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万見
- PDB-8r9b: A soakable crystal form of human CDK7 in complex with AMP-PNP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8r9b
タイトルA soakable crystal form of human CDK7 in complex with AMP-PNP
要素Cyclin-dependent kinase 7
キーワードCELL CYCLE / serine-threonine kinase / phosphorylation / cell cycle progression / ATP binding
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat Y1 kinase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S2 kinase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat T4 kinase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S5 kinase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S7 kinase activity / snRNA transcription by RNA polymerase II / CAK-ERCC2 complex / transcription factor TFIIK complex / transcription factor TFIIH core complex / transcription factor TFIIH holo complex ...RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat Y1 kinase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S2 kinase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat T4 kinase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S5 kinase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S7 kinase activity / snRNA transcription by RNA polymerase II / CAK-ERCC2 complex / transcription factor TFIIK complex / transcription factor TFIIH core complex / transcription factor TFIIH holo complex / [RNA-polymerase]-subunit kinase / RNA Polymerase I Transcription Termination / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE during HIV infection / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / Formation of the HIV-1 Early Elongation Complex / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / mRNA Capping / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / RNA Polymerase I Transcription Initiation / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / ATP-dependent activity, acting on DNA / cyclin-dependent kinase / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / Cyclin E associated events during G1/S transition / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / male germ cell nucleus / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / RNA Polymerase I Promoter Escape / NoRC negatively regulates rRNA expression / Transcription-Coupled Nucleotide Excision Repair (TC-NER) / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Formation of Incision Complex in GG-NER / fibrillar center / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / Cyclin D associated events in G1 / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / transcription by RNA polymerase II / protein kinase activity / regulation of cell cycle / protein stabilization / cell division / protein serine kinase activity / DNA repair / protein serine/threonine kinase activity / perinuclear region of cytoplasm / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cyclin-dependent kinase 7 / : / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / Cyclin-dependent kinase 7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.21 Å
データ登録者Mukherjee, M. / Cleasby, A.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: Protein engineering enables a soakable crystal form of human CDK7 primed for high-throughput crystallography and structure-based drug design.
著者: Mukherjee, M. / Day, P.J. / Laverty, D. / Bueren-Calabuig, J.A. / Woodhead, A.J. / Griffiths-Jones, C. / Hiscock, S. / East, C. / Boyd, S. / O'Reilly, M.
履歴
登録2023年11月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年8月21日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclin-dependent kinase 7
B: Cyclin-dependent kinase 7
C: Cyclin-dependent kinase 7
D: Cyclin-dependent kinase 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)162,63014
ポリマ－160,2564
非ポリマー2,37410
水6,485360
1
A: Cyclin-dependent kinase 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,5943
ポリマ－40,0641
非ポリマー5312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cyclin-dependent kinase 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,6874
ポリマ－40,0641
非ポリマー6233
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Cyclin-dependent kinase 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,6623
ポリマ－40,0641
非ポリマー5982
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Cyclin-dependent kinase 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,6874
ポリマ－40,0641
非ポリマー6233
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)76.140, 180.285, 76.335
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 117.85, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Cyclin-dependent kinase 7


分子量: 40063.988 Da / 分子数: 4 / 変異: S164D, T170E, del327-346 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDK7
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): 9 / 参照: UniProt: P50613
#2: 化合物
ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 360 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.54 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 19% 2-propanol, 5% glycerol, 19%PEG4K, 0.095M Na3citrate pH5.6/HCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.99987 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.21→90.14 Å / Num. obs: 64931 / % possible obs: 86.1 % / 冗長度: 3.5 % / Rrim(I) all: 0.091 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル解像度: 2.26→2.391 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 3316 / Rrim(I) all: 1.048 / % possible all: 47

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0232精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.21→90.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 16.258 / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.29 / ESU R Free: 0.232 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24265 3529 5.2 %RANDOM
Rwork0.19236 ---
obs0.19491 64931 75.57 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 52.316 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.2 Å20 Å2-0.52 Å2
2--0.09 Å2-0 Å2
3---0.16 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.21→90.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9208 0 145 360 9713
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0159588
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0178818
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5471.7813019
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.5111.73220630
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg18.0395.4581179
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.05521.303422
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.81515.0711558
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.7591555
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.21225
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0010.02110457
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.021771
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.6626.5514602
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.6626.5514603
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.817.6284986
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.817.6284987
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.84234.9710256
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.84234.94110243
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.211→2.269 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.354 34 -
Rwork0.348 647 -
obs--10.17 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.55390.30560.31283.10760.03991.2270.04960.2943-0.3263-0.3030.04350.00970.12730.0859-0.09310.0536-0.0166-0.03150.11360.00440.07116.9734-6.497629.3558
22.23940.6864-0.36233.3373-0.24771.25720.07920.30180.2583-0.4221-0.01850.0485-0.1186-0.11-0.06070.1044-0.00480.04870.1076-0.01410.0746-15.923831.149133.2371
33.52110.5927-0.37723.4995-0.83571.2487-0.07050.06540.0801-0.00050.098-0.20080.04930.0701-0.02750.10460.0291-0.00330.12110.00720.0226-32.9836-17.606350.6949
43.92810.50040.35072.90390.71421.46-0.06130.09250.0633-0.16130.01370.3118-0.105-0.12690.04770.1290.01320.03950.0941-0.00340.0625-38.990742.778156.6065
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 311
2X-RAY DIFFRACTION2B3 - 310
3X-RAY DIFFRACTION3C8 - 311
4X-RAY DIFFRACTION4D9 - 311

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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