[日本語] English
万見
- PDB-8bzm: FOXK1-ELF1-heterodimer bound to DNA -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8bzm
タイトルFOXK1-ELF1-heterodimer bound to DNA
要素
  • (DNA) x 2
  • ETS-related transcription factor Elf-1
  • Forkhead box protein K1
キーワードTRANSCRIPTION / transcription factor / DNA-binding protein / protein-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


RUNX1 regulates transcription of genes involved in BCR signaling / RUNX1 regulates transcription of genes involved in interleukin signaling / canonical glycolysis / negative regulation of T cell receptor signaling pathway / muscle organ development / response to starvation / intracellular glucose homeostasis / regulation of glucose metabolic process / 14-3-3 protein binding / negative regulation of autophagy ...RUNX1 regulates transcription of genes involved in BCR signaling / RUNX1 regulates transcription of genes involved in interleukin signaling / canonical glycolysis / negative regulation of T cell receptor signaling pathway / muscle organ development / response to starvation / intracellular glucose homeostasis / regulation of glucose metabolic process / 14-3-3 protein binding / negative regulation of autophagy / regulation of cytokine production / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific double-stranded DNA binding / UCH proteinases / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Transcription factor Elf, N-terminal / Transcription factor protein N terminal / : / Fork head domain conserved site1 / Fork head domain signature 1. / Fork head domain / Forkhead domain / Fork head domain profile. / FORKHEAD / Fork head domain conserved site 2 ...Transcription factor Elf, N-terminal / Transcription factor protein N terminal / : / Fork head domain conserved site1 / Fork head domain signature 1. / Fork head domain / Forkhead domain / Fork head domain profile. / FORKHEAD / Fork head domain conserved site 2 / Fork head domain signature 2. / Ets-domain signature 1. / Ets-domain signature 2. / Ets domain / ETS family / Ets-domain / Ets-domain profile. / erythroblast transformation specific domain / Forkhead associated domain / Forkhead-associated (FHA) domain profile. / FHA domain / Forkhead-associated (FHA) domain / SMAD/FHA domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / ETS-related transcription factor Elf-1 / Forkhead box protein K1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.69 Å
データ登録者Morgunova, E. / Popov, A. / Yin, Y. / Taipale, J.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nature / 年: 2025
タイトル: DNA-guided transcription factor interactions extend human gene regulatory code.
著者: Xie, Z. / Sokolov, I. / Osmala, M. / Yue, X. / Bower, G. / Pett, J.P. / Chen, Y. / Wang, K. / Cavga, A.D. / Popov, A. / Teichmann, S.A. / Morgunova, E. / Kvon, E.Z. / Yin, Y. / Taipale, J.
履歴
登録2022年12月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月23日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
G: DNA
A: Forkhead box protein K1
E: Forkhead box protein K1
F: DNA
C: DNA
D: DNA
I: Forkhead box protein K1
J: Forkhead box protein K1
B: ETS-related transcription factor Elf-1
H: ETS-related transcription factor Elf-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,50811
ポリマ－87,41610
非ポリマー921
水61334
1
G: DNA
E: Forkhead box protein K1
F: DNA
H: ETS-related transcription factor Elf-1
ヘテロ分子

I: Forkhead box protein K1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,8006
ポリマ－43,7085
非ポリマー921
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_646-x+1,y-1/2,-z+11
Buried area6670 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area19350 Å2
2
A: Forkhead box protein K1
C: DNA
D: DNA
B: ETS-related transcription factor Elf-1

J: Forkhead box protein K1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,7085
ポリマ－43,7085
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y+1/2,-z1
Buried area6360 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area19380 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)66.181, 105.868, 68.194
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.94, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
33
44
55
66
77
88
99
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9

-
要素

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 GDFC

#1: DNA鎖 DNA


分子量: 5134.330 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: chain G (A) contains a sequence TTACTTCCTGTTTACGT / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: DNA鎖 DNA


分子量: 5590.684 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
タンパク質 , 2種, 6分子 AEIJBH

#2: タンパク質
Forkhead box protein K1 / Myocyte nuclear factor / MNF


分子量: 11114.596 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FOXK1, MNF / プラスミド: pETG20A-SBP / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: P85037
#4: タンパク質 ETS-related transcription factor Elf-1 / E74-like factor 1


分子量: 10753.660 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELF1 / プラスミド: pETG20A-SBP / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: P32519

-
非ポリマー , 2種, 35分子

#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2 / 詳細: PEG MME 3350, PEG 200, magnesium chloride, HEPES

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.6199 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.6199 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.69→49.49 Å / Num. obs: 23997 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.9 % / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.2 / Rpim(I) all: 0.116 / Rrim(I) all: 0.232 / Net I/σ(I): 3.9 / Num. measured all: 92854
反射 シェル解像度: 2.69→2.84 Å / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 1.999 / Num. measured all: 13710 / Num. unique obs: 3493 / CC1/2: 0.399 / Rpim(I) all: 1.147 / Rrim(I) all: 2.31 / Net I/σ(I) obs: 0.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.69→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.889 / SU B: 46.509 / SU ML: 0.786 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.475 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3236 1218 5.3 %RANDOM
Rwork0.27053 ---
obs0.27352 21947 96.43 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 113.019 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.17 Å20 Å211.15 Å2
2---13.65 Å20 Å2
3---0.03 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.69→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4600 1408 6 34 6048
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0126469
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0155378
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6931.6798926
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1151.58112413
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2915.441916
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.8920.069288
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.98315858
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.971549
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1610.22924
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.026189
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021492
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it8.8812.4422223
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other8.87412.4422222
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it13.95618.6312774
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other13.95418.6322775
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.75511.3024246
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other7.75511.3014247
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other12.43316.8236152
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined16.99118545
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other16.99118545
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11G13990.08
12D13990.08
21A30620.1
22E30620.1
31A28920.13
32I28920.13
41A29780.13
42J29780.13
51E29500.12
52I29500.12
61E30230.12
62J30230.12
71F13980.08
72C13980.08
81I31180.09
82J31180.09
91B29980.06
92H29980.06
LS精密化 シェル解像度: 2.695→2.765 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.426 78 -
Rwork0.503 1355 -
obs--80.91 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る