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- PDB-8r80: SARS-CoV-2 Delta RBD in complex with XBB-9 Fab and an anti-Fab na... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8r80
タイトルSARS-CoV-2 Delta RBD in complex with XBB-9 Fab and an anti-Fab nanobody
要素
  • Spike protein S1
  • XBB-9 Fab heavy chain
  • XBB-9 Fab light chain
  • anti-Fab nanobody
キーワードVIRAL PROTEIN / SARS-CoV-2 / RBD / BA.2.86 / XBB.1.5 / XBB.1.5.10 / XBB.1.5.70
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / membrane fusion / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.03 Å
データ登録者Zhou, D. / Ren, J. / Stuart, D.I.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
CAMS Innovation Fund for Medical Sciences (CIFMS)2018-I2M-2-002 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/N00065X/1 英国
Wellcome Trust090532/Z/09/Z 英国
引用ジャーナル: Cell Rep Med / 年: 2024
タイトル: A structure-function analysis shows SARS-CoV-2 BA.2.86 balances antibody escape and ACE2 affinity.
著者: Chang Liu / Daming Zhou / Aiste Dijokaite-Guraliuc / Piyada Supasa / Helen M E Duyvesteyn / Helen M Ginn / Muneeswaran Selvaraj / Alexander J Mentzer / Raksha Das / Thushan I de Silva / ...著者: Chang Liu / Daming Zhou / Aiste Dijokaite-Guraliuc / Piyada Supasa / Helen M E Duyvesteyn / Helen M Ginn / Muneeswaran Selvaraj / Alexander J Mentzer / Raksha Das / Thushan I de Silva / Thomas G Ritter / Megan Plowright / Thomas A H Newman / Lizzie Stafford / Barbara Kronsteiner / Nigel Temperton / Yuan Lui / Martin Fellermeyer / Philip Goulder / Paul Klenerman / Susanna J Dunachie / Michael I Barton / Mikhail A Kutuzov / Omer Dushek / / Elizabeth E Fry / Juthathip Mongkolsapaya / Jingshan Ren / David I Stuart / Gavin R Screaton /
要旨: BA.2.86, a recently described sublineage of SARS-CoV-2 Omicron, contains many mutations in the spike gene. It appears to have originated from BA.2 and is distinct from the XBB variants responsible ...BA.2.86, a recently described sublineage of SARS-CoV-2 Omicron, contains many mutations in the spike gene. It appears to have originated from BA.2 and is distinct from the XBB variants responsible for many infections in 2023. The global spread and plethora of mutations in BA.2.86 has caused concern that it may possess greater immune-evasive potential, leading to a new wave of infection. Here, we examine the ability of BA.2.86 to evade the antibody response to infection using a panel of vaccinated or naturally infected sera and find that it shows marginally less immune evasion than XBB.1.5. We locate BA.2.86 in the antigenic landscape of recent variants and look at its ability to escape panels of potent monoclonal antibodies generated against contemporary SARS-CoV-2 infections. We demonstrate, and provide a structural explanation for, increased affinity of BA.2.86 to ACE2, which may increase transmissibility.
履歴
登録2023年11月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年6月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: XBB-9 Fab heavy chain
L: XBB-9 Fab light chain
E: Spike protein S1
R: Spike protein S1
N: anti-Fab nanobody
J: anti-Fab nanobody
A: XBB-9 Fab heavy chain
B: XBB-9 Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)169,5738
ポリマ－169,5738
非ポリマー00
水00
1
H: XBB-9 Fab heavy chain
L: XBB-9 Fab light chain
R: Spike protein S1
N: anti-Fab nanobody


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,7874
ポリマ－84,7874
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: Spike protein S1
J: anti-Fab nanobody
A: XBB-9 Fab heavy chain
B: XBB-9 Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,7874
ポリマ－84,7874
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)108.538, 126.398, 164.824
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 2 through 122 or resid 124 through 221))
d_2ens_1(chain "H" and (resid 2 through 122 or resid 124 through 221))
d_1ens_2chain "B"
d_2ens_2(chain "L" and resid 1 through 213)
d_1ens_3(chain "E" and (resid 333 through 442 or resid 444 through 518))
d_2ens_3(chain "R" and (resid 333 through 442 or resid 444 through 518))
d_1ens_4(chain "J" and (resid 1 through 2 or resid 4 through 120))
d_2ens_4(chain "N" and (resid 1 through 2 or resid 4 through 120))

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11ens_1VALVALTHRTHRAG2 - 1222 - 122
d_12ens_1GLYGLYSERSERAG124 - 221124 - 221
d_21ens_1VALVALTHRTHRHA2 - 1222 - 122
d_22ens_1GLYGLYSERSERHA124 - 221124 - 221
d_11ens_2ALAALAGLUGLUBH1 - 2131 - 213
d_21ens_2ALAALAGLUGLULB1 - 2131 - 213
d_11ens_3THRTHRASPASPEC333 - 4427 - 116
d_12ens_3LYSLYSLEULEUEC444 - 518118 - 192
d_21ens_3THRTHRASPASPRD333 - 4427 - 116
d_22ens_3LYSLYSLEULEURD444 - 518118 - 192
d_11ens_4GLNGLNVALVALJF1 - 25 - 6
d_12ens_4LEULEUSERSERJF4 - 1208 - 124
d_21ens_4GLNGLNVALVALNE1 - 25 - 6
d_22ens_4LEULEUSERSERNE4 - 1208 - 124

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2
ens_3
ens_4

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.103809731524, -0.26522270915, -0.958582523412), (-0.27205686683, -0.919460762598, 0.28386082374), (-0.956665354684, 0.29025647382, 0.0232933156485)-22.9689002113, -38.8452283628, -8.69547404427
2given(-0.165764139906, -0.266070769208, -0.94959391094), (-0.276528143495, -0.91174342488, 0.303736914192), (-0.946601519002, 0.312938129605, 0.0775583087932)-24.1700651996, -39.7385970184, -9.49172375932
3given(-0.129920209273, -0.378736862284, -0.916340072446), (-0.199086164503, -0.895387570693, 0.398303649685), (-0.971331785914, 0.234178323924, 0.0409276712966)-23.1105528616, -39.5314266344, -8.072668912
4given(-0.184397232356, -0.240665770939, -0.952931082187), (-0.30721936928, -0.906860557435, 0.288479095445), (-0.933602656294, 0.345953632829, 0.0932853905692)-23.6487945086, -39.9239229004, -8.97020887555

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要素

#1: 抗体 XBB-9 Fab heavy chain


分子量: 23516.543 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 XBB-9 Fab light chain


分子量: 23486.170 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質 Spike protein S1


分子量: 22935.734 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: S, 2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DTC2
#4: 抗体 anti-Fab nanobody


分子量: 14848.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M Calcium acetate hydrate, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 40% PEG 300.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97629 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年11月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97629 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.03→66 Å / Num. obs: 19426 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.4 % / Biso Wilson estimate: 166.91 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.386 / Rpim(I) all: 0.109 / Net I/σ(I): 5.4
反射 シェル解像度: 4.03→4.09 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.4 / Num. unique obs: 923 / CC1/2: 0.25 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
GDA1.20.1_4487データ収集
PHENIX1.20.1_4487精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 4.03→65.64 Å / SU ML: 0.7264 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.232
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3133 944 4.9 %
Rwork0.2684 18334 -
obs0.2706 19278 99.43 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 203.78 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.03→65.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11360 0 0 0 11360
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00211632
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.465615810
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04111745
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00392049
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.60864168
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2GAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.20883263007
ens_2d_2HBX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.877084371592
ens_3d_2CEX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.282325491752
ens_4d_2FJX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.26122960886
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
4.03-4.240.38241370.36312479X-RAY DIFFRACTION96.53
4.24-4.50.3591400.3162595X-RAY DIFFRACTION99.89
4.5-4.850.28161350.26892581X-RAY DIFFRACTION100
4.85-5.340.3021290.2582618X-RAY DIFFRACTION99.96
5.34-6.110.31021440.2652613X-RAY DIFFRACTION99.93
6.11-7.70.36451130.29512673X-RAY DIFFRACTION99.93
7.7-65.640.28871460.23712775X-RAY DIFFRACTION99.76
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -29.2594010336 Å / Origin y: -14.4402221066 Å / Origin z: 14.5315721748 Å
111213212223313233
T1.59255810148 Å2-0.0908659761075 Å20.0347082285296 Å2-1.76696350102 Å2-0.0194851011771 Å2--1.59906000835 Å2
L1.25520441474 °2-0.178496502739 °2-0.589689161334 °2-0.830413008124 °20.526557152051 °2--1.07878307003 °2
S-0.25556543646 Å °0.149794734972 Å °-0.034237135674 Å °0.177200817268 Å °0.118165850701 Å °-0.081819087866 Å °0.0644083214135 Å °0.381978992398 Å °0.0726417218434 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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