PDB-8r6m: Crystal structure of Candida glabrata Bdf1 bromodomain 2 bound to...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8r6m

タイトル

Crystal structure of Candida glabrata Bdf1 bromodomain 2 bound to I-BET151

要素

Candida glabrata strain CBS138 chromosome C complete sequence

キーワード

TRANSCRIPTION / Bromodomain

機能・相同性

機能・相同性情報

: / chromatin remodeling / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Nakaseomyces glabratus (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Petosa, C. / Wei, K. / McKenna, C.E. / Govin, J.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: Adv Sci / 年: 2025
タイトル: Humanized Candida and NanoBiT Assays Expedite Discovery of Bdf1 Bromodomain Inhibitors With Antifungal Potential.
著者: Wei, K. / Arlotto, M. / Overhulse, J.M. / Dinh, T.A. / Zhou, Y. / Dupper, N.J. / Yang, J. / Kashemirov, B.A. / Dawi, H. / Garnaud, C. / Bourgine, G. / Mietton, F. / Champleboux, M. / Larabi, ...

履歴

登録	2023年11月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年10月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年1月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2025年3月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb8r6m.ent.gz	175.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8r6m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8r6m_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8r6m_full_validation.pdf.gz	2 MB	表示
XML形式データ	8r6m_validation.xml.gz	27.6 KB	表示
CIF形式データ	8r6m_validation.cif.gz	34.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r6/8r6m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r6/8r6m	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8r6iC 8r6jC 8r6kC 8r6lC 8r6nC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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登録構造単位

A: Candida glabrata strain CBS138 chromosome C complete sequence

B: Candida glabrata strain CBS138 chromosome C complete sequence

C: Candida glabrata strain CBS138 chromosome C complete sequence

D: Candida glabrata strain CBS138 chromosome C complete sequence

ヘテロ分子

59.2 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Candida glabrata strain CBS138 chromosome C complete sequence

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
15.1 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Candida glabrata strain CBS138 chromosome C complete sequence

ヘテロ分子

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3

C: Candida glabrata strain CBS138 chromosome C complete sequence

ヘテロ分子

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根拠: gel filtration
14.6 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Candida glabrata strain CBS138 chromosome C complete sequence

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
14.6 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	70.588, 88.426, 257.785
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁
Space group name Hall	C2c2
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z+1/2 #4: -x,-y,z+1/2 #5: x+1/2,y+1/2,z #6: x+1/2,-y+1/2,-z #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-601- HOH

#1: タンパク質	Candida glabrata strain CBS138 chromosome C complete sequence 分子量: 13773.615 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nakaseomyces glabratus (菌類) / 遺伝子: CAGL0C02541g / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6FWV7
#2: 化合物	... ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-1GH / 7-(3,5-DIMETHYL-1,2-OXAZOL-4-YL)-8-METHOXY-1-[(1R)-1-(PYRIDIN-2-YL)ETHYL]-1H,2H,3H-IMIDAZO[4,5-C]QUINOLIN-2-ONE / I-BET-151 分子量: 415.445 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₂₁N₅O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.31 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.9 M Ammonium Sulfate, 0.1 M Sodium Cacodylate pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→55.2 Å / Num. obs: 28171 / % possible obs: 47.4 % / 冗長度: 7.4 % / B_iso Wilson estimate: 24.29 Å² / CC_1/2: 0.99 / R_rim(I) all: 0.292 / Net I/σ(I): 6.7
反射シェル	解像度: 1.95→2.18 Å / 冗長度: 7.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 1410 / CC_1/2: 0.601 / R_rim(I) all: 2.056 / % possible all: 8.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
AutoProcess		データ削減
STARANISO		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.95→43.58 Å / SU ML: 0.2053 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.852
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2405	1407	5 %
R_work	0.1951	26757	-
obs	0.1974	28164	47.44 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.3 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→43.58 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3753	0	278	226	4257

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0027	4125
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5501	5563
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0418	538
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0041	696
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.4055	1481

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.95-2.02	0.3439	14	0.3085	192	X-RAY DIFFRACTION	3.5
2.02-2.1	0.3797	31	0.2842	499	X-RAY DIFFRACTION	9.08
2.1-2.19	0.2496	41	0.2718	796	X-RAY DIFFRACTION	14.34
2.19-2.31	0.2924	35	0.2815	1085	X-RAY DIFFRACTION	19.18
2.31-2.45	0.2634	74	0.2791	1435	X-RAY DIFFRACTION	25.33
2.45-2.64	0.2987	118	0.2819	2212	X-RAY DIFFRACTION	39.77
2.64-2.91	0.3051	184	0.2656	3876	X-RAY DIFFRACTION	68.55
2.91-3.33	0.2906	291	0.2378	5161	X-RAY DIFFRACTION	90.96
3.33-4.2	0.2234	299	0.165	5604	X-RAY DIFFRACTION	98.84
4.2-43.58	0.1943	320	0.1468	5897	X-RAY DIFFRACTION	99.89

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.77618073247	2.13947924887	8.50436857481	6.31272322881	1.65778311231	2.03411022959	-0.370423525323	0.610383991398	0.308721274164	0.114473108388	-0.0331179811708	-0.18339254086	0.44815753867	0.994090338614	0.314494593293	0.226857764097	-0.026152648184	0.0389908430389	0.285220610606	0.0470274491296	0.180046186307	43.5493323839	-5.63333424893	53.723762318
2	5.33996954592	-4.36970996111	-2.95465885414	6.99568284815	6.52246254385	6.6728173527	-0.221210932181	0.216011625223	-0.0439423138408	-0.553470213492	0.176207772673	-0.365489433771	-0.291452805808	0.0891054323072	0.0698657432735	0.209367803054	-0.0351695893052	0.0501191357013	0.297494193647	0.0557915874573	0.128980089549	34.3427038032	-6.75027878033	39.242205871
3	8.29746395701	-1.96278726606	-0.238025418074	5.83209047935	-2.71454722343	7.02949836235	-0.255455429504	0.150243960894	0.557855879822	0.0830995631099	0.0525685921605	0.250275133433	-1.1867294575	-0.306909872042	0.270627551892	0.468092080222	0.0324617412807	-0.046720733696	0.195255758149	0.00756267074163	0.18965272854	22.3166881031	6.09510855071	42.0171872336
4	2.07686661755	2.82388536648	8.3869288979	7.70163251273	4.33925798083	7.03773020375	0.0832431179748	0.694416791763	0.621013673141	-0.111771300017	-0.190411613749	-0.38655239627	-1.18231333707	0.517611831997	0.175398185814	0.279696926925	-0.0969555909431	-0.0301480711397	0.248704009326	0.0206475187335	0.211431887066	40.3908095531	3.69710581566	51.5871726082
5	10.0114443178	0.123428054574	7.22648650026	0.611942633489	-0.518318995851	2.40140140098	-0.17704719802	-0.877204940439	0.277176148665	0.113384295295	-0.120766998727	0.162117474371	-0.869315528911	-1.13886020266	0.338140886402	0.242741185585	-0.0265245000658	0.00803202222653	0.261233802031	-0.0184937970949	0.14411892841	27.8268631464	-2.10094074849	52.4750420632
6	4.23509259616	-0.510176529112	4.26604613913	3.49945983973	-1.48175332185	9.12240042856	0.232801327357	-0.161892645834	-0.430122117269	-0.176186037871	0.0833993421725	0.0369852699643	0.64732022715	-0.972959752418	-0.312267354312	0.200818656578	-0.0518693313346	0.0334828483899	0.209252162602	-0.0398605371925	0.118703288765	28.0612359106	-11.6801340984	47.3985276949
7	8.06314974993	5.02749107739	1.44094038063	8.33272837038	1.29216562774	2.05737189233	-0.131592299719	0.0988637228709	0.0357650045767	0.714341539485	0.0580183046666	-1.05272560786	-0.0678684067173	1.45687195991	0.068284828768	0.255258754798	0.0444178333169	-0.0584261730049	0.30023723269	-0.0158663816597	0.307072994612	42.3057595806	-8.60917770595	67.0716220039
8	2.04018892635	1.68597115146	-1.59196283329	6.39515172551	-6.30565082091	8.55584640861	-0.241831660062	0.277156144429	0.853735333034	0.554473606798	-0.0766123419282	-0.272517647565	-2.00565292238	-0.304867735513	0.332254810089	0.672468629955	0.0248084096607	-0.116234202302	0.351154834773	0.0493389011181	0.339557279697	24.2878233379	8.86553437794	10.3090639444
9	8.59728106255	-1.23699576082	-7.33158276282	4.64728638322	2.21224826157	7.7496511359	-0.803149794684	-0.197574219928	0.557427340757	0.160217901425	0.503916384741	0.207585382769	-0.889908017005	0.413183943433	0.284171703428	0.421478793374	0.00249757233643	-0.0921772018019	0.242663756801	0.0512376789903	0.180487579314	24.6797322176	0.996512324892	25.645922531
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24	24	chain 'D' and (resid 333 through 352)	D	D	333 - 352	33 - 52
25	25	chain 'D' and (resid 353 through 365)	D	D	353 - 365	53 - 65
26	26	chain 'D' and (resid 366 through 387)	D	D	366 - 387	66 - 87
27	27	chain 'D' and (resid 388 through 409)	D	D	388 - 409	88 - 109
28	28	chain 'D' and (resid 410 through 413)	D	D	410 - 413	110 - 113

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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