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- PDB-8raz: The crystal structure of DNA-bound human MutSbeta (MSH2_E749A/MSH... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8raz
タイトルThe crystal structure of DNA-bound human MutSbeta (MSH2_E749A/MSH3_E976A) in the canonical mismatch bound conformation with ADP bound in MSH2 and MSH3
要素
  • (DNA mismatch repair protein ...) x 2
  • DNA (5'-D(P*AP*TP*CP*TP*GP*AP*AP*GP*CP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*GP*G)-3')
  • DNA (5'-D(P*CP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*CP*AP*GP*CP*TP*TP*CP*AP*GP*A)-3')
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA repair / DNA binding
機能・相同性
機能・相同性情報


somatic recombination of immunoglobulin genes involved in immune response / MutSbeta complex / Defective Mismatch Repair Associated With MSH3 / MutSalpha complex / Defective Mismatch Repair Associated With MSH2 / Defective Mismatch Repair Associated With MSH6 / positive regulation of helicase activity / guanine/thymine mispair binding / somatic recombination of immunoglobulin gene segments / B cell mediated immunity ...somatic recombination of immunoglobulin genes involved in immune response / MutSbeta complex / Defective Mismatch Repair Associated With MSH3 / MutSalpha complex / Defective Mismatch Repair Associated With MSH2 / Defective Mismatch Repair Associated With MSH6 / positive regulation of helicase activity / guanine/thymine mispair binding / somatic recombination of immunoglobulin gene segments / B cell mediated immunity / maintenance of DNA repeat elements / positive regulation of isotype switching to IgA isotypes / centromeric DNA binding / positive regulation of isotype switching to IgG isotypes / mitotic recombination / mismatched DNA binding / negative regulation of DNA recombination / isotype switching / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH3 (MutSbeta) / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH6 (MutSalpha) / oxidative phosphorylation / response to UV-B / postreplication repair / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / ATP-dependent DNA damage sensor activity / germ cell development / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / ATP-dependent activity, acting on DNA / response to X-ray / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / mismatch repair / B cell differentiation / determination of adult lifespan / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / male gonad development / double-strand break repair / double-stranded DNA binding / negative regulation of neuron apoptotic process / in utero embryonic development / damaged DNA binding / chromosome, telomeric region / DNA repair / chromatin binding / enzyme binding / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity / DNA binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / membrane
類似検索 - 分子機能
DNA mismatch repair Msh2-type / DNA mismatch repair protein Msh2 / DNA mismatch repair protein MutS-like, N-terminal / DNA mismatch repair protein MutS, connector domain / DNA mismatch repair protein MutS, clamp / DNA mismatch repair protein MutS, N-terminal / MutS, connector domain superfamily / MutS domain I / MutS domain II / MutS family domain IV ...DNA mismatch repair Msh2-type / DNA mismatch repair protein Msh2 / DNA mismatch repair protein MutS-like, N-terminal / DNA mismatch repair protein MutS, connector domain / DNA mismatch repair protein MutS, clamp / DNA mismatch repair protein MutS, N-terminal / MutS, connector domain superfamily / MutS domain I / MutS domain II / MutS family domain IV / MutS domain III / DNA mismatch repair MutS family / DNA mismatch repair protein MutS, C-terminal / DNA mismatch repair protein MutS, core / DNA mismatch repair protein MutS, core domain superfamily / MutS domain V / DNA mismatch repair proteins mutS family signature. / DNA-binding domain of DNA mismatch repair MUTS family / ATPase domain of DNA mismatch repair MUTS family / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / DNA mismatch repair protein Msh3 / DNA mismatch repair protein Msh2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.843 Å
データ登録者Thomsen, M. / Costanzi, E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
CHDI Foundation 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The crystal structure of DNA-bound human MutSbeta (MSH2/MSH3) in the canonical mismatch bound conformation with ADP bound in MSH2 and MSH3
著者: Thomsen, M. / Neudegger, T. / Thieulin-Pardo, G. / Blaesse, M. / Costanzi, E. / Steinbacher, S. / Plotnikov, N.V. / Dominguez, C. / Iyer, R.R. / Wilkinson, H.A. / Monteagudo, E. / Haque, T.S. ...著者: Thomsen, M. / Neudegger, T. / Thieulin-Pardo, G. / Blaesse, M. / Costanzi, E. / Steinbacher, S. / Plotnikov, N.V. / Dominguez, C. / Iyer, R.R. / Wilkinson, H.A. / Monteagudo, E. / Haque, T.S. / Prasad, B.C. / Finley, M. / Boudet, J. / Vogt, T.F. / Felsenfeld, D.P.
履歴
登録2023年12月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年6月11日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA mismatch repair protein Msh2
B: DNA mismatch repair protein Msh3
C: DNA (5'-D(P*AP*TP*CP*TP*GP*AP*AP*GP*CP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*GP*G)-3')
D: DNA (5'-D(P*CP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*CP*AP*GP*CP*TP*TP*CP*AP*GP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)248,23811
ポリマ－247,0964
非ポリマー1,1427
水1,09961
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)70.320, 92.414, 94.216
Angle α, β, γ (deg.)67.13, 86.69, 75.82
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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DNA mismatch repair protein ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 DNA mismatch repair protein Msh2


分子量: 104803.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MSH2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P43246
#2: タンパク質 DNA mismatch repair protein Msh3


分子量: 127576.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MSH3
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P20585

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 CD

#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*TP*CP*TP*GP*AP*AP*GP*CP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*GP*G)-3')


分子量: 7345.741 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*CP*GP*CP*AP*GP*CP*TP*TP*CP*AP*GP*A)-3')


分子量: 7369.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 5種, 68分子

#5: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.88 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.1 M MES pH 6.5 -7.5, 0.2 M Ammonium Acetate, 20 - 25 % PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.000064 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年9月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.000064 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.843→56.39 Å / Num. obs: 46613 / % possible obs: 93.6 % / 冗長度: 2.3 % / CC1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 5
反射 シェル解像度: 2.843→2.892 Å / Num. unique obs: 2435 / CC1/2: 0.403

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.843→56.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.884 / SU B: 24.013 / SU ML: 0.439 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.456 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27928 1253 2.7 %RANDOM
Rwork0.21389 ---
obs0.21566 45123 93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 59.273 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.11 Å2-1.6 Å21.39 Å2
2---0.3 Å21.46 Å2
3----1.73 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.843→56.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13852 780 70 61 14763
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.01314153
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01712858
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3151.60319377
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1331.6229257
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.47951732
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.57522.9600
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.613152072
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.3111562
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0480.21981
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0215712
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.023198
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4426.9376967
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.4426.9366966
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.16810.3948686
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.16810.3958687
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1797.0087186
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.1797.0077187
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.78710.52310692
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.40580.26415082
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.40580.26315081
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.843→2.916 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.359 103 -
Rwork0.343 3343 -
obs--92.83 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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