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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8r9b | ||||||
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タイトル | A soakable crystal form of human CDK7 in complex with AMP-PNP | ||||||
要素 | Cyclin-dependent kinase 7 | ||||||
キーワード | CELL CYCLE / serine-threonine kinase / phosphorylation / cell cycle progression / ATP binding | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cyclin-dependent protein kinase activating kinase holoenzyme complex / snRNA transcription by RNA polymerase II / CAK-ERCC2 complex / transcription factor TFIIK complex / transcription factor TFIIH core complex / transcription factor TFIIH holo complex / [RNA-polymerase]-subunit kinase / RNA Polymerase I Transcription Termination / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE during HIV infection / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE ...cyclin-dependent protein kinase activating kinase holoenzyme complex / snRNA transcription by RNA polymerase II / CAK-ERCC2 complex / transcription factor TFIIK complex / transcription factor TFIIH core complex / transcription factor TFIIH holo complex / [RNA-polymerase]-subunit kinase / RNA Polymerase I Transcription Termination / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE during HIV infection / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / Formation of the HIV-1 Early Elongation Complex / mRNA Capping / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / RNA Polymerase I Transcription Initiation / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / ATP-dependent activity, acting on DNA / cyclin-dependent kinase / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / Cyclin E associated events during G1/S transition / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / Formation of RNA Pol II elongation complex / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / male germ cell nucleus / RNA Polymerase I Promoter Escape / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / NoRC negatively regulates rRNA expression / Transcription-Coupled Nucleotide Excision Repair (TC-NER) / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / fibrillar center / Formation of Incision Complex in GG-NER / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / Cyclin D associated events in G1 / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / transcription by RNA polymerase II / protein stabilization / regulation of cell cycle / protein kinase activity / cell cycle / phosphorylation / cell division / DNA repair / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / perinuclear region of cytoplasm / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.21 Å | ||||||
データ登録者 | Mukherjee, M. / Cleasby, A. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2024 タイトル: Protein engineering enables a soakable crystal form of human CDK7 primed for high-throughput crystallography and structure-based drug design. 著者: Mukherjee, M. / Day, P.J. / Laverty, D. / Bueren-Calabuig, J.A. / Woodhead, A.J. / Griffiths-Jones, C. / Hiscock, S. / East, C. / Boyd, S. / O'Reilly, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8r9b.cif.gz | 486.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8r9b.ent.gz | 398.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8r9b.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8r9b_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8r9b_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8r9b_validation.xml.gz | 46.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8r9b_validation.cif.gz | 64.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r9/8r9b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r9/8r9b | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40063.988 Da / 分子数: 4 / 変異: S164D, T170E, del327-346 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDK7 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 株 (発現宿主): 9 / 参照: UniProt: P50613 #2: 化合物 | ChemComp-ANP / #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.54 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 19% 2-propanol, 5% glycerol, 19%PEG4K, 0.095M Na3citrate pH5.6/HCl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.99987 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.99987 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.21→90.14 Å / Num. obs: 64931 / % possible obs: 86.1 % / 冗長度: 3.5 % / Rrim(I) all: 0.091 / Net I/σ(I): 10.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.26→2.391 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 3316 / Rrim(I) all: 1.048 / % possible all: 47 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.21→90.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 16.258 / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.29 / ESU R Free: 0.232 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 52.316 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.21→90.14 Å
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拘束条件 |
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