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- PDB-8r7g: Crystal structure of the kinase domain of ACVR1 (ALK2) with M4K2234 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8r7g
タイトルCrystal structure of the kinase domain of ACVR1 (ALK2) with M4K2234
要素Activin receptor type I
キーワードSIGNALING PROTEIN / ALK2 / ACVR1 / kinase (キナーゼ) / inhibitor (酵素阻害剤) / M4K2234
機能・相同性
機能・相同性情報


endocardial cushion cell fate commitment / mitral valve morphogenesis / atrial septum primum morphogenesis / endocardial cushion fusion / BMP receptor complex / BMP receptor activity / cardiac muscle cell fate commitment / activin receptor activity, type I / positive regulation of cardiac epithelial to mesenchymal transition / positive regulation of determination of dorsal identity ...endocardial cushion cell fate commitment / mitral valve morphogenesis / atrial septum primum morphogenesis / endocardial cushion fusion / BMP receptor complex / BMP receptor activity / cardiac muscle cell fate commitment / activin receptor activity, type I / positive regulation of cardiac epithelial to mesenchymal transition / positive regulation of determination of dorsal identity / acute inflammatory response / transforming growth factor beta receptor activity, type I / activin receptor complex / endocardial cushion formation / smooth muscle cell differentiation / receptor protein serine/threonine kinase / transmembrane receptor protein serine/threonine kinase activity / pharyngeal system development / activin binding / cellular response to BMP stimulus / activin receptor signaling pathway / negative regulation of activin receptor signaling pathway / transforming growth factor beta binding / embryonic heart tube morphogenesis / gastrulation with mouth forming second / dorsal/ventral pattern formation / determination of left/right symmetry / 神経堤 / atrioventricular valve morphogenesis / branching involved in blood vessel morphogenesis / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / ventricular septum morphogenesis / germ cell development / SMAD binding / peptide hormone binding / positive regulation of SMAD protein signal transduction / mesoderm formation / regulation of ossification / positive regulation of osteoblast differentiation / BMP signaling pathway / positive regulation of bone mineralization / negative regulation of signal transduction / protein tyrosine kinase binding / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / cellular response to growth factor stimulus / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / apical part of cell / heart development / in utero embryonic development / protein kinase activity / positive regulation of cell migration / cadherin binding / リン酸化 / protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP binding / metal ion binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
GS domain / Transforming growth factor beta type I GS-motif / GS domain profile. / GS motif / Activin types I and II receptor domain / Activin types I and II receptor domain / Ser/Thr protein kinase, TGFB receptor / Snake toxin-like superfamily / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain ...GS domain / Transforming growth factor beta type I GS-motif / GS domain profile. / GS motif / Activin types I and II receptor domain / Activin types I and II receptor domain / Ser/Thr protein kinase, TGFB receptor / Snake toxin-like superfamily / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Activin receptor type-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.09 Å
データ登録者Williams, E.P. / Cros, J. / Ensan, D. / Smil, D. / Edwards, A.M. / O'Meara, J.A. / Fernandez-Cid, A. / Isaac, M.B. / Al-awar, R. / Bullock, A.N.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Innovative Medicines Initiative スイス
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Targeting ALK2: An Open Science Approach to Developing Therapeutics for the Treatment of Diffuse Intrinsic Pontine Glioma.
著者: Ensan, D. / Smil, D. / Zepeda-Velazquez, C.A. / Panagopoulos, D. / Wong, J.F. / Williams, E.P. / Adamson, R. / Bullock, A.N. / Kiyota, T. / Aman, A. / Roberts, O.G. / Edwards, A.M. / O'Meara, ...著者: Ensan, D. / Smil, D. / Zepeda-Velazquez, C.A. / Panagopoulos, D. / Wong, J.F. / Williams, E.P. / Adamson, R. / Bullock, A.N. / Kiyota, T. / Aman, A. / Roberts, O.G. / Edwards, A.M. / O'Meara, J.A. / Isaac, M.B. / Al-Awar, R.
履歴
登録2023年11月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Activin receptor type I
B: Activin receptor type I
C: Activin receptor type I
D: Activin receptor type I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,0018
ポリマ－138,1514
非ポリマー1,8504
水1,74797
1
A: Activin receptor type I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,0002
ポリマ－34,5381
非ポリマー4631
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Activin receptor type I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,0002
ポリマ－34,5381
非ポリマー4631
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Activin receptor type I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,0002
ポリマ－34,5381
非ポリマー4631
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Activin receptor type I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,0002
ポリマ－34,5381
非ポリマー4631
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)82.818, 100.594, 83.584
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 118.130, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and ((resid 206 through 209 and (name N...
d_2ens_1(chain "B" and ((resid 206 through 209 and (name N...
d_3ens_1(chain "C" and ((resid 206 through 209 and (name N...
d_4ens_1(chain "D" and ((resid 206 through 209 and (name N...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11ARGARGGLYGLYAA206 - 2178 - 19
d_12TYRTYRLEULEUAA219 - 27921 - 81
d_13LEULEUGLNGLNAA281 - 36383 - 165
d_14VALVALILEILEAA376 - 498178 - 300
d_15234234234234AE501
d_21ARGARGGLYGLYBB206 - 2178 - 19
d_22TYRTYRARGARGBB219 - 27321 - 75
d_23SERSERLEULEUBB276 - 27978 - 81
d_24LEULEUGLNGLNBB281 - 36383 - 165
d_25VALVALILEILEBB376 - 498178 - 300
d_26234234234234BF501
d_31ARGARGARGARGCC206 - 2738 - 75
d_32SERSERLEULEUCC276 - 27978 - 81
d_33LEULEUILEILECC281 - 49883 - 300
d_34234234234234CG501
d_41ARGARGGLYGLYDD206 - 2178 - 19
d_42TYRTYRARGARGDD219 - 27321 - 75
d_43SERSERLEULEUDD276 - 27978 - 81
d_44LEULEUGLNGLNDD281 - 36383 - 165
d_45VALVALILEILEDD376 - 498178 - 300
d_46234234234234DH501

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.991387835916, -0.0205886185024, -0.129330072239), (-0.0183473165542, -0.999660545878, 0.0184978104173), (-0.129667014975, -0.0159656444635, -0.99142905113)-8.90100462216, -33.8525032785, -70.6556690019
2given(0.0506616253608, 0.998559823829, 0.0176544031666), (0.987617506742, -0.0474628165366, -0.149529065482), (-0.148475789586, 0.0250111831344, -0.988599706972)-27.8254381736, -19.3899578675, -100.97629614
3given(-0.0334258052967, 0.999411781898, -0.00766849032195), (-0.995336286134, -0.0325928427189, 0.0907930840345), (0.09048974, 0.0106675586265, 0.995840253328)9.56019026361, -15.9035765714, -45.2351788208

-
要素

#1: タンパク質
Activin receptor type I


分子量: 34537.633 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACVR1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q04771, receptor protein serine/threonine kinase
#2: 化合物
ChemComp-YEE / 2-fluoranyl-6-methoxy-4-[4-methyl-5-[4-(4-propan-2-ylpiperazin-1-yl)phenyl]pyridin-3-yl]benzamide


分子量: 462.559 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H31FN4O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.76 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2 / 詳細: 5% PEG1000, 40% ethanol, 0.1M citrate pH 4.2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.086→73.71 Å / Num. obs: 71743 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 48.33 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Net I/σ(I): 11.71
反射 シェル解像度: 2.086→2.161 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.82 / Num. unique obs: 6977 / CC1/2: 0.395

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
xia2データ削減
DIALSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.09→73.71 Å / SU ML: 0.3397 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.2881
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2533 3673 5.12 %
Rwork0.2267 68060 -
obs0.2281 71733 99.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 60.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.09→73.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8768 0 136 97 9001
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00499135
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.778212468
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04591398
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00691576
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.88891291
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAsym-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.526488892745
ens_1d_3AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.00824586911
ens_1d_4AAX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.701995410263
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.09-2.110.3971280.36372508X-RAY DIFFRACTION96.13
2.11-2.140.32491510.35852585X-RAY DIFFRACTION98.17
2.14-2.170.38651550.34042556X-RAY DIFFRACTION99.6
2.17-2.210.37241500.352620X-RAY DIFFRACTION99.57
2.21-2.240.38451370.32232619X-RAY DIFFRACTION99.82
2.24-2.280.3361230.3182586X-RAY DIFFRACTION99.96
2.28-2.320.35331240.30772657X-RAY DIFFRACTION99.93
2.32-2.360.35051460.30162598X-RAY DIFFRACTION100
2.36-2.40.28261590.30412589X-RAY DIFFRACTION99.96
2.4-2.450.33711400.29232645X-RAY DIFFRACTION100
2.45-2.510.33161540.28112609X-RAY DIFFRACTION99.96
2.51-2.560.32521360.27182593X-RAY DIFFRACTION100
2.56-2.630.30441280.27042623X-RAY DIFFRACTION100
2.63-2.70.28931320.25932654X-RAY DIFFRACTION100
2.7-2.780.26951230.24752635X-RAY DIFFRACTION100
2.78-2.870.26151100.25092666X-RAY DIFFRACTION100
2.87-2.970.29051540.24912614X-RAY DIFFRACTION100
2.97-3.090.26371460.25242600X-RAY DIFFRACTION99.96
3.09-3.230.28151850.2572577X-RAY DIFFRACTION99.96
3.23-3.40.25881310.2372640X-RAY DIFFRACTION100
3.4-3.610.28011200.2222656X-RAY DIFFRACTION100
3.61-3.890.24641850.21412592X-RAY DIFFRACTION99.93
3.89-4.280.21141530.18212615X-RAY DIFFRACTION100
4.28-4.90.20371120.16972678X-RAY DIFFRACTION99.96
4.9-6.180.22551530.20282644X-RAY DIFFRACTION100
6.18-73.710.18611380.18982701X-RAY DIFFRACTION99.4
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.021390366140.207714352709-0.2083533799141.91091134711-0.2272423420421.71913199811-0.1941421581140.4965853627740.243206186141-0.2538385050340.001064455921510.115113870262-0.04428327829790.1410325581910.1903371151290.450826478038-0.0855435194519-0.02154157927710.6430418318710.02589175510550.48941383386510.81962316734.81703393981-45.7879852079
22.441490577380.803446573791-0.1670799727982.08613144758-0.6368395575331.66659279506-0.1852897353620.66818677577-0.385586143615-0.2160173941820.211481795244-0.040620174630.1085422244870.185178870744-0.04796084482960.402056113409-0.0362350971809-0.006981650874280.467467406411-0.04849870761520.5218639458750.1036446984-4.91169005661-35.0776105654
32.118197850350.01891431823260.2799956884131.745571877890.3902651804021.8978957544-0.0218710381531-0.1509823517960.1541030796980.1316188727540.0283157100356-0.101290820755-0.1811180658950.188180739719-0.02252526876540.358316909996-0.0175204976767-0.03228494310950.3600090170170.02800109047680.422280464819-1.777570450961.84155660934-22.6267473152
42.61939521741-0.947302085659-0.6297476295741.26769708803-0.7995297719152.76548126559-0.115812740785-0.158840767868-0.043011106435-0.007759845782320.0693288366282-0.1625594522140.227549330020.4147981662230.05160510336780.3825690328160.036371009942-0.02280796071170.554230729911-0.08249261878580.4653015582677.87010095042-39.7294143676-26.7514779611
51.90988731576-0.164273479507-0.04008214397242.571488144150.5350034356452.35198775208-0.02899181366030.1264060453650.00106964946-0.2758192566070.0270813556268-0.00331731282223-0.2078659530840.1019093368620.01402461618450.365968941202-0.00679149207314-0.00100612268130.387406995109-0.03093817865930.410840493536-6.47146147833-34.0406169578-44.1985916514
62.309414871771.244194866171.603894619832.939527242620.4063114943431.838327721030.173540732339-0.3219617990830.09621070475320.207468773172-0.251287026059-0.1907838286670.0146013615977-0.08896747155360.08670179465550.66381823964-0.0695665503119-0.07038732858460.58538387706-0.02424398160980.554816359185-23.6021434581-1.40386817215-57.1497585496
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81.484405696480.445837543959-0.5499248868432.045533561110.3154158542261.926917601590.066444567053-0.0559090994111-0.107490945480.219965574294-0.199526783565-0.534189797257-0.06486369182670.07466782795810.05565652882590.5741053063850.0104727247515-0.08680543821790.4714311353640.06757170947940.62027298641713.776266759-30.6157240041-89.9308824112
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112.798211245110.589031122380.4765755387422.02961316762-1.007828137572.873365160590.150969883189-0.5755700917750.5682859332460.0748063397112-0.179787385494-0.365106901625-1.531842292810.34107810716-0.03551777145781.3829342743-0.2515399914240.1141954181250.73450838003-0.02880727749390.5752287321110.7615036284-9.62650936538-67.4106570063
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 205 through 284 )AA205 - 2841 - 78
22chain 'A' and (resid 285 through 352 )AA285 - 35279 - 146
33chain 'A' and (resid 353 through 499 )AA353 - 499147 - 293
44chain 'B' and (resid 205 through 284 )BC205 - 2841 - 79
55chain 'B' and (resid 285 through 498 )BC285 - 49880 - 293
66chain 'C' and (resid 206 through 284 )CE206 - 2841 - 78
77chain 'C' and (resid 285 through 498 )CE285 - 49879 - 280
88chain 'D' and (resid 204 through 272 )DG204 - 2721 - 69
99chain 'D' and (resid 273 through 352 )DG273 - 35270 - 149
1010chain 'D' and (resid 353 through 417 )DG353 - 417150 - 210
1111chain 'D' and (resid 418 through 498 )DG418 - 498211 - 291

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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