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- PDB-8r9o: A soakable crystal form of human CDK7 in complex with AMP-PNP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8r9o
タイトルA soakable crystal form of human CDK7 in complex with AMP-PNP
要素Cyclin-dependent kinase 7
キーワードCELL CYCLE / serine-threonine kinase / phosphorylation / cell cycle progression / ATP binding
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclin-dependent protein kinase activating kinase holoenzyme complex / snRNA transcription by RNA polymerase II / CAK-ERCC2 complex / transcription factor TFIIK complex / transcription factor TFIIH core complex / transcription factor TFIIH holo complex / [RNA-polymerase]-subunit kinase / RNA Polymerase I Transcription Termination / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE during HIV infection / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE ...cyclin-dependent protein kinase activating kinase holoenzyme complex / snRNA transcription by RNA polymerase II / CAK-ERCC2 complex / transcription factor TFIIK complex / transcription factor TFIIH core complex / transcription factor TFIIH holo complex / [RNA-polymerase]-subunit kinase / RNA Polymerase I Transcription Termination / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE during HIV infection / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / Formation of the HIV-1 Early Elongation Complex / mRNA Capping / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / RNA Polymerase I Transcription Initiation / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / ATP-dependent activity, acting on DNA / cyclin-dependent kinase / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / Cyclin E associated events during G1/S transition / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / Formation of RNA Pol II elongation complex / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / male germ cell nucleus / RNA Polymerase I Promoter Escape / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / NoRC negatively regulates rRNA expression / Transcription-Coupled Nucleotide Excision Repair (TC-NER) / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / fibrillar center / Formation of Incision Complex in GG-NER / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / Cyclin D associated events in G1 / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / transcription by RNA polymerase II / protein stabilization / regulation of cell cycle / protein kinase activity / cell cycle / phosphorylation / cell division / DNA repair / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / perinuclear region of cytoplasm / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cyclin-dependent kinase 7 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Cyclin-dependent kinase 7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.22 Å
データ登録者Mukherjee, M. / Cleasby, A.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: Protein engineering enables a soakable crystal form of human CDK7 primed for high-throughput crystallography and structure-based drug design.
著者: Mukherjee, M. / Day, P.J. / Laverty, D. / Bueren-Calabuig, J.A. / Woodhead, A.J. / Griffiths-Jones, C. / Hiscock, S. / East, C. / Boyd, S. / O'Reilly, M.
履歴
登録2023年11月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclin-dependent kinase 7
B: Cyclin-dependent kinase 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,5074
ポリマ－84,4712
非ポリマー1,0352
水2,504139
1
A: Cyclin-dependent kinase 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,7532
ポリマ－42,2361
非ポリマー5181
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cyclin-dependent kinase 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,7532
ポリマ－42,2361
非ポリマー5181
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)40.138, 123.739, 142.197
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Cyclin-dependent kinase 7


分子量: 42235.637 Da / 分子数: 2 / 変異: W132R,S164D, T170E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDK7
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): 9 / 参照: UniProt: P50613
#2: 化合物 ChemComp-YN3 / ~{N}-[(1~{S})-2-(dimethylamino)-1-phenyl-ethyl]-6,6-dimethyl-3-[[4-(propanoylamino)phenyl]carbonylamino]-1,4-dihydropyrrolo[3,4-c]pyrazole-5-carboxamide


分子量: 517.623 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H35N7O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.15 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M (NH4)3 citrate 15% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9999 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.22→56.73 Å / Num. obs: 15530 / % possible obs: 84.4 % / 冗長度: 4.9 % / Rrim(I) all: 0.252 / Net I/σ(I): 5.3
反射 シェル解像度: 2.22→2.27 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 775 / Rrim(I) all: 0.73

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.8 (16-JUL-2021)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
BUSTER位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.22→56.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.877 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.795 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.555
詳細: HYDROGENS WERE FULLY REFINED WITH FULL OCCUPANCY AT NUCLEAR POSITION.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3443 795 5.12 %RANDOM
Rwork0.2534 ---
obs0.2581 15530 43.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 44.984 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.344 Å20 Å20 Å2
2---0.2518 Å20 Å2
3---3.5957 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.42 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.22→56.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4454 0 76 139 4669
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0129367HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1217016HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2061SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes14HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1464HARMONIC16
X-RAY DIFFRACTIONt_it9367HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion7.79
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.8
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion601SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7332SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.22→2.58 Å / Total num. of bins used: 40
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4024 -4.76 %
Rwork0.27 380 -
all0.2767 399 -
obs--3.04 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.8284-1.24542.4382.5008-2.24433.4324-0.0174-0.5081-0.54420.0858-0.18510.10870.2001-0.54420.2025-0.0329-0.12110.0151-0.01860.02890.028753.9404-14.888770.001
20.8028-0.395-0.08560.37680.60892.202-0.0393-0.2336-0.0117-0.17260.05770.0661-0.20570.0815-0.0184-0.1331-0.0065-0.00910.0799-0.13070.013661.564110.59667.4695
33.2096-2.7247-0.33821.4348-1.32524.7052-0.1387-0.5442-0.436-0.4580.40550.5020.4624-0.1933-0.2668-0.0918-0.0612-0.01210.03720.06640.026453.9447.4621109.378
41.48330.4120.18681.1361.20021.28050.0687-0.0826-0.00570.01580.0458-0.063-0.0898-0.0394-0.1145-0.10020.0190.01780.0714-0.0363-0.061861.104273.0195106.664
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|10 - A|95 }
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|96 - A|312 }
3X-RAY DIFFRACTION3{ B|10 - B|95 }
4X-RAY DIFFRACTION4{ B|96 - B|312 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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