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- PDB-8r9a: A soakable crystal form of human CDK7 in complex with AMP-PNP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8r9a
タイトルA soakable crystal form of human CDK7 in complex with AMP-PNP
要素Cyclin-dependent kinase 7
キーワードCELL CYCLE / serine-threonine kinase / phosphorylation / cell cycle progression / ATP binding
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S5 kinase activity / snRNA transcription by RNA polymerase II / CAK-ERCC2 complex / transcription factor TFIIK complex / transcription factor TFIIH core complex / transcription factor TFIIH holo complex / [RNA-polymerase]-subunit kinase / RNA Polymerase I Transcription Termination / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE during HIV infection / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE ...RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S5 kinase activity / snRNA transcription by RNA polymerase II / CAK-ERCC2 complex / transcription factor TFIIK complex / transcription factor TFIIH core complex / transcription factor TFIIH holo complex / [RNA-polymerase]-subunit kinase / RNA Polymerase I Transcription Termination / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE during HIV infection / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / Formation of the HIV-1 Early Elongation Complex / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / mRNA Capping / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / RNA Polymerase I Transcription Initiation / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / ATP-dependent activity, acting on DNA / cyclin-dependent kinase / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / Cyclin E associated events during G1/S transition / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / RNA Polymerase II Transcription Elongation / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / Formation of RNA Pol II elongation complex / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / male germ cell nucleus / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / RNA Polymerase I Promoter Escape / Transcription-Coupled Nucleotide Excision Repair (TC-NER) / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Formation of Incision Complex in GG-NER / NoRC negatively regulates rRNA expression / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / Cyclin D associated events in G1 / fibrillar center / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / transcription by RNA polymerase II / protein kinase activity / regulation of cell cycle / protein stabilization / cell division / protein serine kinase activity / DNA repair / protein serine/threonine kinase activity / perinuclear region of cytoplasm / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cyclin-dependent kinase 7 / : / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-I74 / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Cyclin-dependent kinase 7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.71 Å
データ登録者Mukherjee, M. / Cleasby, A.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: Protein engineering enables a soakable crystal form of human CDK7 primed for high-throughput crystallography and structure-based drug design.
著者: Mukherjee, M. / Day, P.J. / Laverty, D. / Bueren-Calabuig, J.A. / Woodhead, A.J. / Griffiths-Jones, C. / Hiscock, S. / East, C. / Boyd, S. / O'Reilly, M.
履歴
登録2023年11月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年8月21日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclin-dependent kinase 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,7363
ポリマ－42,2361
非ポリマー5012
水3,729207
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area170 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area14290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)144.433, 40.417, 68.676
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Cyclin-dependent kinase 7


分子量: 42235.637 Da / 分子数: 1 / 変異: W132R,S164D, T170E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDK7 / 発現宿主: Spodoptera (蝶・蛾) / 株 (発現宿主): 9 / 参照: UniProt: P50613
#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 化合物 ChemComp-I74 / (3R,4R)-4-[[[7-[(phenylmethyl)amino]-3-propan-2-yl-pyrazolo[1,5-a]pyrimidin-5-yl]amino]methyl]piperidin-3-ol


分子量: 394.513 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H30N6O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 207 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.17 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: .2M Na2HPO4 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.99987 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.71→72.22 Å / Num. obs: 18453 / % possible obs: 85.5 % / 冗長度: 6.3 % / Rrim(I) all: 0.173 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 1.71→1.717 Å / Num. unique obs: 969 / Rrim(I) all: 1.232

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0232精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.71→72.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.857 / SU B: 7.792 / SU ML: 0.132 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.281 / ESU R Free: 0.251 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2939 995 5.1 %RANDOM
Rwork0.2198 ---
obs0.2236 18453 43.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 137.81 Å2 / Biso mean: 35.144 Å2 / Biso min: 3.97 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.19 Å2-0 Å2-0 Å2
2---1.16 Å20 Å2
3---0.98 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.71→72.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2273 0 76 207 2556
Biso mean--34.93 31.71 -
残基数----285
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0152414
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172243
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3051.7613278
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.4571.7165255
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.995.101297
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.81220.927110
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.27215.063398
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.2641515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0630.2309
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0010.0212664
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.021442
LS精密化 シェル解像度: 1.712→1.757 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.278 1 -
Rwork0.338 86 -
all-87 -
obs--2.68 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6724-0.42740.63814.46471.40861.4062-0.3299-0.03340.09551.18670.3185-0.23040.10890.06070.01140.3920.0883-0.09030.108-0.00550.0298-16.7266.278214.0739
20.4873-0.0173-0.23650.1426-0.0170.3794-0.02080.05380.0139-0.01120.00510.02440.025-0.00710.01570.0528-0.0026-0.00650.1146-0.00030.1011-19.4012-0.8756-11.0626
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A10 - 95
2X-RAY DIFFRACTION2A96 - 311

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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