PDB-8r7r: human connexin36 gap junction channel in complex with quinidine

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8r7r

タイトル

human connexin36 gap junction channel in complex with quinidine

要素

Gap junction delta-2 protein

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / connexin in complex with inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

Electric Transmission Across Gap Junctions / connexin complex / gap junction channel activity / Gap junction assembly / neuronal action potential / visual perception / cell-cell signaling / chemical synaptic transmission / synapse / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.97 Å

データ登録者

Ding, X.Y. / Blum, T.B. / Korkhov, V.M.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: human connexin36 gap junction channel in complex with quinidine
著者: Ding, X.Y. / Blum, T.B. / Korkhov, V.M.

履歴

登録	2023年11月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年10月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月13日	Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / Item: _em_admin.last_update

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8r7r.cif.gz	811.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8r7r.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8r7r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8r7r_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8r7r_full_validation.pdf.gz	2 MB	表示
XML形式データ	8r7r_validation.xml.gz	61.8 KB	表示
CIF形式データ	8r7r_validation.cif.gz	88.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r7/8r7r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r7/8r7r	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	18989MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Gap junction delta-2 protein

B: Gap junction delta-2 protein

C: Gap junction delta-2 protein

D: Gap junction delta-2 protein

E: Gap junction delta-2 protein

F: Gap junction delta-2 protein

G: Gap junction delta-2 protein

H: Gap junction delta-2 protein

I: Gap junction delta-2 protein

J: Gap junction delta-2 protein

K: Gap junction delta-2 protein

L: Gap junction delta-2 protein

ヘテロ分子

449 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	Gap junction delta-2 protein 分子量: 37078.766 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GJD2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UKL4
#2: 化合物	ChemComp-QDN / Quinidine / (9S)-6'-methoxycinchonan-9-ol 分子量: 324.417 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₄N₂O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗不整脈薬*YM
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: human connexin36 gap junction channel in complex with quinidine タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液	pH: 8
試料	濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 %

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1000 nm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ	凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影	電子線照射量: 55 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487 / カテゴリ: モデル精密化

CTF補正

タイプ: NONE

3次元再構成

解像度: 2.97 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 39915 / 対称性のタイプ: POINT

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.003	17460
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.499	23748
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	5.994	2568
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.04	2772
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.003	2868

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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