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- PDB-8r6k: Crystal structure of Candida glabrata Bdf1 bromodomain 1 bound to... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8r6k
タイトルCrystal structure of Candida glabrata Bdf1 bromodomain 1 bound to a phenyltriazine ligand
要素Candida glabrata strain CBS138 chromosome C complete sequence
キーワードTRANSCRIPTION / Bromodomain
機能・相同性
機能・相同性情報


: / chromatin remodeling / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / nucleus
類似検索 - 分子機能
NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / bromo domain / Bromodomain ...NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PHOSPHATE ION / : / Candida glabrata strain CBS138 chromosome C complete sequence
類似検索 - 構成要素
生物種Nakaseomyces glabratus (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.19 Å
データ登録者Petosa, C. / Wei, K. / McKenna, C.E. / Govin, J.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR) フランス
引用ジャーナル: Adv Sci / 年: 2025
タイトル: Humanized Candida and NanoBiT Assays Expedite Discovery of Bdf1 Bromodomain Inhibitors With Antifungal Potential.
著者: Wei, K. / Arlotto, M. / Overhulse, J.M. / Dinh, T.A. / Zhou, Y. / Dupper, N.J. / Yang, J. / Kashemirov, B.A. / Dawi, H. / Garnaud, C. / Bourgine, G. / Mietton, F. / Champleboux, M. / Larabi, ...著者: Wei, K. / Arlotto, M. / Overhulse, J.M. / Dinh, T.A. / Zhou, Y. / Dupper, N.J. / Yang, J. / Kashemirov, B.A. / Dawi, H. / Garnaud, C. / Bourgine, G. / Mietton, F. / Champleboux, M. / Larabi, A. / Hayat, Y. / Indorato, R.L. / Noirclerc-Savoye, M. / Skoufias, D. / Cornet, M. / Rabut, G. / McKenna, C.E. / Petosa, C. / Govin, J.
履歴
登録2023年11月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年1月29日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22025年3月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Candida glabrata strain CBS138 chromosome C complete sequence
B: Candida glabrata strain CBS138 chromosome C complete sequence
C: Candida glabrata strain CBS138 chromosome C complete sequence
D: Candida glabrata strain CBS138 chromosome C complete sequence
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,09812
ポリマ－51,7964
非ポリマー1,3028
水7,782432
1
A: Candida glabrata strain CBS138 chromosome C complete sequence
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,4725
ポリマ－12,9491
非ポリマー5234
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Candida glabrata strain CBS138 chromosome C complete sequence
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,2432
ポリマ－12,9491
非ポリマー2941
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Candida glabrata strain CBS138 chromosome C complete sequence
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,3383
ポリマ－12,9491
非ポリマー3892
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Candida glabrata strain CBS138 chromosome C complete sequence
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,0442
ポリマ－12,9491
非ポリマー951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)128.700, 128.700, 148.209
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Space group name HallI42
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z
#3: y,-x,z
#4: x,-y,-z
#5: -x,y,-z
#6: -x,-y,z
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z
#9: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#10: -y+1/2,x+1/2,z+1/2
#11: y+1/2,-x+1/2,z+1/2
#12: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#13: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#14: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
#15: y+1/2,x+1/2,-z+1/2
#16: -y+1/2,-x+1/2,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-509-

HOH

21A-514-

HOH

31A-515-

HOH

41B-1049-

HOH

51B-1084-

HOH

61B-1091-

HOH

71C-516-

HOH

81C-524-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Candida glabrata strain CBS138 chromosome C complete sequence


分子量: 12949.065 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nakaseomyces glabratus (菌類) / 遺伝子: CAGL0C02541g / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6FWV7
#2: 化合物 ChemComp-Y78 / 6-methyl-~{N}-[(5-methylfuran-2-yl)methyl]-3-(4-methylphenyl)-1,2,4-triazin-5-amine


分子量: 294.351 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H18N4O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 432 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.48 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.072 M NaH2PO4, 1.73 M K2HPO4 (pH 8.2)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.19→64.4 Å / Num. obs: 32208 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 23.05 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rrim(I) all: 0.22 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 2.19→2.26 Å / 冗長度: 7 % / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique obs: 2779 / CC1/2: 0.415 / Rrim(I) all: 0.747 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.19→57.46 Å / SU ML: 0.2824 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 23.5213
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2475 1661 5.16 %
Rwork0.209 30538 -
obs0.211 32199 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 28.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.19→57.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3583 0 87 432 4102
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00723747
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8125066
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0489543
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0085666
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.5882483
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.19-2.260.35211320.30682530X-RAY DIFFRACTION99.92
2.26-2.330.31911510.29772471X-RAY DIFFRACTION100
2.33-2.410.30221360.26762512X-RAY DIFFRACTION100
2.41-2.510.27731160.25882523X-RAY DIFFRACTION100
2.51-2.620.29081200.24392538X-RAY DIFFRACTION99.96
2.62-2.760.30281380.23742524X-RAY DIFFRACTION99.92
2.76-2.930.26171490.23542525X-RAY DIFFRACTION100
2.93-3.160.26891400.22552515X-RAY DIFFRACTION99.96
3.16-3.480.23221440.18492538X-RAY DIFFRACTION99.93
3.48-3.980.21671300.16742564X-RAY DIFFRACTION99.96
3.98-5.020.17371560.14852584X-RAY DIFFRACTION100
5.02-57.460.22561490.17792714X-RAY DIFFRACTION99.65

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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