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- PDB-8r7y: Deoxyribonucleoside regulator DeoR in complex with the DNA operator -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8r7y
タイトルDeoxyribonucleoside regulator DeoR in complex with the DNA operator
要素
  • Deoxyribonucleoside regulator
  • OL18 DNA operator, strand 1
  • OL18 DNA operator, strand 2
キーワードDNA BINDING PROTEIN / transcriptional repressor / protein-DNA complex / Bacillus subtilis
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate binding / DNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Homeodomain-like domain / Sugar-binding domain, putative / : / Putative sugar-binding domain / NagB/RpiA transferase-like / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Deoxyribonucleoside regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Pachl, P. / Soltysova, M. / Rezacova, P.
資金援助 チェコ, 1件
組織認可番号国
Ministry of Education (MoE, Czech Republic)8J23FR035 チェコ
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2024
タイトル: Structural characterization of two prototypical repressors of SorC family reveals tetrameric assemblies on DNA and mechanism of function.
著者: Markéta Šoltysová / Jana Škerlová / Petr Pachl / Karel Škubník / Milan Fábry / Irena Sieglová / Martina Farolfi / Irina Grishkovskaya / Michal Babiak / Jiří Nováček / Libor ...著者: Markéta Šoltysová / Jana Škerlová / Petr Pachl / Karel Škubník / Milan Fábry / Irena Sieglová / Martina Farolfi / Irina Grishkovskaya / Michal Babiak / Jiří Nováček / Libor Krásný / Pavlína Řezáčová /
要旨: The SorC family of transcriptional regulators plays a crucial role in controlling the carbohydrate metabolism and quorum sensing. We employed an integrative approach combining X-ray crystallography ...The SorC family of transcriptional regulators plays a crucial role in controlling the carbohydrate metabolism and quorum sensing. We employed an integrative approach combining X-ray crystallography and cryo-electron microscopy to investigate architecture and functional mechanism of two prototypical representatives of two sub-classes of the SorC family: DeoR and CggR from Bacillus subtilis. Despite possessing distinct DNA-binding domains, both proteins form similar tetrameric assemblies when bound to their respective DNA operators. Structural analysis elucidates the process by which the CggR-regulated gapA operon is derepressed through the action of two effectors: fructose-1,6-bisphosphate and newly confirmed dihydroxyacetone phosphate. Our findings provide the first comprehensive understanding of the DNA binding mechanism of the SorC-family proteins, shedding new light on their functional characteristics.
履歴
登録2023年11月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Deoxyribonucleoside regulator
B: Deoxyribonucleoside regulator
C: Deoxyribonucleoside regulator
D: Deoxyribonucleoside regulator
E: OL18 DNA operator, strand 1
F: OL18 DNA operator, strand 2
G: OL18 DNA operator, strand 2
H: OL18 DNA operator, strand 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,2398
ポリマ－165,2398
非ポリマー00
水1448
1
A: Deoxyribonucleoside regulator
B: Deoxyribonucleoside regulator
G: OL18 DNA operator, strand 2
H: OL18 DNA operator, strand 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,6204
ポリマ－82,6204
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6010 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area35090 Å2
手法PISA
2
C: Deoxyribonucleoside regulator
D: Deoxyribonucleoside regulator
E: OL18 DNA operator, strand 1
F: OL18 DNA operator, strand 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,6204
ポリマ－82,6204
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6020 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area34720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)166.672, 166.672, 331.697
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21A
32A
42A

NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 1 - 312 / Label seq-ID: 6 - 317

Dom-IDComponent-IDEns-ID
111
211
322
422

NCSアンサンブル:
ID詳細
1Global NCS restraints between domains: 1 2
2Global NCS restraints between domains: 3 4

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要素

#1: タンパク質
Deoxyribonucleoside regulator


分子量: 35796.676 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The N-terminal GIDPFT sequence is a cloning artefact.
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
遺伝子: deoR / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P39140
#2: DNA鎖 OL18 DNA operator, strand 1


分子量: 5519.612 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
#3: DNA鎖 OL18 DNA operator, strand 2


分子量: 5506.630 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.6 % / 解説: Thin needle-shaped crystal.
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.3
詳細: The volume ratio of the protein/DNA solution and precipitant solution - 1:2 Precipitant solution: 50 mM sodium cacodylate, pH 6.3, 75 mM CaCl2, 25 mM MgCl2, 3.5% (v/v) PEG 2K Crystal was cryo- ...詳細: The volume ratio of the protein/DNA solution and precipitant solution - 1:2 Precipitant solution: 50 mM sodium cacodylate, pH 6.3, 75 mM CaCl2, 25 mM MgCl2, 3.5% (v/v) PEG 2K Crystal was cryo-protected by a quick soaking in 25% (v/v) glycerol.
Temp details: Grown in an air-conditioned room.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9141 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9141 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.6→50 Å / Num. obs: 32081 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 122.8 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rrim(I) all: 0.748 / Net I/σ(I): 4.86
反射 シェル
解像度 (Å)Mean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) allDiffraction-ID% possible all
3.6-3.810.3549120.1238.886196.4
3.81-4.080.5347630.2976.256198.9
4.08-4.40.9144630.5483.563199.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0405精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.7→48.924 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU B: 91.089 / SU ML: 1.116 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.795
詳細: Hydrogens have been used if present in the input file
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3328 1482 5.001 %
Rwork0.2655 28152 -
all0.269 --
obs-29634 99.2 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 172.198 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.194 Å20.597 Å20 Å2
2--1.194 Å2-0 Å2
3----3.873 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.7→48.924 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9792 1464 0 8 11264
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.01211591
X-RAY DIFFRACTIONr_ext_dist_refined_b0.040.004133
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2111.66915969
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg20.2244.4611878
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg5.901569
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.1279.461974
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg15.7359.724499
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2030.2021874
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.028173
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2530.25858
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3150.27943
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1880.2354
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.4210.2279
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2290.222
X-RAY DIFFRACTIONr_paralell_plane_angle_deg4.8460.667
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it14.01217.0784984
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it22.76630.6646223
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it15.77517.3916607
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it25.46731.5579746
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it36.36233.13453899
Refine LS restraints NCS

Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: medium positional; mediume thermal / Weight Biso : 2 / Weight position: 0.5

Ens-IDDom-IDRms dev Biso (Å2)Rms dev position (Å)
1120.657250.70856
1220.657250.70856
2322.136130.75009
2422.136130.75009
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
3.7-3.7960.4391040.44919790.44921470.8160.84797.01910.442
3.796-3.8990.4221040.44119650.4420940.8320.81698.80610.436
3.899-4.0110.4711000.40618970.40920230.8370.85698.71480.4
4.011-4.1340.436980.39218670.39419830.8140.86799.09230.389
4.134-4.2680.448960.37518340.37919400.8260.86399.48450.368
4.268-4.4170.402930.35717530.35918590.8180.88199.30070.346
4.417-4.5820.392890.33217050.33518030.8670.90599.50080.312
4.582-4.7680.408870.30116380.30617370.8910.92699.30920.282
4.768-4.9770.352830.30115910.30416790.9040.92999.70220.276
4.977-5.2180.355800.26115230.26616120.9120.94799.44170.231
5.218-5.4960.321770.24614450.2515250.9260.95799.80330.208
5.496-5.8250.382720.26213860.26814620.8970.95299.72640.222
5.825-6.2210.311700.25813110.26113820.9370.95799.92760.213
6.221-6.7110.317640.26712330.2712980.9320.95599.9230.223
6.711-7.3370.351600.20811370.21512000.9370.97199.750.167
7.337-8.180.257550.16910330.17310910.9580.9899.7250.139
8.18-9.4020.209490.1569400.1589950.9740.98499.3970.135
9.402-11.410.241430.1458100.1498530.9640.9871000.133
11.41-15.7150.208350.26610.26960.9770.981000.187
15.715-48.9240.396230.3164380.324660.9090.94298.9270.3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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