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- PDB-8r7z: transcription factor BARHL2 homodimer with spacing four bp -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8r7z
タイトルtranscription factor BARHL2 homodimer with spacing four bp
要素
  • BarH-like 2 homeobox protein
  • DNA (5'-D(P*AP*CP*CP*GP*TP*TP*TP*AP*G)-3')
  • DNA (5'-D(P*CP*TP*AP*AP*AP*CP*GP*GP*T)-3')
  • DNA (5'-D(P*CP*TP*AP*AP*AP*CP*GP*GP*TP*AP*GP*CP*AP*AP*TP*TP*AP*G)-3')
  • DNA (5'-D(P*CP*TP*AP*AP*TP*TP*GP*CP*TP*AP*CP*CP*GP*TP*TP*TP*AP*G)-3')
キーワードTRANSCRIPTION / transcription factor / homeobox protein / homodimer / complex with specific DNA
機能・相同性
機能・相同性情報


amacrine cell differentiation / cell fate determination / regulation of axon extension / positive regulation of translation / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / neuron migration / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / regulation of transcription by RNA polymerase II ...amacrine cell differentiation / cell fate determination / regulation of axon extension / positive regulation of translation / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / neuron migration / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Homeobox domain, metazoa / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / Homeodomain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / Homeobox-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / BarH-like 2 homeobox protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.26 Å
データ登録者Morgunova, E. / Popov, A. / Yin, Y. / Taipale, J.
資金援助 スウェーデン, 1件
組織認可番号国
Swedish Research CouncilC24905003 スウェーデン
引用ジャーナル: Nature / 年: 2025
タイトル: DNA-guided transcription factor interactions extend human gene regulatory code.
著者: Xie, Z. / Sokolov, I. / Osmala, M. / Yue, X. / Bower, G. / Pett, J.P. / Chen, Y. / Wang, K. / Cavga, A.D. / Popov, A. / Teichmann, S.A. / Morgunova, E. / Kvon, E.Z. / Yin, Y. / Taipale, J.
履歴
登録2023年11月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22025年6月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: BarH-like 2 homeobox protein
D: DNA (5'-D(P*CP*TP*AP*AP*AP*CP*GP*GP*T)-3')
B: DNA (5'-D(P*AP*CP*CP*GP*TP*TP*TP*AP*G)-3')
A: BarH-like 2 homeobox protein
G: BarH-like 2 homeobox protein
H: DNA (5'-D(P*CP*TP*AP*AP*TP*TP*GP*CP*TP*AP*CP*CP*GP*TP*TP*TP*AP*G)-3')
I: DNA (5'-D(P*CP*TP*AP*AP*AP*CP*GP*GP*TP*AP*GP*CP*AP*AP*TP*TP*AP*G)-3')
K: BarH-like 2 homeobox protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,8819
ポリマ－45,8588
非ポリマー231
水1086
1
E: BarH-like 2 homeobox protein
D: DNA (5'-D(P*CP*TP*AP*AP*AP*CP*GP*GP*T)-3')
B: DNA (5'-D(P*AP*CP*CP*GP*TP*TP*TP*AP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,8334
ポリマ－12,8103
非ポリマー231
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2780 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area6250 Å2
手法PISA
2
A: BarH-like 2 homeobox protein
G: BarH-like 2 homeobox protein
H: DNA (5'-D(P*CP*TP*AP*AP*TP*TP*GP*CP*TP*AP*CP*CP*GP*TP*TP*TP*AP*G)-3')
I: DNA (5'-D(P*CP*TP*AP*AP*AP*CP*GP*GP*TP*AP*GP*CP*AP*AP*TP*TP*AP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7094
ポリマ－25,7094
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5420 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area12400 Å2
手法PISA
3
K: BarH-like 2 homeobox protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,3391
ポリマ－7,3391
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area3430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)159.955, 159.955, 159.955
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number199
Space group name H-MI213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11E-500-

NA

21B-101-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 EAGK

#1: タンパク質
BarH-like 2 homeobox protein


分子量: 7339.279 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: the residue 63 - NA is a sodium ion / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BARHL2 / プラスミド: pETG20A-SBP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NY43

-
DNA鎖 , 4種, 4分子 DBHI

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*TP*AP*AP*AP*CP*GP*GP*T)-3')


分子量: 2739.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*CP*CP*GP*TP*TP*TP*AP*G)-3')


分子量: 2730.810 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*TP*AP*AP*TP*TP*GP*CP*TP*AP*CP*CP*GP*TP*TP*TP*AP*G)-3')


分子量: 5481.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#5: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*TP*AP*AP*AP*CP*GP*GP*TP*AP*GP*CP*AP*AP*TP*TP*AP*G)-3')


分子量: 5548.630 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 2種, 7分子

#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.98 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.05M Sodium Cacodilate buffer (pH 6.5), PEG (4000), PEG(200)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97626 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97626 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.26→46.17 Å / Num. obs: 10697 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 21.5 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.179 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.184 / Χ2: 1.02 / Net I/σ(I): 8.7 / Num. measured all: 230484
反射 シェル解像度: 3.26→3.52 Å / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 19.6 % / Rmerge(I) obs: 5.142 / Num. measured all: 41538 / Num. unique obs: 2115 / CC1/2: 0.204 / Rpim(I) all: 1.171 / Rrim(I) all: 5.28 / Χ2: 1.01 / Net I/σ(I) obs: 0.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0419精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.26→43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 56.323 / SU ML: 0.387 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.461 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25246 521 4.9 %RANDOM
Rwork0.19764 ---
obs0.20067 10173 99.27 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 175.88 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.26→43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1959 1107 1 6 3073
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0113230
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0162519
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2971.8344575
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.5621.7715789
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8125224
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg10.338529
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.52410386
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2494
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.023125
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02754
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it12.37310.706907
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other12.36810.709907
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it17.92919.1781127
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other17.93519.1741128
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it13.0310.8262323
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other13.02710.8262324
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other19.36219.5023449
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined23.385116.874062
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other23.382116.864063
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.262→3.347 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.468 29 -
Rwork0.382 681 -
obs--91.03 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
110.6985-0.9335-0.72055.95071.0838.01070.2242-0.14370.2450.1202-0.23960.3327-0.2304-0.24010.01540.09820.05810.09710.09240.0490.1107-25.3437-14.5958-3.1847
28.7401-3.88875.67331.982-2.18514.7785-0.699-1.33280.01160.31560.7851-0.4404-0.82690.1006-0.08610.896-0.0891-0.24471.22490.24111.112813.9287-18.488921.2001
312.4529-3.8587-4.53212.6021-0.56584.4841-0.5363-1.4582-0.88620.43280.44020.3439-0.06790.40030.09610.3445-0.1692-0.03370.40110.25440.4009-27.4665-24.60766.7299
410.5133-2.85290.890811.1666-1.49598.91130.2026-0.4907-0.04530.1908-0.0452-0.90710.01580.7609-0.15740.20850.0282-0.10160.4155-0.00890.20233.9997-15.15064.0106
53.3798-0.24191.3686.15930.00637.29310.11840.4131-0.0046-0.26810.5028-1.1939-0.01060.8093-0.62120.98510.0152-0.01411.50190.16181.616430.7339-28.910921.8642
610.57372.682-0.50214.34332.05081.3937-0.0774-0.58580.00830.5129-0.18750.10140.32070.18890.26490.49380.03980.01830.72430.33770.656611.7272-39.572230.8772
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1E232 - 291
2X-RAY DIFFRACTION2I1 - 18
3X-RAY DIFFRACTION2H1 - 18
4X-RAY DIFFRACTION3B10 - 18
5X-RAY DIFFRACTION3D1 - 9
6X-RAY DIFFRACTION4A223 - 291
7X-RAY DIFFRACTION5G232 - 291
8X-RAY DIFFRACTION6K240 - 287

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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