PDB-8r6j: Crystal structure of Candida glabrata Bdf1 bromodomain 1 bound to...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8r6j

タイトル

Crystal structure of Candida glabrata Bdf1 bromodomain 1 bound to a pyrazole ligand

要素

Candida glabrata strain CBS138 chromosome C complete sequence

キーワード

TRANSCRIPTION / Bromodomain

機能・相同性

機能・相同性情報

: / chromatin remodeling / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Nakaseomyces glabratus (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.82 Å

データ登録者

Petosa, C. / Wei, K. / McKenna, C.E. / Govin, J.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: Adv Sci / 年: 2025
タイトル: Humanized Candida and NanoBiT Assays Expedite Discovery of Bdf1 Bromodomain Inhibitors With Antifungal Potential.
著者: Wei, K. / Arlotto, M. / Overhulse, J.M. / Dinh, T.A. / Zhou, Y. / Dupper, N.J. / Yang, J. / Kashemirov, B.A. / Dawi, H. / Garnaud, C. / Bourgine, G. / Mietton, F. / Champleboux, M. / Larabi, ...

履歴

登録	2023年11月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2024年10月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年1月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2025年3月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8r6j.cif.gz	132.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8r6j.ent.gz	85.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8r6j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r6/8r6j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r6/8r6j	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8r6iC 8r6kC 8r6lC 8r6mC 8r6nC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Candida glabrata strain CBS138 chromosome C complete sequence

B: Candida glabrata strain CBS138 chromosome C complete sequence

ヘテロ分子

26.8 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Candida glabrata strain CBS138 chromosome C complete sequence

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
13.4 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Candida glabrata strain CBS138 chromosome C complete sequence

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
13.4 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	32.841, 142.619, 93.549
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁
Space group name Hall	C2c2
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z+1/2 #4: -x,-y,z+1/2 #5: x+1/2,y+1/2,z #6: x+1/2,-y+1/2,-z #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-462- HOH
2	1	A-486- HOH
3	1	B-958- HOH

#1: タンパク質	Candida glabrata strain CBS138 chromosome C complete sequence 分子量: 12949.065 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nakaseomyces glabratus (菌類) / 遺伝子: CAGL0C02541g / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6FWV7
#2: 化合物	ChemComp-Y7F / 2-methyl-~{N}-[[5-(3-thiophen-2-yl-1,2,4-oxadiazol-5-yl)thiophen-2-yl]methyl]pyrazole-3-carboxamide 分子量: 371.437 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₁₃N₅O₂S₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.84 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 26% PEG 10000, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium cacodylate (pH 6.5)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.966 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.966 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.82→39.11 Å / Num. obs: 20025 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 4.1 % / B_iso Wilson estimate: 22.95 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_rim(I) all: 0.116 / Net I/σ(I): 10.4
反射シェル	解像度: 1.82→1.86 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 1160 / CC_1/2: 0.532 / R_rim(I) all: 0.99 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.82→39.11 Å / SU ML: 0.215 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.9351
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2342	1001	5.01 %
R_work	0.1988	18989	-
obs	0.2006	19990	98.62 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.48 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.82→39.11 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1780	0	60	161	2001

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0033	1882
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6056	2548
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0399	270
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	338
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.7586	722

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.82-1.92	0.314	139	0.2966	2630	X-RAY DIFFRACTION	97.71
1.92-2.04	0.2804	142	0.261	2692	X-RAY DIFFRACTION	99.65
2.04-2.19	0.2771	142	0.2179	2699	X-RAY DIFFRACTION	98.92
2.19-2.41	0.2495	141	0.2133	2674	X-RAY DIFFRACTION	98.36
2.41-2.76	0.2285	141	0.1994	2687	X-RAY DIFFRACTION	97.92
2.76-3.48	0.2326	145	0.1871	2746	X-RAY DIFFRACTION	99.35
3.48-39.11	0.2017	151	0.1718	2861	X-RAY DIFFRACTION	98.46

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.95388260684	2.00108406412	-5.42974438808	2.00838896752	4.91470988171	7.02519902992	-1.01187798386	-0.697726014228	-1.14765681851	0.578563652131	0.516545587599	0.493987775433	1.72721613512	-0.0268710013634	0.677902620024	0.533318548941	0.0433959034424	0.0688227308029	0.245467179547	0.0898939057686	0.390377018464	9.61766245643	16.204097358	21.6883757955
2	3.23312255411	-2.77870794047	1.72411151474	8.68096930713	-7.66203353275	3.11774488321	-0.146728343935	-0.131275384681	0.168671349817	0.4958941871	-0.523876635781	-1.20517255941	0.185659691425	0.565279510045	0.670334808782	0.40253114446	0.103949447297	-0.0484512515402	0.310334728048	-0.038179686533	0.327186776305	14.2931943447	24.2890656716	13.9323108983
3	2.91898254301	-3.04080656035	-8.88726320296	5.21052226682	4.81936166661	2.50651061899	-0.0432461638339	-0.00838760196639	-0.301627058216	-0.204923340347	-0.133814767033	0.292300490571	-0.300142788102	0.276370127509	0.11906965834	0.138298103852	-0.000655458884122	-0.0208249969014	0.235749066235	-0.00799761591658	0.20940466544	8.27442189285	39.2176618222	10.0948333493
4	5.2730291213	-1.11287429129	1.00816029966	6.14152433417	-1.28807199919	8.65588182222	0.0955634802924	0.618559340936	0.577761761742	-0.110004530851	-0.13334262037	-0.236156405213	-0.193250969915	0.0984035090856	0.121629705108	0.128574090205	0.00665493100086	0.0233239342759	0.161612794248	0.026482036309	0.17051392852	-2.76697448769	48.4688863459	18.4617111605
5	4.69534340987	-5.38293000086	-1.96888654039	2.81707111722	1.91457903339	5.71985926813	-0.316949472811	0.0879445497707	-0.247522505492	0.366594692124	0.198315705959	0.181438024702	0.0410714249679	-0.287254275897	0.0902251320164	0.136063140933	-0.0172079225528	0.00813784108511	0.172530735694	0.021802576733	0.199551953089	-5.53269187945	38.0839656314	18.9278696071
6	6.03577753944	-2.5246846311	1.51009966995	2.17142640886	-8.84559392766	6.19518002904	-0.25875246235	-0.352337724843	0.286718979232	0.118463237685	-0.0188251136899	-0.361802707046	0.39760206928	0.398657252997	0.106554311079	0.252425486707	0.0695939205943	-0.00239529872526	0.233333312772	-0.0427865808275	0.196018541226	9.46690749107	30.2415013517	20.4402161018
7	6.09325132752	5.93055815464	7.9486168755	7.18872947664	9.4138522445	2.09537740062	1.32629223544	-0.855697045347	-0.515620769757	0.532447902068	-0.635860790762	0.0413877976057	2.66779300864	0.432300601847	-0.735942295598	0.899163020329	0.0996617129815	0.0375443083987	0.22494270864	-0.00234639928791	0.293812455421	5.77640845629	21.000419909	23.0852187778
8	6.55596449971	-6.10780240187	4.0422270637	8.79245647283	-5.06884694317	7.0681078289	0.0190815889687	-0.0473713670067	-0.282847229859	-0.154127762524	0.0478982290804	0.225040131368	0.557477399001	-0.299170828782	-0.075696614917	0.171133961538	-0.0356826198945	0.0433494670988	0.185367890869	-0.0435406594373	0.191269186152	-2.1877690439	30.8819854947	12.1184686087
9	5.73577482948	-4.37785273795	0.897873379805	3.11128116415	-1.99255109721	5.37800905644	0.10995496302	0.1515247271	-0.373307819282	-0.324746361849	-0.0602928946721	0.257845823767	0.674307277523	0.0945243675342	-0.0712402961713	0.196578535388	-0.019323529075	-0.00890499168571	0.191588158595	-0.0225875658561	0.181735841141	4.10442276781	30.3720878329	4.59425773505
10	2.15569486627	-1.38942676251	-9.41058386391	2.02670339004	2.17810661158	7.18784570428	-0.0344790713788	-0.301348888105	-1.56139185673	0.631880830853	-0.641780099386	0.313786558534	0.348392071674	-0.665433964784	0.556629239952	0.494882661997	-0.0115917839773	-0.0962213540564	0.293909588326	0.0112773538515	0.546875811927	10.0481381028	11.0265696566	14.1342179187
11	4.06249314248	-3.53508388851	-4.94373392901	3.07748708538	4.30203028328	6.01997350884	0.279902611546	-0.520335124869	0.276244026727	-0.163182824929	0.212717754257	-0.358853392432	-0.324737925742	1.36796273693	-0.785043204087	0.613139840514	0.0758913616787	-0.114466500576	0.275964944843	-0.230031843526	0.81448808614	6.78154363206	78.7455171915	17.4143261109
12	6.28990547513	4.13904513174	0.684371577111	2.12078865608	4.71867377036	5.80315619954	-0.0506103476559	-0.722349193838	0.662559912869	0.708721130823	-0.4826665384	1.39224352189	-0.254789502801	-0.526026295718	0.465602499766	0.387277760944	0.124391234324	0.0428334526987	0.35254639975	-0.0596591995267	0.600746476081	-1.31908381517	69.4435748329	15.3678031922
13	2.63179203344	0.519035184402	8.42371429003	9.5172761109	0.384172537129	6.70146248285	0.116179910359	-0.400653039399	0.364366027435	0.0406321767897	-0.0970801180729	0.38685827466	0.459694506513	-0.23813938449	0.0164612738796	0.174487843033	0.0167040129547	0.0695667877568	0.280878459242	0.0119958828277	0.192228482097	2.27716532507	54.0492308283	10.9141391263
14	2.42974304505	1.87853668175	1.09710109781	5.68362238356	-3.69528049056	5.45069718292	-0.0184773793213	-0.0426425261396	0.136848764972	0.0383910101985	0.151229305373	0.128668725034	-0.0870091985578	-0.10995544097	-0.141030539004	0.117119366277	0.0188903768331	-0.00748333617822	0.17422765292	-0.0148827209604	0.239939106766	15.9505574677	45.67925578	12.8738322258
15	6.5607224036	-1.88449638385	1.87865000232	2.32616219207	2.17485326867	6.55417081138	0.127214234369	-0.232944866678	1.10401953358	-0.669111065571	0.144072119163	-0.79964174421	-0.360098933154	0.737046092882	-0.314582821578	0.207334021041	-0.033891822797	0.0794558307263	0.250997258162	0.0151379826781	0.404013293596	18.4884044811	56.0754742541	9.66279918582
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17	6.63345204656	-2.22735314987	4.76101362847	2.02441292464	1.87751203287	9.89397150602	-0.335694485658	-0.324237762088	0.814088994707	1.28284461381	0.0896892885602	-0.372907710835	-1.54584030224	1.2306155897	0.051624594405	0.652096213429	-0.029367996587	-0.145361749422	0.290102251756	-0.110332630386	0.742016202817	11.1225789201	73.960042622	16.7988446214
18	3.26478732405	-3.65491786672	-0.691529408751	2.59912628697	5.25282885043	4.60870657863	-0.0440808211074	0.209458596215	0.756807880071	-0.679631429057	0.164985250409	-0.545736637745	-0.506313218588	0.205126532585	-0.155375105235	0.249203581467	-0.035178191574	0.0659982738596	0.285103251513	0.0446820665071	0.406673254584	11.5219177202	62.1885678519	5.29622340429
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20	6.28043744945	-6.69083411594	1.52277459933	9.86067171543	-5.20336084491	5.03090195375	-0.234364252865	-0.541368548971	-0.0621243535158	-0.637337595209	0.695710599562	-0.326110371529	-0.212568164184	0.430765253185	-0.701799220762	0.497857007827	0.0362670230774	0.0861065888383	0.286321158583	-0.0735099022598	0.790316626407	1.36408899306	82.6775560179	11.5066980019

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 127 through 129)	A	A	127 - 129	1 - 3
2	2	chain 'A' and (resid 130 through 145)	A	A	130 - 145	4 - 19
3	3	chain 'A' and (resid 146 through 155)	A	A	146 - 155	20 - 29
4	4	chain 'A' and (resid 156 through 165)	A	A	156 - 165	30 - 39
5	5	chain 'A' and (resid 166 through 175)	A	A	166 - 175	40 - 49
6	6	chain 'A' and (resid 176 through 184)	A	A	176 - 184	50 - 58
7	7	chain 'A' and (resid 185 through 190)	A	A	185 - 190	59 - 64
8	8	chain 'A' and (resid 191 through 211)	A	A	191 - 211	65 - 85
9	9	chain 'A' and (resid 212 through 232)	A	A	212 - 232	86 - 106
10	10	chain 'A' and (resid 233 through 237)	A	A	233 - 237	107 - 111
11	11	chain 'B' and (resid 127 through 129)	B	D	127 - 129	1 - 3
12	12	chain 'B' and (resid 130 through 145)	B	D	130 - 145	4 - 19
13	13	chain 'B' and (resid 146 through 155)	B	D	146 - 155	20 - 29
14	14	chain 'B' and (resid 156 through 165)	B	D	156 - 165	30 - 39
15	15	chain 'B' and (resid 166 through 175)	B	D	166 - 175	40 - 49
16	16	chain 'B' and (resid 176 through 184)	B	D	176 - 184	50 - 58
17	17	chain 'B' and (resid 185 through 190)	B	D	185 - 190	59 - 64
18	18	chain 'B' and (resid 191 through 211)	B	D	191 - 211	65 - 85
19	19	chain 'B' and (resid 212 through 232)	B	D	212 - 232	86 - 106
20	20	chain 'B' and (resid 233 through 237)	B	D	233 - 237	107 - 111

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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