 - 855
4X-RAY DIFFRACTION3A463 - 579
5X-RAY DIFFRACTION4A876 - 930
6X-RAY DIFFRACTION5B1 - 686
7X-RAY DIFFRACTION5B815 - 840
8X-RAY DIFFRACTION6B687 - 814
9X-RAY DIFFRACTION7B841 - 1064
10X-RAY DIFFRACTION8B1065 - 1129
11X-RAY DIFFRACTION9C1 - 50
12X-RAY DIFFRACTION9D1 - 50
13X-RAY DIFFRACTION10E15 - 139
14X-RAY DIFFRACTION11E144 - 462
15X-RAY DIFFRACTION11E580 - 855
16X-RAY DIFFRACTION12E463 - 579
17X-RAY DIFFRACTION13E876 - 930
18X-RAY DIFFRACTION14F1 - 686
19X-RAY DIFFRACTION14F815 - 840
20X-RAY DIFFRACTION15F687 - 814
21X-RAY DIFFRACTION16F841 - 1064
22X-RAY DIFFRACTION17F1065 - 1129
23X-RAY DIFFRACTION18G1 - 50
24X-RAY DIFFRACTION18H1 - 50

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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